salvayre réplication

[DrR]

salut salut

qlq items me posent problème :

- qcm 24 du poly : items C et D : comment on peut savoir avec l'experience seulement (sachant que le nom de la DNA polymérase de réparation n'est pas donné) est ce que la DNA polymérase a une fonction endo ou exo nucléase et de quel type (5-3 ou 3-5) ?

- la fonction exonucléase 3-5 est nécessaire pour la fonction proof reading des dna polymérases" (vrai) or la dna pol 1 a une exonucléase 5-3 donc je comprends pas .

 

- la correction des altérations post réplication nécessite la DNA pol1 "(vrai) : pourquoi c'est vrai ? la DNA pol 1 détruit juste le primer pour le remplacer par du dna, en plus la dna pol 3 a également une fonction de correction, et je ne comprends pas pq on parle d' "altérations post réplications"

 

- chez les procaryotes, les dna polymérases dna dépendantes : Selon les cas l'amorce peut être RNA ou DNA (vrai) : why? je pensais c'était du RNA..

 

- chez les euca, les dna pol dna dépendantes et les rna pol dna dependantes diffèrent par ces propriétés : "fonction lecture correction des erreurs immédiates" (vrai) : ça signifie que les rna pol dna dependantes n'ont pas de fonction lecture correction ? il s'agit des primases ? ou autre chose ?

 

voilà, merci !

Edited September 28, 2019 by Docteurmrb

[Liliputienne]

  On 9/28/2019 at 5:48 PM, Docteurmrb said:

qcm 24 du poly : items C et D : comment on peut savoir avec l'experience seulement (sachant que le nom de la DNA polymérase de réparation n'est pas donné) est ce que la DNA polymérase a une fonction endo ou exo nucléase et de quel type (5-3 ou 3-5) ?

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Tu peux mettre une photo de l'item s'il te plaît ? 

 

  On 9/28/2019 at 5:48 PM, Docteurmrb said:

la fonction exonucléase 3-5 est nécessaire pour la fonction proof reading des dna polymérases" (vrai) or la dna pol 1 a une exonucléase 5-3

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La DNA pol I a 2 fonctions exonucléase ! 3' -> 5' pour le Proof Reading ainsi que 5 ' - 3' utile dans les fragments d'Okazaki

 

  On 9/28/2019 at 5:48 PM, Docteurmrb said:

la correction des altérations post réplication nécessite la DNA pol1 "(vrai) : pourquoi c'est vrai ? la DNA pol 1 détruit juste le primer pour le remplacer par du dna, en plus la dna pol 3 a également une fonction de correction, et je ne comprends pas pq on parle d' "altérations post réplications"

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La DNA pol II a effectivement une fonction de réparation du DNA. Mais la DNA Pol I aussi (via son activité exonucléasique 5' - 3') 

 

  On 9/28/2019 at 5:48 PM, Docteurmrb said:

chez les procaryotes, les dna polymérases dna dépendantes : Selon les cas l'amorce peut être RNA ou DNA (vrai) : why? je pensais c'était du RNA..

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J'aurais dis du RNA aussi ; peut-être qu'il existe d'autre DNA pol DNA dep que l'on ne connait pas ? à faire vérifier cependant

 

  On 9/28/2019 at 5:48 PM, Docteurmrb said:

chez les euca, les dna pol dna dépendantes et les rna pol dna dependantes diffèrent par ces propriétés : "fonction lecture correction des erreurs immédiates" (vrai) : ça signifie que les rna pol dna dependantes n'ont pas de fonction lecture correction ? il s'agit des primases ? ou autre chose ?

 

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Tout à fait une RNA pol n'a pas de fonction Proof Reading (d'où le taux de mutation plus élevé pour les virus à RNA par exemple !) 

 

Bon courage 

[DrR]

  On 9/28/2019 at 6:04 PM, Liliputienne said:

 

Tu peux mettre une photo de l'item s'il te plaît ? 

