TinkyWinky Posted January 8, 2019 Posted January 8, 2019 Hello la tutofamily, Je me pose une question par rapport aux amorces si on nous précise pas si la PCR doit se faire à haute ou basse stringeance pourquoi on ne pourrait pas accepter une amorce qui diverge à quelques nucléotides près? ( par rapport à la C qui est fausse je crois pour quelques nucléotides sur celle de droite non?) Quote
Parolier974 Posted January 8, 2019 Posted January 8, 2019 Bonjour Ça doit se faire à basse stringence, dans le poly tu vois bien qu'il y a un problème d'accroche entre l'amorce et le brin avec mutation à haute stringence. Sinon on peut accepter une différence de quelques nt mais ils doivent être du côté 3' du brin codant car on scan (si je peux dire ça) de 5' en 3' du brin codant. Ici, les nt qui different sont du mauvais côté. C'est pour ça je pense. Quote
TinkyWinky Posted January 8, 2019 Author Posted January 8, 2019 il y a 59 minutes, Parolier974 a dit : Bonjour Ça doit se faire à basse stringence, dans le poly tu vois bien qu'il y a un problème d'accroche entre l'amorce et le brin avec mutation à haute stringence. Sinon on peut accepter une différence de quelques nt mais ils doivent être du côté 3' du brin codant car on scan (si je peux dire ça) de 5' en 3' du brin codant. Ici, les nt qui different sont du mauvais côté. C'est pour ça je pense. Si l'amorce est à droite elle est bien en 3 du brin codant non? j'avais jamais entendu parler de ça tu penses que c'est pour ça qu'elle est fausse? Quote
Ancien Responsable Matière ISB Posted January 8, 2019 Ancien Responsable Matière Posted January 8, 2019 Franchement je m'y connais pas en stringence, perso quand y'a des amorces j'ai tjr regardé si ça s'hybrident sans arrière pensée, si tu veux des explications peut-être voir avec @lenouillette @Blop Quote
Jackjack Posted January 8, 2019 Posted January 8, 2019 Salut ! Je confirme ce qu'a dit @Parolier974 en TD Olichon nous l'a dit mais perso je suis encore jamais tombée sur un QCM où il y avait ce genre situation Quote
Ancien Responsable Matière Lénouillette Posted January 8, 2019 Ancien Responsable Matière Posted January 8, 2019 il y a 14 minutes, ISB a dit : Franchement je m'y connais pas en stringence, perso quand y'a des amorces j'ai tjr regardé si ça s'hybrident sans arrière pensée, si tu veux des explications peut-être voir avec @lenouillette Mais qu'est-ce que j'ai fait pour mériter une identification sur un sujet aussi compliqué ? @TinkyWinky à la base j'avais pas répondu parce que je suis pas très sûre de moi, mais voilà ma théorie : ici, on veut amplifier un gène pour réaliser une étude. Après, ce n'est pas chez un patient, on ne cherche pas de mutation, etc. Donc en soi, on peut faire l'hybridation à haute stringence. Pour moi, quand rien n'est précisé dans l'énoncé, on suggère que la PCR se fait à haute stringence, comme d'hab quoi. Par contre, si dans l'énoncé on te dit qu'on suspecte une mutation, là la basse stringence est envisageable. Après je ne peux pas confirmer/infirmer la version des autres comme quoi les nucléotides seraient du mauvais côté, parce que j'ai pas eu Olichon en TD, et que j'ai jamais entendu ça de ma vie... Révélation Et aussi que le génome commence vraiment à me casser les bonbons grave Quote
TinkyWinky Posted January 8, 2019 Author Posted January 8, 2019 @lenouillette il me semble que justement on doit prendre haute stringence s'il y a une mutation sinon ça s'hybriderai avec les deux et on verrai pas mutation non? Et du coup je pensais qu'en méthode habituelle on prend une basse stringence car pas besoin de beaucoup de précision Quote
Ancien Responsable Matière Lénouillette Posted January 8, 2019 Ancien Responsable Matière Posted January 8, 2019 il y a 15 minutes, TinkyWinky a dit : il me semble que justement on doit prendre haute stringence s'il y a une mutation sinon ça s'hybriderai avec les deux et on verrai pas mutation non? Et du coup je pensais qu'en méthode habituelle on prend une basse stringence car pas besoin de beaucoup de précision Ça dépend de la technique qu'on utilise : ASO : on fait de la haute stringence, parce que s'il y a une mutation, l'amorce ne s'hybridera pas PCR nichée : on fait de la haute stringence, parce qu'on a une amorce spécifique de la mutation mais par exemple, si on veut juste amplifier le gène comme dans ton QCM, et qu'on suspecte une mutation, alors on fait une basse stringence pour être sûr que l'amorce s'hybride avec quelque chose et qu'on n'amplifie pas dans le vide Quote
