ERRATA Colle n°7 01/04/19 Recherche

[Rizaulait]

Saluuut ! 

 

Vous pouvez débattre ici des potentiels errata de la colle concernant la partie Recherche! 

 

 

Merci pour votre bonne humeur et à la semaine prochaine en forme!!! 

[Cath]

Bonnjour, merci pour cette colle ! 

 

La 26A, compté vrai est une errata non ? 

[Bilskur]

Bonjour à tous

Merci d être venus nombreux

Oui, le 26A est bien faux, c est rectifie dans la correction que vous avez dans la librairie

[amé]

Salut, pour la question 23 D "cela permettrait de créer des modèles de souris où on peut induire le transgène à un moment voulu", je l'ai compté faux car pour moi la recombinaison homologue permet de cibler un gène et donc un endroit voulu. Du coup, est ce que la recombinaison homologue permet aussi de choisir quand s'exprime le transgène?

[Bremsstrahlung]

Salut salut et merci pour la colle ! je suis d'accord avec toi @amé sur le fait que cet item soit bizarre ...

 

j'ai des petits problèmes pour quelques autres items :

 

- 22B : pour moi on aura les trois quarts des souriceaux qui seront non transgéniques car l'un des parents est le chimère: il a une chance sur deux de donner un gamete issu de cellules transgéniques et une chance sur deux de donner le chromosome transgéniques ce qui fait donc une chance sur 4 d'avoir un souriceau hétérozygote transgéniques 

 

- 24B: pour moi ca aurait été vrai si on avais parlé de bande pangenomique or ici on ne précise rien donc ca peut aussi porter sur une banque de cDNA par exemple auquel cas il ne faut pas tout le génome 

 

-24E: c'est peut etre moi mais je ne me rappelle pas avoir vu des vecteurs eucaryotes... a part si on entend "cellule" par "hote" ce que je ne comprendrai pas. Quelqu'un peut m'éclairer svp ?

 

[Bremsstrahlung]

ah et j'ai oublié la 27B: pourquoi on pourrai pas utiliser une cytofluorometrie avec un antigène de cet anticorps ,couplé a un fluorochrome ? pour moi ca marcherai quand meme 

[Imaudium]

Bonjour et Merci une fois de plus pour votre colle!
Pour le QCM 29 B, je me demandais comment on pouvait savior que l'on voulait doser des Ac? En effet, l'énoncer nous disait qu'on voulait étudier si les Ac étaient dirigés vers l'enzyme mais on pourrait très bien utiliser l'Elisa sandwich pour savior si il y avait une liaison ou pas?

Merci par avance

[AnnaAlda]

il y a 44 minutes, Bremsstrahlung a dit :

 

- 22B : pour moi on aura les trois quarts des souriceaux qui seront non transgéniques car l'un des parents est le chimère: il a une chance sur deux de donner un gamete issu de cellules transgéniques et une chance sur deux de donner le chromosome transgéniques ce qui fait donc une chance sur 4 d'avoir un souriceau hétérozygote transgéniques 

 

+1

[Tobirama]

Bonjour et merci pour cette colle, 

 

Je me demandais si pour les QCM 21 et 22 il n'y avait pas eu une confusion entre 2 protocoles différents (un concernant les CSE et un deuxième concernant l'implantation de pro-nucléus mâle), à moins que ça soit une erreur de ma part  

 

- La première technique utilisée dans le QCM 21, consiste à modifier des CSE afin de les injecter dans un blastocyste qui sera lui même injecté dans des souris pseudo-gestantes. Ainsi on obtient des blastocyste chimère et par la suite des souris chimères possédant à la fois des cellules transgéniques et des cellules normales. Jusqu'ici tout va bien

 

