PCR, CCB 2016 RG

[SJr]

hola el TaTo de la manana alors petite question sur la PCR parcequ'hier soir j'ai pas réussi à faire ce QCM parce que moi je pense que l'exon 4 il est pas amplifiable vu qu'on est sur son extrémité 3', mais pendant le cours de Pr L. j'ai pas réussi à bien comprendre ce qu'il disait  

 

[homerdalors]

Hello, 

en fait quand ils disent « a l’extrémité 3’ de l’exon 4 » il faut t’imaginer que l’amorce est sur les 20 dernières pb de l’exon 4 du coup tu peux amplifier 20 pb de l’exon 4. 
est ce que c’est plus clair on tu veux que je reexplique ? 

[SJr]

oui déso j'ai rien compris ! en fait quand tu te mets en 3' ça va prendre 20 base "à gauche ?"

[Lilette]

Coucou @SJr!

En fait comme ta première amorce est sur l'exon 4, si tu as une amplification c'est que forcément cet exon est présent, sinon tu n'aurais aucune amplification car tu as obligatoirement besoin des 2 amorces. Du coup:

 

A. Avec le 1er couple d'amorces, tu n'as aucun amplification mais avec le 2ème tu en as une → l'exon 1 n'est pas présent dans le tissu adipeux mais l'exon 4 y est bien → FAUX

B. Tu as une amplification avec le 2ème couple d'amorces, donc tu as au moins l'exon 4 et l'exon 5 → VRAI

C. Tu n'as pas d'amplification avec le 2ème couple d'amorces mais une avec le 3ème couple: l'exonèrent 4 a été excisé et l'exonèrent 5 est bien présent → VRAI

D. Les amplifications avec le 3ème couple d'amorces dans le tissu adipeux et dans le tissu tissulaire ont la même taille → VRAI

E. Effectivement, cette distance est trop grande pour le faire en 1 seule fois mais en digérant d'abord la séquence puis en amplifiant et faisant migrer, on peut connaitre a longueur de la séquence → VRAI

 

Voilà j'espère que c'est plus clair 

[SJr]

coucou Lilette, non ça ne l'est pas plus claire déso je comprends toujours pas  il parle de PCR et la correction ça parle de RT PCR ? en cours j'ai rien compris à sa façon d'expliquer 

je vois que le sujet a été discuté ici également je me suis posé la même question peu claire cet exo, la question que je me pose c'est pourquoi on peu amplifier un exon alors que l'amorce début en 3' (wtf??) comment ça "peu importe" ?

 

 même en le lisant j'arrive pas à le comprendre cet exo, pourtant j'ai bien compris la notion d'épissage alternatif (exemple: ApoB 48/100)

[Lilette]

@SJr Alors la PCR c'est juste que tu pars directement de l'ADN et la RT-PCR tu pars de l'ARN et tu passes par un état d'ADNc:

- PCR: coupure de l'ADN → amplification: exons + introns

- RT-PCR: ARNm → ADNc → amplification: tu auras juste une amplification des introns

 

Dans l'énoncé, on te dit qu'on part d'ARN des différents tissus, on aura donc une RT-PCR.

 

Après par rapport à l'amorce, si elle est en 3' de l'exon, ça veut dire est placée à la fin de l'exon et donc pour qu'il y aie amplification tu as besoin de la présence de l'exon. Et le fait que tu aies une amplification avec les ARN te confirme que l'amorce s'hybride avec la partie en 3' et non pas avec l'intron qui suit.

Ce dessin c'est ce que tu vas obtenir avec le 2ème couple d'amorces.

 

C'est un peu plus clair ou c'est toujours obscur @SJr?

[léléGT]

Hello @SJr ! je reprends la discussion (notre RM est surchargée)

Dans ce genre d'exos commence toujours par faire un schéma, je te mets celui que j'ai fait en pièce jointe

Dessus tu vois que les amorces s'hybrident directement sur l'exon, et après élongation du brin elle reste est devient finalement une partie du brin à part entière

Peut être que tu t'es emmêlé avec l'énoncé : une amorce sens synthétise le brin sens, donc elle s'hybride avec le brin antisens. L'énoncé est là pour t'embrouiller dans ce type d'exos donc j'insiste fais un schéma  

A- Pour cet item on regarde le couple 1 car c'est le seul dont les amorces se fixent à l'exon concerné, il n'y a pas d'amplification donc ça peut vouloir dire qu'il y a eu un problème d’hybridation des amorces dû à l'absence de l'ARNm dans ce tissu

B- On regarde le couple 2 (pour les mêmes raisons que précédemment) :il y a amplification, donc l'exon 4 est bien présent et a permis aux amorces de s'hybrider dessus

C- Pour étudier l'exon 5 on s'interesse aux couples 1 et 2, ici on voit que le couple 1 a pu s'hybrider puisqu'il y a amplification, donc l'exon est bien présent (la non hybridation du couple 2 peut être dû a autre chose, mais pas besoin d'aller plus loin puisque le 1 s'hybride)

D- Sur les 2 gels concernés on obtient avec le couple 3 une bande de même taille, donc aucun exon n'est manquant, alors oui les exons 8 et 9 sont communs à cet ARNm

E- En digérant avec par exemple des enzymes coupant avant 1 et après 4 on connaitra la disstance entre ces exons.

[SJr]

wow tu peux pas savoir a quel point c'est énorme ce message lélé, (et ceux précédant) aussi merci bcp, je comptais justement partir sur du langin là 

 

je lis et passerais probablement en résolu ensuite après manger 

 

 

merci bcp bcp bcp bcp