 

 

La DNA pol II a effectivement une fonction de réparation du DNA. Mais la DNA Pol I aussi (via son activité exonucléasique 5' - 3') 

 

 

 

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merci pour tes réponses !! j'ai mis la photo

mais ducoup tu parlais d'abord de la dna pol3 (t'as mis 2 sans faire exprès) mais est ce qu'elle corrige également les erreurs en post réplication ? et la dna pol 1 corrige via l'exonucléase 3-5 aussi ducoup ? comme tu m'as dis

et si l'item avait été "adn pol 3" c'est vrai aussi ducoup ?

Edited September 28, 2019 by Docteurmrb

[Liliputienne]

Alors pour répondre à ton item sur l’exercice : tu as une libération de molécules marquées au H (donc de A) ce qui signifie qu’elles sont évincées. De plus il y a une incorporation d’A marqué au 14C. Sachant que la DNA pol cherche à réparer le DNA dans ce cas là cela veut dire qu’elle  a d’abord synthétisé les appariements C - G (visible par l’incorporation du 32P) puis qu’elle a synthétisé des liaisons A donc certaines ont été effectuées en « remplacement » des anciennes (d’où la diminution du H et augmentation du 14C). Ainsi cela va dans le sens d’une exonucléase 5’-3’ ! 

 

Ensuite petit récap (vite fait donc tu me dis si ça te suffit) : 

 

Pour la DNA pol 3 : 

J’ai réouvert le poly pour vérifier, et il ne cite la DNA pol 3 que pour la réplication ! cf cet encadré 

Retiens simplement que la DNA pol 3 est utile pour la réplication et permet d’éviter les erreurs via la fonction proof reading ! 

 

 

Pour la DNA pol 1 : 

- Activité exonucléasique 3’-5’ : pour la réparation et proof reading (appelé aussi editing au cas où)

- Activité exonucléasique 5’-3’ : pour les amorces 

 

 

Pour la DNA pol 2 :

Elle possède elle une fonction 3’-5’ exonucléasique impliquée dans la réparation. 

 

C’est plus clair ? 

 

  On 9/28/2019 at 6:46 PM, Docteurmrb said:

si l'item avait été "adn pol 3" c'est vrai aussi ducoup ?

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De quel item me parles-tu (que je te dise pas de bêtise) ?

[DrR]

  On 9/28/2019 at 11:08 PM, Liliputienne said:

Alors pour répondre à ton item sur l’exercice : tu as une libération de molécules marquées au H (donc de A) ce qui signifie qu’elles sont évincées. De plus il y a une incorporation d’A marqué au 14C. Sachant que la DNA pol cherche à réparer le DNA dans ce cas là cela veut dire qu’elle  a d’abord synthétisé les appariements C - G (visible par l’incorporation du 32P) puis qu’elle a synthétisé des liaisons A donc certaines ont été effectuées en « remplacement » des anciennes (d’où la diminution du H et augmentation du 14C). Ainsi cela va dans le sens d’une exonucléase 5’-3’ ! 

 

Ensuite petit récap (vite fait donc tu me dis si ça te suffit) : 

 

Pour la DNA pol 3 : 

J’ai réouvert le poly pour vérifier, et il ne cite la DNA pol 3 que pour la réplication ! cf cet encadré 

Retiens simplement que la DNA pol 3 est utile pour la réplication et permet d’éviter les erreurs via la fonction proof reading ! 

 

 

Pour la DNA pol 1 : 

- Activité exonucléasique 3’-5’ : pour la réparation et proof reading (appelé aussi editing au cas où)

- Activité exonucléasique 5’-3’ : pour les amorces 

 

 

Pour la DNA pol 2 :

Elle possède elle une fonction 3’-5’ exonucléasique impliquée dans la réparation. 

 

C’est plus clair ? 

 

 

De quel item me parles-tu (que je te dise pas de bêtise) ?

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salut @Liliputienne merci pour ta réponse, je comprends pas pourquoi le c'est une activité exonucléase sachant qu'on sytnhétise au milieu du brin et qu'on enlève les A au milieu du brin et non pas aux extrémitées ?

et si c'était une endonucléase ça aurait donné quoi comme résultats (pour comprendre) ?