- Cependant rien ne nous garantis que ces cellules transgéniques fourniront des cellules des lignées germinales et encore moins des gamètes. Ainsi rien ne nous garantis que la descendance de cette souris chimérique puisse être porteuse de la mutation. (par ailleurs la souris chimérique étant porteuse de 2 génomes différents (car étant chimérique par définition) l'utilisation d'une PCR semble inappropriée étant donné qu'elle ne nous donnerait des résultats que sur un seul des 2 génomes)

 

- Ainsi le QCM 22 devient caduque étant donné qu'on part du principe que les souris chimériques sont hétérozygote, ce qui est faux, car elles ne possèdent pas 2 allèles différents mais tout simplement 2 génomes différents.
(Ainsi à l'issu du "croisement 1" la probabilité d'obtenir des souriceaux transgéniques, varie en l'état actuel de l'énoncé entre 0 et 50% étant donné qu'on ne sait pas si un des parents possède la capacité de transmettre le transgène )

 

- Et donc pour obtenir de telles souris hétérozygotes, ce qui est notre objectif, il faudrait accoupler des souris chimériques productrices de gamètes transgéniques avec des souris standards afin d'obtenir une lignée transgénique établie, nous permettant ainsi via ce croisement des souris hétérozygotes pour le transgène

 

(Bonus : c'est pour cela d'ailleurs qu'on utilise les couleurs de pelage afin de marquer la présence ou non du transgène. Et comme les souris chimériques sont tachées cela montre bien l'existence de 2 génomes différents)

 

Pour que les items soient justes il aurait fallu qu'on utilise un protocole d'implantation dans le pro-nucléus mâle, là on aurait été sûre que la descendance serait dans un premier temps hétérozygote (issu du gamète modifié) et que dans un second temps la 1/2 des souris issues du "croisement 1" soient non-porteuses du transgène

 

J'espère que mon raisonnement est clair, juste et approprié, merci d'avance pour votre réponse 

(je pense qu'il y a une confusion terminologique entre chimérique et hétérozygote à moins que je ne sois totalement dans le faux)

 

 

PS : +1 avec @Bremsstrahlung

 

Edited April 1, 2019 by Tobirama

[Alexcipient]

Bonjour ! Merci beaucoup pour la colle de recherche !

Par contre j'ai un problème avec l'item F de la question 23 (il m'a fait beaucoup réfléchir), normalement c'est pas le chameau qui a deux bosses et non le dromadaire ? Du coup je comprends pas trop

[chloe2948]

Salut et merci pour la colle !

 

Pour le QCM21 la correction dit que comme on a un ADNc on ne compte pas les exons, mais pourtant dans l'énoncé on dit que l'on réalise une PCR et non pas une RT-PCR... On ne fait pas la distinction dans l'UE8 ?

[Marin]

@amé Tu peux faire les deux à la fois ! il te suffirait de mettre un promoteur inductible a un moment donné du développement par exemple.

 

@chloe2948 Le cDNA c'est le DNA complémentaire d'un ARN en fait du coup vu que sur ton ARN il y a plus d'introns, ton cDNA n'aura pas d'introns

une rt-PCR je crois que je me rappelle que ça utilise une rétro transcriptase qui du coup va transcrire de l'adn a partir d'un arn

 

J'ai un soucis avec le QCM 26 On nous dit que les extrémités coupées par DORY( ) ET BOB sont compatible mais j'arrive pas a voir que c'est compatible...

 

DORY = ccatg/g

BOB = C/GTACG

Edited April 2, 2019 by Marin

[LISEBELLOC]

Bonjour,

je ne comprends pas la justification du 23 item E. Dans l’item on nous dit pas qu’il n’y QUE des hétérozygotes pour le transgene donc je ne comprends pas pourquoi c’est faux de dire que la première génération contient des hétérozygotes... 

 

merci d’avance ! 

[Bremsstrahlung]

oui je suis d'accord avec toi @chloe2948 pour moi si on fait une PCR on aura les exons or la ce n'est pas le cas 

je ne suis pas sur de comprendre ta réponse @Marin...

