Plusieurs questions sur AA/prot° (TD Moodle)

[OxyGenS]

Bonsoir,

 

- Dans le 1er TD sur Moodle concernant AA/peptide/prot°, dans une correction il est dit que tous les AA sont de série L sauf Gly. Cette année il me semble que Mr Ausseil nous a dit de considérer que tous les AA sans exception sont de série L. Pouvez-vous me confirmer svp ?

 

- Dans ce même TD (lien de l'image), on nous dit que l'action du beta-ME donne 2 peptides alors qu'il y a 3 Cys. Est-ce pcq beta-ME ne coupe que les ponts disulfures interchaînes ? Sinon pouvez-vous m'expliquer svp ?

https://www.noelshack.com/2019-45-3-1573060974-capture.png

 

- On nous dit aussi que tous les AA possèdent une fct amine primaire. Que répondre par rapport à la Pro ? Elle est exclut de cette réponse car elle ne contient pas de fct amine ? Pour moi, elle possède une fct amine 2ndaire...

 

- Je n'ai pas bien compris comment savoir l'ordre d'abondance d'AA après traitement (à phénylisothiocyanate par ex). Pouvez-vous me l'expliquer svp ?

 

Merci d'avance

[Jadilie]

il y a 7 minutes, OxyGenS a dit :

Dans le 1er TD sur Moodle concernant AA/peptide/prot°, dans une correction il est dit que tous les AA sont de série L sauf Gly. Cette année il me semble que Mr Ausseil nous a dit de considérer que tous les AA sans exception sont de série L. Pouvez-vous me confirmer svp ?

 

On est deux à avoir posé la question sur moodle, et pas de réponse pour l'instant.. Un item qui dirait que la glycine serait de série L serait faux, puisqu'elle n'a as de série, le prof la clairement dit. Mais il a aussi dit mot pour mot "Tous les acides aminés sont de série L"..

[Liliputienne]

Bonsoirrr ! 

 

La glycine n’a pas de carbone asymétrique, donc pas de série et pas de déviation de la lumière polarisée. Rendre cet item faux reviendrait à remettre en cause les lois de la chimie qu’il maîtrise plus que nous, donc bon.

il y a une heure, Jadilie a dit :

Mais il a aussi dit mot pour mot "Tous les acides aminés sont de série L"..

Je présume qu’il ne voit pas l’intérêt de préciser “sauf la glycine”, c’est évident pour lui 

 

il y a une heure, OxyGenS a dit :

Dans ce même TD (lien de l'image), on nous dit que l'action du beta-ME donne 2 peptides alors qu'il y a 3 Cys. Est-ce pcq beta-ME ne coupe que les ponts disulfures interchaînes ? Sinon pouvez-vous m'expliquer svp ?

https://www.noelshack.com/2019-45-3-1573060974-capture.png

Le βME coupe tous les ponts disulfures 

 

il y a une heure, OxyGenS a dit :

On nous dit aussi que tous les AA possèdent une fct amine primaire. Que répondre par rapport à la Pro ? Elle est exclut de cette réponse car elle ne contient pas de fct amine ? Pour moi, elle possède une fct amine 2ndaire...

Alors je n’ai pas envie de trop m’avancer là dessus mais dans tous les cas ce qui est notable c’est que cette année pour lui la Proline est une imine. Maintenant je ne vois pas pourquoi il la considère comme ceci, mais étant donné qu’il l’a dit à plusieurs reprises il semble en être

 

Il y a 1 heure, OxyGenS a dit :

Je n'ai pas bien compris comment savoir l'ordre d'abondance d'AA après traitement (à phénylisothiocyanate par ex). Pouvez-vous me l'expliquer svp ?

Dis toi que ce que tu vas utiliser commence par une extrémité (le PhenylT en 5’ par exemple) : il dégrade donc de façon plus importante ce qui se trouve tout de suite à sa portée (le 1er AA du peptide dans ce cas) puis il continue sa progression (2ème AA puis 3 ème AA ... etc). La notion de décroissance c’est pour dire “qu’est-ce qu’il mange le plus ?” 

C’est un peu trivial comme vision, mais l’idée c’est ça. 

Donc par exemple on te donne le peptide :

 

Met - Leu - Ala - Val - Lys - Trp 

 

Que “mange” en premier le PhenylT ? 

—> Met

 

Donc dans un milieu avec ce peptide on aura +++ de Met qui sont libérées car ce sont les premières cibles. Puis un peu moins de Leu car le PhenylT aura moins le temps d’agir ... etc 

Suivant cette logique on retrouvera très peu (voire pas) de Trp à l’issu de la manipulation.

 

Si tu as encore des questions n’hésite pas

 

[OxyGenS]

il y a 31 minutes, Liliputienne a dit :

Je présume qu’il ne voit pas l’intérêt de préciser “sauf la glycine”, c’est évident pour lui

Ok merci

 

il y a 31 minutes, Liliputienne a dit :

Le βME coupe tous les ponts disulfures 

Du coup les 2 Cys ne sont plus reliées mais cela n'a aucun impact sur le fait d'obtenir x peptides suite à l'action du beta-ME, c'est bien ça ? Ce qui fait qu'on obtient 2 peptides, c'est l'action de la Trypsine ?

 

il y a 36 minutes, Liliputienne a dit :

Alors je n’ai pas envie de trop m’avancer là dessus mais dans tous les cas ce qui est notable c’est que cette année pour lui la Proline est une imine. Maintenant je ne vois pas pourquoi il la considère comme ceci, mais étant donné qu’il l’a dit à plusieurs reprises il semble en être

Je vais attendre si jamais qqun a une autre explication alors

 

Pour le reste, j'ai compris merci bcp !

[POleSang]

Saluuuut !! Désolée pour le retard alors :

pour le B-ME

Comme l’a dit Liliputienne avant il coupe TOUS les ponts disulfures !!

Maintenant si tu prends ton peptide à 3 Cys, on peut dire qu’il y a sûrement 1 pont INTERchaine et 1 pont INTRAchaine.

 

Si jamais après action du B-ME tu n’as aucun changement = pont intrachaine

Si tu obtiens 2 peptides JUSTE AVEC le B-ME = pont interchaine 

 

Dans ton exemple, tu avais un pont intrachaine ce qui fait qu’en effet c’etait La Trypsine qui coupait rellement en 2 peptides. Mais méfie toi parce que dans certains exos avec un pont interchaine le B-ME suffit à l’obtention de 2 peptides 

 

Le 06/11/2019 à 20:43, OxyGenS a dit :

Je vais attendre si jamais qqun a une autre explication alors

Pour moi la Proline est une amine secondaire aussi ...après demandes au prof sur moodle pour être sûr

 

J’espere que C’est pas trop confus comme explication et désolée pour le fin j’avoue que j’ai pas la réponse non plus

 

[OxyGenS]

Ok merci pour ta réponse @POleSang