Edited October 4, 2019 by Docteurmrb

[maestro]

  On 9/28/2019 at 11:08 PM, Liliputienne said:

Sachant que la DNA pol cherche à réparer le DNA dans ce cas là cela veut dire qu’elle  a d’abord synthétisé les appariements C - G (visible par l’incorporation du 32P) puis qu’elle a synthétisé des liaisons A donc certaines ont été effectuées en « remplacement » des anciennes (d’où la diminution du H et augmentation du 14C). Ainsi cela va dans le sens d’une exonucléase 5’-3’ !

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Salut @DrR et @Liliputienne,

je me permets d'up ce sujet car j'ai la même interrogation,

l'énoncé ne nous donne pas " d'ordre" des résultats obtenues, 

la DNa polymérase aurait pu faire ces trois situations et obtenir exactement les mêmes resultats:

1) Elle synthétise les appariements CG puis les A, en dégradant les A en 5'-3'     ( ton hypothèse)

2) Elle coupe l'ADN ( fonction endonucléase), elle réalise un brin complémentaire du brin matrice en synthétisant les apparimeents CG puis les apparimeents AT, et la ligase finit le boulot en liant ce bloc avec les C qui étaient déjà là au départ

3) Elle dégrade avec sa fonction exonucléasique 3'-5' ( totalement ou partiellement en laissant des C), puis elle synthétise le brin complémentaire du brin matrice en se servant des C comme amorce! 

 

Comment faire pour trancher entre ces trois hypothèses? 

 

 

[Liliputienne]

Déjà désolée @DrR j'avais pas vu passer ta question ! 

Ensuite, @maestro si tu peux mettre l'item pour que je t'aide parce que l'image a disparu c'est le top  #RIPNoelSack 

[maestro]

 rep BD

[Liliputienne]

Du coup on va suivre le raisonnement suivant pas à pas : 

 

• On a du 3H sur l'adénine  = Le premier brin est marqué 
• On a du dATP marqué au 14C du dCTP (marqué au Phosphate sur le α donc il sera visible) 
• On a une ligase (donc on aura le rétablissement de la continuité des fragments) 

 

Après l'expérience on a libération de  3H (donc l'adénine du premier brin) 

Incorporation du 14C et Phosphate donc on a eu incorporation de AMP et CMP

Il y a une continuité du brin : via la présence de ligase 

 

Item A (faux) : On aurait intégration de 14C  uniquement au niveau du second brin, donc en absence de ligase on a 1 seul brin marqué au 14C

Item B (vrai) : Oui (cf analyse) 

Item C/D :  Ici on a le premier brin en haut qui est coupé en deux. D'une part on a le fragment avec les C et d'autre par le fragment avec les A. Sauf qu'entre les deux on a rien. Donc la nucléase qui permet la libération de 3H est une exonucléase (puisqu'elle part d'une extrémité "libre" et ne vient pas couper un brin continu). 

Elle élimine les 3H comme elle les trouve donc de 5' en 3' (elle ne peut pas être de 3' en 5' puisqu'on ne sait pas ce qui se trouve avec le fragment de A). 

 

 Ce qu'il faut voir dans cet exercice c'est que même si tu as 1 seul brin, le fait que la séquence soit coupée, c'est comme si tu laisses un trou donc au final ça revient à créer une extrémité libre par laquelle une exonucléase peut agir. 

 

Par exemple (ce n'est pas le cas de l'exercice mais c'est pour que tu comprennes) pour avoir une endonucléase

Si tu avais eu les T marqués sur le second brin par du 14C et que tu avais une libération de 14C lors de l'expérience il y aurait eu l'action d'une endonucléase à ce niveau puisque le brin n'est en continuité ; donc aucun extrémité libre où pourrait potentiellement agir une exonucléase. 

 

Est-ce que c'est plus clair pour toi @maestro (et @DrR du coup ça répond à ta dernière question !) 

 

Edited December 8, 2019 by Liliputienne

[maestro]

super c'est bon pour moi merci @Liliputienne d'avoir pris un peu de ton temps pour nous

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