[Marin]

@Bremsstrahlung @chloe2948 On intègre dans certaines cellules un cDNA. Donc un ADN complémentaire d'un ARNm (sans introns du coup). 

Après les souris naissent et certaines ont intégré le transgène, on veut vérifier lesquelles.

Le transgène c'est ce qu'on ajoute dans les cellules ES, ici c'est un ADNc. Donc si on veut vérifier la présence d'un transgène il faut penser que ce q'on a intégré est un ADNc et donc que les exons ne sont plus là.

Dans l'énoncé le schémas on nous dit que le schémas est la structure du gène dont est tiré l'ADNc.

 

Edited April 2, 2019 by Marin

[Jossculte]

@PoissondAvril +1

 

@Bremsstrahlung En fait on nous donne la structure du gène et non du transgène. Or ce dernier est du cDNA donc sans intron. Il va aller remplacer le gène. Donc en faisant une PCR, on obtient un produit d'amplification contenant seulement les exons. J'avais fait la même erreur en lisant PCR...

[PrKORO]

Bonjour et merci pour la colle,

j'ai un soucis avec l'item 26C, on nous dit que le vecteur sera intégré dans le plasmide, mais c'est l'insert qui s'intègre dans le plasmide non? Me suis-je embrouillée? merci d'avance!

[CoralieB]

@PrKORO oui j'ai eu le même problème mais je pense pas que c'était un piège c'était plutôt une erreur d'attention (en tout cas c'est ce que je me suis dis)

[PrKORO]

il y a 1 minute, CoralieB a dit :

@PrKORO oui j'ai eu le même problème mais je pense pas que c'était un piège c'était plutôt une erreur d'attention (en tout cas c'est ce que je me suis dis)

Oui je suis d'accord mais je pensais personnellement qu'on voulait nous pièger dessus ahah du coup en soit c'est faux c'est pour ça  

Au moins je suis pas la seule à avoir remarquer

[CoralieB]

Oui après c'est sur qu'en prenant toujours tout au mot près c'est faux (mais vu qu'en soit c'est pas voulu la correction est bonne aussi ).

@PrKORO 

[Bilskur]

Bonjour à tous  

Maintenant que vous en avez un peu débattu, on va reprendre tout ça  

 

On va commencer par @PoissondAvril : 

Il y a 18 heures, PoissondAvril a dit :

j'ai un problème avec l'item F de la question 23 (il m'a fait beaucoup réfléchir), normalement c'est pas le chameau qui a deux bosses et non le dromadaire

Oui, le chameau a deux bosses, et le dromadaire en a qu'une  

 

Pour la 23D : 

Il y a 20 heures, amé a dit :

Du coup, est ce que la recombinaison homologue permet aussi de choisir quand s'exprime le transgène?

Tout dépend du promoteur que tu utilises, il est vrai qu'on parle souvent de promoteurs dans l'espace, pour n'exprimer le gène que dans un tissu donné, mais il y a aussi des promoteurs dits "inductibles" et que tu vas pouvoir allumer à un temps donné de la vie. 

C'est utilisé souvent dans les circonstance ou le transgène empêche le développement embryonnaire, on peut ainsi laisser l'embryon se développer normalement, et à l'page qu'on veut, induire le promoteur et donc la transcription du transgène. 

 

Il y a 19 heures, Bremsstrahlung a dit :

22B : pour moi on aura les trois quarts des souriceaux qui seront non transgéniques car l'un des parents est le chimère: il a une chance sur deux de donner un gamete issu de cellules transgéniques et une chance sur deux de donner le chromosome transgéniques ce qui fait donc une chance sur 4 d'avoir un souriceau hétérozygote transgéniques 

Oui, je suis d'accord, il y a un errata ici, l'item va être annulé  

 

Il y a 19 heures, Bremsstrahlung a dit :

24B: pour moi ca aurait été vrai si on avais parlé de bande pangenomique or ici on ne précise rien donc ca peut aussi porter sur une banque de cDNA par exemple auquel cas il ne faut pas tout le génome

Ici, c'est bien la définition d'une banque, c'est à dire qu'elle comporte en portions fragmentées l'ensemble du génome, donc l'item reste vrai. 

