séquence de Kozack, incompréhension

[SJr]

bonsoir à toustes, petite incompréhension sur la séquence de Kozack, la retrouve t-on systématiquement en début de gène chez eucaryotes ? 

 

 

aussi, vu que c'est Kozack = CC(AouG)CCATGG, le AUG c'est bien ATG ? mais alors ça veut dire que le G juste après ATG veut dire que tous les AA possibles après la Met commencent par un G ? donc c'est au choix, Val, Ala, Asp, Glu ou Gly ?

 

Donc si la séquence de Kozack précède systématiquement un gène et si après le AUG on a un G alors toutes les protéines chez eucaryotes sont de la forme Met-(Val/Ala/Asp/Glu/Gly)-autre-autres-autres-etc... ? non ?

 

merci bcp 

ci joint une chanson sur les kozack

Révélation

  

 

 

[Moumou]

Salut @SJr, alors pour être très franche avec toi, je sais pas vraiment (je m'étais jamais posée cette question).

Pour la première question j'aurais tendance à dire oui et pour la deuxième aussi d'ailleurs mais je suis allée faire un tour dans les QCMs posés par les professeurs dans les annales et après ça j'ai encore moins de réponse à te donner.

J'ai vu pas mal de QCMs de Mr Levade et Mr Salvayre dans lesquels l'ATG initiateur était suivi d'un G en effet, mais en regardant les QCMs de Mr Langin, c'est plus le cas.

Par exemple, dans cette séquence le ATG codant pour la première Met est le deuxième qui est surligné et tu peux voir qu'il est ni précédé d'une séquence Kozak ni suivi par un G.

Donc je sais pas vraiment quoi te dire mis à part de demander directement aux professeurs...

Désolée ...

 

[SJr]

Eh merci Moumou

[DrWho]

Bonjour bonjour @SJr je voulais revenir la séquence Kozak et de manière général le fonctionnement.

Un gène peut comprendre une séquence Kozak mais elle sera en 5' du site de Traduction donc absolument pas en début de gène chez les eucaryote car tu peux avoir des introns. Par contre elle se retrouvera sur un ARNm et facilitera le repérage du codon initiateur pour la Traduction.  Pour la suite tout à magnifiquement bien était clarifier par cette RM de K-Li- .

Sur ce bonne chance pour la suite 

[SJr]

merci DrWho 

 

j'suis pas sûr de comprendre la Kozack.

 

Déjà c'est sûr c'est pour la Trad (tatabox c'est pour la trans) et donc en fait le ribosome via tRNA 40S  il reconnait la Kozack c'est ça ? mais par contre dans le cours la Kozack c'est 

  sous forme désoxy ...donc DNA; 

 

donc, c'est ça que je comprends pas on parle de désoxy donc de 5'-3' ... donc le mRNA il sera 3' UAC '5' donc en fait si on analyse une Kozak dans un non mRNA -un RNA non encore épissé- faut chercher un 5'CAU3' ou un 3'UAC5' ?

ensuite s'il devient mRNA et donc reconnaissable par le ribosome et qu'il y a un problème d'épissage alors on s'aperçoit que la Kozak elle a peut être disparu ? ou alors apparition de condon stop via changement de base ? ou alors mutation via perte d'intron ... ? et d'ailleurs ... ce phénomène n'est pas toujours pathologique (apoB physiologique) ?

 

MAIS pourtant tlm sait que, le ribosome, il reconnait AUG donc pourquoi le mRNA d'une séquence consensus Kozack non pathologique il donne un 5'CAU' ? donc ça c'est vraiment bizarre .. je comrpends rien déso mais c'est pas claire pour moi (en plus c'est fondamental ce truc)

 le mRNA c'est bien normalement lui qui porte AUG et le wooble johnny depp c'est un anticodon (inosine...) sur le tRNA avec un CCA terminal-AA donc c'est bizarre ...

 

 

après aussi pour revenir à cette histoire de "G" dans la Kozack effectivement si on part du principe que tous les gènes eucaryotes débutent par une kozack, il faut quand même tenir en compte qu'en plus du clivage du peptide signal via SRP y'a les modif post trad vu en biocell (Dolichol  / GPI etc..) ça va pas forcément être une met en N term in fine dans la protéine mure et d'ailleurs même si je pensais que ça le serait probablement quasiment tjs pour les prot qui passe par le translocon chassant BiP bah en fait ...c'est même pas sûr...

 

 

bref j'ai pas du tout compris la séquence de Kozack  Déjà est ce qu'elle est indispenable à la Traduction eucaryote des protéines nucléires? J'ai cru comprendre que non par des camarades mais je n'ai pas compris pourquoi et j'ai rien noté, sauf que dans le cas d'une transcription si la TATA box fonctionne mal ça peut quand même transcrire mais je n'en sais rien pour la traduction

 

j'ai vu que dans l'exercice, Moumou a surligné en orange le triplet TAC (qui donne AUG en RNA) ? mais alors quel rapport avec la séquence de Kozack  ATG ..?  j'ai pas eu le temps de venir au stand génome à la perm trop d'UE3 à comprendre là...

 

désolé encore si c'est trivial et tout mais genre pour moi ça l'est pas encore

 

 

merci bcp bcp bcp pour tout ce que vous faîtes

Edited November 5, 2019 by SJr

[DrWho]

Rebonjour toi je vais éssayer de t'éclaircir tout ça :

effectivement c'est pour la trad mais je dirait plutôt (sous forme imager) que c'est comme une balise (=séquence Kozak) qui permet à l'avion (rRNA 40 S) de ce poser plus facilement tout comme la TATA. Cependant l'avion peut quand même se poser sans balise ça sera juste plus difficile et les avions se poseront moins vite.

PS : Le tRNA permets surtout la correspondance Codon / Anticodon pour la mise en place d'un AA en particulier.

 

Maintenant je ne vois pas ton image mais la séquence Kozak n'est pas nécessairement au début d'un gène elle peut y être un peu partout du moment qu'elle se trouve avant le codon initiateur. Bien sûre à la base c'est de l'ADN qui sera ensuite transcrit ça pas de problèmes  et ça dépend de quelle brin on te donnes sur l'image, si c'est le sens ou le non sens malheureusement donc je ne peux pas répondre à ta question sans l'image

 

Le 05/11/2019 à 17:48, SJr a dit :

ensuite s'il devient mRNA et donc reconnaissable par le ribosome et qu'il y a un problème d'épissage alors on s'aperçoit que la Kozak elle a peut être disparu ? ou alors apparition de condon stop via changement de base ? ou alors mutation via perte d'intron ... ? et d'ailleurs ... ce phénomène n'est pas toujours pathologique (apoB physiologique) ?

J'ai pas trop compris tes questions ici je suis désolé.

 

Ensuite les profs de génomes ne sont pas assez fou pour vous demandez de retrouver des séquences Kozak à mon avis ils savent tous très bien que ça prends beaucoup trop de temps et que nous en sommes incapable  

 

Egalement la séquence Kozak n'est pas traduite elle se situe généralement avant le codon initiateur ! 

Tu as raisons il éxiste des modifications post traductionnelle protéique qui enlève parfois la méthionine c'est vrais mais en génome on t'embêtes pas trop avec ça après tu le revois avec la dernière diapos de Langin.

 

Moumou a surligné un TAG pas TAC c'est un codon stop tout simplement donc rien à voir avec la séquence Kozak

 

Bref sur ce j'espères que ça va mieux pour toi n'hésites pas si tu as plus de questions !!