Parolier974 Posted January 8, 2019 Posted January 8, 2019 Il y a 1 heure, ISB a dit : des amorces j'ai tjr regardé si ça s'hybrident Je t'ai identifier car on avait échangé sur une annale où ni toi ni moi n'avions valider le choix d'une amorce alors que la réponse était donné vraie (rappelle toi les 4G) Quote
TinkyWinky Posted January 8, 2019 Author Posted January 8, 2019 il y a 1 minute, lenouillette a dit : Ça dépend de la technique qu'on utilise : ASO : on fait de la haute stringence, parce que s'il y a une mutation, l'amorce ne s'hybridera pas PCR nichée : on fait de la haute stringence, parce qu'on a une amorce spécifique de la mutation mais par exemple, si on veut juste amplifier le gène comme dans ton QCM, et qu'on suspecte une mutation, alors on fait une basse stringence pour être sûr que l'amorce s'hybride avec quelque chose et qu'on n'amplifie pas dans le vide Ah oui oui d'accord parce que au dessus tu avais mis que ici on pouvait faire de la haute stringence . Ici la C est fausse par rapport à ces nucléotides changés et du coup ça devait se faire à haute stringence même si c'est pas spécifique? Quote
Ancien Responsable Matière Lénouillette Posted January 8, 2019 Ancien Responsable Matière Posted January 8, 2019 il y a 10 minutes, TinkyWinky a dit : Ah oui oui d'accord parce que au dessus tu avais mis que ici on pouvait faire de la haute stringence . Ici la C est fausse par rapport à ces nucléotides changés et du coup ça devait se faire à haute stringence même si c'est pas spécifique? Oui, parce que dans l'énoncé de ton QCM, on n'amplifie pas le gène chez un patient qui présente une maladie génique donc possiblement une mutation, mais on l'amplifie pour faire de la recherche. Donc on peut faire de la haute stringence, puisqu'on veut simplement étudier le gène Quote
TinkyWinky Posted January 8, 2019 Author Posted January 8, 2019 (edited) il y a 2 minutes, lenouillette a dit : Oui, parce que dans l'énoncé de ton QCM, on n'amplifie pas le gène chez un patient qui présente une maladie génique donc possiblement une mutation, mais on l'amplifie pour faire de la recherche. Donc on peut faire de la haute stringence, puisqu'on veut simplement étudier le gène En fait c'est là que je ne comprends pas pour moi haute stringence= précis= quand on veut détecter mutation d'où le fait que je comprend pas ici la necessité de haute stringence Edited January 8, 2019 by TinkyWinky Quote
Ancien Responsable Matière Solution Lénouillette Posted January 8, 2019 Ancien Responsable Matière Solution Posted January 8, 2019 il y a 9 minutes, TinkyWinky a dit : En fait c'est là que je ne comprends pas pour moi haute stringence= précis= quand on veut détecter mutation d'où le fait que je comprend pas ici la necessité de haute stringence Honnêtement, je suis désolée, mais j'arriverai pas à mieux t'expliquer comment je le vois... Je réessaye une dernière fois Dans ton QCM, tu es bien d'accord qu'on ne cherche pas à détecter une mutation ? Donc, déjà on élimine la technique ASO et la PCR nichée. Ensuite, on ne cherche pas à amplifier un gène dont on suspecte qu'il soit muté -> on élimine la basse stringence. En fait, la basse stringence, c'est un peu comme une "roue de secours", genre on l'utilise pour être sûr d'amplifier quelque chose quand on pense qu'il y a une chance pour que ça ne s'amplifie pas. Ici, on cherche à faire de la recherche sur un gène, donc on va l'amplifier. Si on connaît parfaitement ce gène, pour avoir un truc ultra spécifique et n'amplifier que lui, on fait de la haute stringence Est-ce que c'est mieux ?... Quote
TinkyWinky Posted January 8, 2019 Author Posted January 8, 2019 il y a 2 minutes, lenouillette a dit : Honnêtement, je suis désolée, mais j'arriverai pas à mieux t'expliquer comment je le vois... Je réessaye une dernière fois Dans ton QCM, tu es bien d'accord qu'on ne cherche pas à détecter une mutation ? Donc, déjà on élimine la technique ASO et la PCR nichée. Ensuite, on ne cherche pas à amplifier un gène dont on suspecte qu'il soit muté -> on élimine la basse stringence. En fait, la basse stringence, c'est un peu comme une "roue de secours", genre on l'utilise pour être sûr d'amplifier quelque chose quand on pense qu'il y a une chance pour que ça ne s'amplifie pas. Ici, on cherche à faire de la recherche sur un gène, donc on va l'amplifier. Si on connaît parfaitement ce gène, pour avoir un truc ultra spécifique et n'amplifier que lui, on fait de la haute stringence Est-ce que c'est mieux ?... PARFAIIIT En fait je crois que je confondais l'utilisation de la haute et de la basse stringence mais l'image de la roue de secours m'a aidé lol Merciiiii +++ Quote
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