 

Il y a 19 heures, Bremsstrahlung a dit :

24E: c'est peut etre moi mais je ne me rappelle pas avoir vu des vecteurs eucaryotes... a part si on entend "cellule" par "hote" ce que je ne comprendrai pas.

Ici le procaryote/eucaryote n'est pas lié au vecteur mais bien à la cellule hôte  

 

Il y a 19 heures, Bremsstrahlung a dit :

27B: pourquoi on pourrai pas utiliser une cytofluorometrie avec un antigène de cet anticorps ,couplé a un fluorochrome

Un Ac est spécifique d'un Ag, mais la réciproque n'est pas vraie. Donc si tu utilises un Ag marqué, tu as des possibilités d'avoir une réaction croisée, et donc d'avoir un résultat faussé. Donc ce ne serait pas fiable  

 

Il y a 18 heures, Sushi a dit :

QCM 29 B, je me demandais comment on pouvait savior que l'on voulait doser des Ac? En effet, l'énoncer nous disait qu'on voulait étudier si les Ac étaient dirigés vers l'enzyme mais on pourrait très bien utiliser l'Elisa sandwich pour savior si il y avait une liaison ou pas?

J'admet que c'était pas évident, mais si tu veux évaluer la réactivité d'un Ac sur un un Ag donné, tu ne vas pas réaliser un Elisa sandwich, parce qu'elle nécessite deux Ac, et qu'il faut qu'un soit radiomarqué. Donc tu ne peux pas à partir de ce qu'on te propose la réaliser, puisque le but de cette expérience est de doser un Ag en utilisant 2 Ac que tu sais être spécifiques de cet antigène.

 

@Tobirama, je suis d'accord avec toi, l'item 22B devient caduque, mais le reste du QCM reste bon. 

 

Pour le QCM 21, je n'ai rien a ajouté à la réponse de @Marin  

Il y a 3 heures, Marin a dit :

On intègre dans certaines cellules un cDNA. Donc un ADN complémentaire d'un ARNm (sans introns du coup). 

 Après les souris naissent et certaines ont intégré le transgène, on veut vérifier lesquelles.

 Le transgène c'est ce qu'on ajoute dans les cellules ES, ici c'est un ADNc. Donc si on veut vérifier la présence d'un transgène il faut penser que ce q'on a intégré est un ADNc et donc que les exons ne sont plus là.

Dans l'énoncé le schémas on nous dit que le schémas est la structure du gène dont est tiré l'ADNc.

 

il y a 17 minutes, PrKORO a dit :

j'ai un soucis avec l'item 26C, on nous dit que le vecteur sera intégré dans le plasmide, mais c'est l'insert qui s'intègre dans le plasmide non? Me suis-je embrouillée? merci d'avance!

Oui, on voulait évidemment parle de 'linsert dans le vecteur  Mais ce n'était évidemment pas un piège, surtout qu'il y a la même chose à l'item en dessous, et on ne fait pas deux fois le même piège de suite

Désolé pour ça  

 

Il y a 16 heures, Marin a dit :

J'ai un soucis avec le QCM 26 On nous dit que les extrémités coupées par DORY( ) ET BOB sont compatible mais j'arrive pas a voir que c'est compatible...

 

DORY = ccatg/g

BOB = C/GTACG

Et oui, c'est compatible! 

Dory : CCATG/G

           G/GTACC

L'insert est préparé par Dory, donc va garder son extrémité collée à la séquence insérée, à savoir ici CATG. 

Bob : C/GTACG

           GCATG/C 

Le vecteur est ouvert par Bob, donc on va garder la séquence collée au vecteur, donc GTAC. 

Or, CATG et GTAC, ça matche! Tu peux bien avoir une liaison entre ces deux extrémités. 

