Quantifier proteine dans un tableau

[Fusi78]

Salut,

Edited August 29, 2019 by PMous

[Fusi78]

 Merci

Edited August 29, 2019 by PMous

[Vésale]

Vus que tu es lycéen tu ne le sais pas mais le concours viens de finir donc tu n'auras très certainement pas de réponse malheureusement

également une choses tu poses des questions qui sortent de je ne sais trop où mais saches que tu seras sélectionner dans une des trois facs aléatoirement donc que les matières de par cœur varieront entre profs et facs ...

tu peux cependant si t'as motivation est grande bien que je te le déconseilles bosser les maths qui est une matière commune aux trois facs

Bref sur ce les PACES en vacances te souhaites bon courage 

[Fusi78]

  On 1/18/2019 at 1:57 PM, Vésale said:

Vus que tu es lycéen tu ne le sais pas mais le concours viens de finir donc tu n'auras très certainement pas de réponse malheureusement

également une choses tu poses des questions qui sortent de je ne sais trop où mais saches que tu seras sélectionner dans une des trois facs aléatoirement donc que les matières de par cœur varieront entre profs et facs ...

tu peux cependant si t'as motivation est grande bien que je te le déconseilles bosser les maths qui est une matière commune aux trois facs

Bref sur ce les PACES en vacances te souhaites bon courage 

Expand  

 

Merci des conseils. Après j'ai pas mal de temps en ce moment, ça me pose pas de probleme de m'avancer... et j'espère qu'un généreux P1 en vacance ou P2 ou + puisse me filer un petit coup de main

[Vésale]

Mais ton QCM est hors PACES je ne sais pas d'où tu le tires

[Fusi78]

D'annales de paces justement. mais c'est compliqué à expliquer bref x)

[aymericz]

Salut @PMous,

Ce n'est pas un tableau mais plusieurs western blot (ou immunoempreinte, je ne sais pas comment tu appelles ça) à la suite.

Les protéines migrent selon leur poids et tu peux identifier 3 bandes différentes 

-1 d'environ 33kD=forme sécrétée

--1 d'enciron 18kD=forme Ctm clivée

-1 d'environ 14  kD=forme Ntm clivée

 

En absence de protéase tu n'as logiquement que la forme sécrétée puisqu'il n'y a aucune raison d'avoir des parties membranaires.

 

-Au niveau de toutes les formes tu as bien sur la forme sécrétée sans protéase que tu retrouves en partie en présence de protéases.  Jusqu'ici pas de soucis, les mutations n'ont pas d'impact.

 

-Au niveau de la formes sauvage tu obtient des fragments de 14 et 18 kD donc tu as bien les 2 formes Ntm et Ctm.

 

-Maintenant, au niveau du mutant 1 avec la protéase on n'a plus que du 18 kD, donc seul la Ctm est clivée. Donc soit la mutation ne permet plus l'expression de Ntm, soit la mutation change la séquence N-term au niveau de laquelle la protéase coupe.

 

-Pour le mutant 2, c'est l'inverse donc, je te laisse appliquer le même raisonnement!

 

Est-ce que ça t'aide ?

 

[Fusi78]

mercii

Edited August 29, 2019 by PMous

[aymericz]

Salut @PMous,

Petit point vocabulaire:

Cliver = couper et donc le site de clivage c'est la partie de la protéine que la protéase reconnait et qu'elle coupe.

Protéine sauvage (aussi appelée Wild type/WT) = protéine issue du gène original, sans mutation ni modification

 

  On 1/18/2019 at 9:42 PM, PMous said:

"Quelles que soit la localisation de la mutation, les résultats sont identiques, on obtient deux protéines après chaque action de la protéase"

Expand  

Donc là on ne s'intéresse qu'aux protéinés mutées (pas la sauvage, donc tu oublies les 2 premiers western. Concernant cet item, on voit effectivement qu'après action des protéases on obtient 2 bandes sauf que les résultats ne sont pas identiques (on a 14/33 et 18/33). 

 

Pour la 1:

La translocation c'est le déplacement de la protéine après ou pendant la traduction. Elle peut être co-traductionnelle dans le cas des protéines sécrétées et membranaires, ou post-traductionelle pour les protéines destinées à d'autres compartiments cellulaires. Tu vois bien ici que la protéine peut être dans la cavité du RE si elle doit être sécrétée, ou peut être insérée de 2 manières dans la membrane. Il faut que tu saches que l'insertion dans la membrane dépend des charges des AA au niveau de la région transmembranaires. Plus pratiquement si tu regardes les mutants M1 et M2 mutés en Ntermn, tu vois bien que pour l'un tu as que du NtmPrp (et sécrété) et l'autre que du CtmPrp (et sécrété), ça a donc bien un impact sur la translocation.