 

Voilà, j'espère que j'ai répondu à tout le monde  

Si c'est pas clair, n'hésitez pas à redemander, ou à passer en perm tout à l'heure  

[Bilskur]

Donc en bilan : 

L'item 22B est annulé. 

L'item 26A devient faux.

 

Désolé pour ça, on fera mieux à la prochaine

Merci à tous d'être venus 

[chloe2948]

@Marin super j'ai compris, merci beaucoup !! 

[504TMW]

Bonjour, merci beaucoup pour cette colle et désolé de poser mes questions aussi tard, j'ai pas eu le temps avant...

 

*

Le 02/04/2019 à 11:09, Bilskur a dit :

Pour la 23D : 

Le 01/04/2019 à 14:33, amé a dit :

Du coup, est ce que la recombinaison homologue permet aussi de choisir quand s'exprime le transgène?

Tout dépend du promoteur que tu utilises, il est vrai qu'on parle souvent de promoteurs dans l'espace, pour n'exprimer le gène que dans un tissu donné, mais il y a aussi des promoteurs dits "inductibles" et que tu vas pouvoir allumer à un temps donné de la vie. 

C'est utilisé souvent dans les circonstance ou le transgène empêche le développement embryonnaire, on peut ainsi laisser l'embryon se développer normalement, et à l'page qu'on veut, induire le promoteur et donc la transcription du transgène. 

Par rapport à ca, j'ai pas bien compris, du coup ca veut dire qu'on utilise aussi des promoteurs pour la recombinaison homologue ?

Je pensais que c'était spécifique de la mutagénèse conditionnelle 

 

* J'ai pas bien compris la 25 E aussi, je comprends pas de quoi l'item parle : la microinjection de quoi ? Parce que je me disais que la microinjection dans les gamètes a un rendement faible mais la microinjection dans le pronucleus a un rendement élevé du coup j'ai pas trop su répondre...

 

*Je comprends pas la correction du 29C qui dit que le dot blot dose des Ag, car je pensais qu'il dosait des Ac comme l'IT...

 

Merci beaucoup à la personne qui répondra et désolé du retard !

[Bilskur]

Salut, désolé du petit délai de réponse  

Le 04/04/2019 à 10:59, 504TMW a dit :

Par rapport à ca, j'ai pas bien compris, du coup ca veut dire qu'on utilise aussi des promoteurs pour la recombinaison homologue ?

Je pensais que c'était spécifique de la mutagénèse conditionnelle 

Je suis d'accord, on a fait une erreur. 

En fait, la recombinaison homologue est utilisée dans cette technique mais elle ne suffit pas à elle seule, du moins d'après le cours. 

C'est un peu tard pour le mettre comme errata, mais ça en serait un désolé  

 

Le 04/04/2019 à 10:59, 504TMW a dit :

J'ai pas bien compris la 25 E aussi, je comprends pas de quoi l'item parle : la microinjection de quoi ? Parce que je me disais que la microinjection dans les gamètes a un rendement faible mais la microinjection dans le pronucleus a un rendement élevé du coup j'ai pas trop su répondre...

Oui, c'est pas assez bien précisé  

Toutefois ce genre de connaissance ne tombe pas au concours, Mr Levade préfère vous interroger sur vos compréhension des techniques plutôt que sur ce type de points là. 

 

Le 04/04/2019 à 10:59, 504TMW a dit :

Je comprends pas la correction du 29C qui dit que le dot blot dose des Ag, car je pensais qu'il dosait des Ac comme l'IT...

Pour le coup je veux pas dire de bêtise parce que j'ai un doute. 

Ce qui est sur c'est qu'on utilise bien l'IT et le dot-blot pour doser (semi-quantitativement toujours) des antigènes, mais je pense qu'on peut aussi l'utiliser pour des anticorps, du moins c'est ce qu'il me semble d'après le poly.

 

Désolé pour ces erreurs/imprécisions