 

Pour la 2:

On vient de dire que oui pour Nterm et je t'ai expliqué pourquoi c'est vrai pour la partie transmembranaire

 

Pour la 3:

C'est ce qu'on vient de voir dans les western

 

Pour la 4:

Cterm est la dernière partie de la protéine à être traduite donc a priori si Nterm et transmembranaire sont bins, ça n'aura pas d'impact sur les résultats, donc ça ne sera pas les mêmes.

 

 

Voilà, j'espère que ça t'aidera, désolé si c'est confus ou contradictoire mais je n'arrive pas bien à cerner la logique ou la cohérence dans cet exercice. D'ailleurs je suis bien curieux de savoir où tu as déniché ça!

 

[Fusi78]

merci !

Edited August 29, 2019 by PMous

[aymericz]

Salut @PMous

 

  On 1/19/2019 at 8:37 PM, PMous said:

- Pour la 3 "C'est ce qu'on vient de voir dans les western" j'ai pas compris :x j'ai relu tes deux posts, quelque chose doit m'échapper, les fonctions d'adressage et d'orientation dans la membrane sont indiqués via le western blot ? Enfaite j'aurai mis vrai à ce QCM simplement parce que je pensais que toutes les séquences signal peu importe l'exo ont deux fonctions adressage et orientation, j'ai tort ?

Expand  

Tu ne peux effectivement pas voir ces fonction directement dans les western blot, je voulais dire que les résultats t'indiquaient directement la réponse. Quand on mute Nterm, on voit bien que les orientations des protéines et leur adressage sont différentes.

  On 1/19/2019 at 8:37 PM, PMous said:

Pour la 4 si j'ai bien compris c'est faux tout simplement parce que les protéines vont dans le sens Nter ->Cter, donc logiquement Cter est la dernière à etre traduite ? Donc Cter étant toujours à la fin, il aura toujours un impact moindre que Nter c'est bien ça ?

Expand  

On ne peut pas dire que les mutations de Cterm auront toujours moins d'impact, puisque certaines protéines périphériques ancrées par GPI, sont initialement ancrées dans la membranes par un peptide d'ancrage Cterm. Ici je te parle uniquement de la protéine prion vue sur la figure 1. Ce qu'on peut dire avec les résultats c'est que Nterm et la partie transmembranaire ont un rôle dans l'orientation de la protéine, et vu que Cterm est la dernière partie à être traduite, même si il y avait une mutation, la protéine serait déjà ancrée et orientée.

 

J'espère que c'est plus clair, n'hésites pas si quelque chose te tracasse.

[Fusi78]

 

Merci encore

Edited August 29, 2019 by PMous

[aymericz]

  On 1/20/2019 at 1:04 PM, PMous said:

Pour la 4 idem tu vois que la protéine prion sur la figure 1 synthétise cter en dernier, parce que pour "secPrp" le Ct est situé "plus en bas"  que Nter, qu'ell est plus proche du cytoplasme donc on en déduit qu'elle a été synthétise en dernier ?

Expand  

@PMous, c'est juste du cours, c'est comme ça. Le premier AA est une méthionine et l'extrémité Nterm correspond à la région 5'de l'ARNm, qui est la première à être traduite.

 

  On 1/20/2019 at 1:04 PM, PMous said:

"je voulais dire que les résultats t'indiquaient directement la réponse. Quand on mute Nterm, on voit bien que les orientations des protéines et leur adressage sont différentes." Où est ce que tu vois ça ? désolé mais j'ai vraiment du mal à situé, c'est sur la figure 1 ou 2 ? enfaite je n'arrive pas à voir à partir des schémas une différence d'orientation et d'adressage, appart sur la figure 1 ou les 3 protéines commencent et finissent différemment, mais le premier schéma ne traite pas des mutations non ?

Expand  

Simplement en regardant les western blot, tu vois bien qu'au niveau du mutant 1 ou 2, on ne retrouve pas soit NtmPrp soit CtmPrp, ce qui indique un problème d'adressage et d'orientation. De plus les niveaux de SecPrp varient légèrement ( très dur à dire sur une technique comme le WB qui est semi-quantitative), ce qui renforce notre hypothèse.

 

 

J'espère que ça réglera ton problème !

[Fusi78]

Oui c'est parfait, j'ai bien compris ! encore merci de m'avoir expliqué @aymericz , j'ai maintenant tout compris, plus de doute x)