QCM 12 (2012)

[fannymeli72]

Bonjour, je relie et rerelie un post avec l'explication de ce QCM mais je ne comprend pas. Le voici:

 

• Item A

EcoRI donne une extrémité 5' sortante donc c'est possible que ce soit l'enzyme X

 

• Item B

SacI donne une extrémité 3' sortant donc c'est possible que ce soit Y

 

• Item C

On voit sur le schéma qu'après l'action de l'exonucléase III il y a toujours les extrémités 5' sortantes, cela signifie que la digestion s'est faite sur le brin complémentaire soit de 3' -> 5'

L'item est donc faux.

 

• Item D

Si tu ajoutes un fragment de Klenow tu vas avoir resynthèse des brins à partir des matrices (5' et 3' sortantes). Tu auras alors des brins à extrémités franches qui ne pourront pas être intégrés aux plasmides qui eux ont étés digérés par des enzymes à extrémités sortantes !
L'item est donc faux.. (il était pas facile celui là)

 

• Item E

Il 'agit d'un ribose ! Or le plasmide c'est de l'ADN ... Oui, c'est un piège super con, je suis d'accord...

 

 

Donc je ne comprend pas l'explication de l'item C et D. 

[Maevaa]

Salut !

Alors pour l'item C :

Il fait que tu regardes le schéma "digestion par l'exonuclease III", on te dis dans l'énoncé que cette exonuclease n'agit que sur l'extrémité 5'sortante (à gauche du schéma), tu vois que le brin qui raccourcit au fil du temps c'est celui "du bas", c'est à dire celui qui est orienté 3'-->5' (cf le schéma juste au dessus pour avoir l'orientation des brins) alors que le brin "du haut" n'a pas bougé lui ! 

Donc l'exonuclease III agit de 3-->5' 

 

Pour le D :

On sait que grâce au fragment de klenow et les DNTP + ligation on pourra obtenir l'elongation du brin du "bas" à partir du brin du "haut" qui servira de matrice. À la fin de l'elongation tu vas avoir des bouts francs (donc pas d'extrémité ni 3' ni 5' sortante) 

Or, le plasmide a été digéré par des enzymes qui ne génèrent pas des bouts francs mais des extrémités sortantes ! 

Donc on a un fragment d'adn avec des bouts francs... Et un plasmide avec des extrémités sortantes... L'ADN ne peut pas être inséré ! 

 

Tu comprends mieux ?

[fannymeli72]

@MaevaaOulala, déprimant, je crois que j'ai vraiment du mal en génome !!! Quand je regarde le schéma je vois juste un seul brin répété 4 fois, comment tu sais que qu'il y a les deux brins et où est le brin sens et le brin néo-synthétisé?  

 

Dans l'énoncé il dise utilisé une stratégie pour produire des délétions unidirectionnelles progressives, je pensais que ça voulais dire que ça concerne d'un seul brin, mais finalement non, donc ça veux dire quoi? 

 

Et pour l'item D, comment sais tu que ça fais des bouts francs, pour moi la nucléase va grignoter jusqu'à trouver des zones d’homologues mais le fragment de klenow le fait aussi??? 

Edited December 14, 2018 by fannymeli72

[Maevaa]

Courage, c'est pas toujours évident le génome !! J'étais pareille !

 

Alors je sais que le poly n'est pas toujours bien imprimé, alors au cas je te mets le schéma en photo 

 

Les brins que j'ai surligné en jaune sont les brins matrice, qui n'ont pas été digérés ! Donc si on met le fragment de Klenow etc... Le brin néo synthétisé sera en dessous 

Je sais que c'est double brin parce qu'on a de l'ADN du coup, et aussi grâce au schéma ! 

 

Je pense que le mot "unidirectionnel" concerne le sens d'insertion du brin d'adn dans le plasmide ! De façon à avoir un brin qui s'insère dans le bon sens, qui permettra d'avoir le transcrit voulu

 

Non, enfait le fragment de Klenow permet juste de faire l'elongation du brin, il ne grignote rien du tout

Du coup ce qui est en dessous des brins jaunes sera transcrit: on aura des bouts francs. 

[fannymeli72]

@Maevaa, Merci merci merci  

J'ai enfin compris, et mon poly était bien mal imprimé je n'avais aucun brin matrice. 

[Maevaa]

Avec plaisir, ça va toujours mieux quand on a toutes les infos !

Bon courage

[jpmeao]

saluuuut! upppp 

 

alors je ne comprends pas trop la réponse D perso, comment sait-on que le fragment d'ADNc que l'on va insérer sera pas à bout francs? 

 

merciii

[ClaraF]

Salut @jpmeao! 

 

Je pense qu'en fait quand tu as un morceau d'ADN avec des extrémités sortantes, si on ajoute du AND-POL et des dNTPs on va copier (ajouter des dNTP) le morceau sortant jusqu'à la fin et finalement on aura les dos brins de la même longueur, donc a bouts francs. 

 

Par contre, j'ai un doute, car j'avais noté dans mon cours, que Langin avait dit que même si on a des bout francs, avec la ligase on pourra faire la liaison, et puis les vides qui restent c'est la bactérie avec ses enzymes qui va le compléter. Mais peut être j'ai mal compris... 

[jpmeao]

un tuteur ???

 

salut! 

 

perso pour les "trou" que la bactérie va remplacer elle même j'ai compris que c'était avec les phosphates.. en gros elle va elle même faire la réaction de ligation même si il manque deux phosphates aux brins d'ADNc, mais j'ai jamais entendu parler des bouts francs et cohésifs qui pouvaient se mettre ensemble... à voir!!

[fannymeli72]

Bonjour @jpmeao, je viens de voir ton post et ne voyant pas encore de réponse d'un tuteur je voulais te dire que suis d'accord avec toi sur le fait que un bout franc et cohésifs sont non compatibles. 

Concernant l'enzyme, elle va bien ajouter des bases jusqu'à la fin du fragment ce qui va laisser un bout franc du côté gauche (sur le schéma) du fragment et le côté droit (du schéma) sera toujours à extrémité sortante. Donc même si le côté gauche pourrait s'inséré, le côté gauche ne pourra pas du au bout franc et bout cohésif non compatible.  

[jpmeao]

@fannymeli72 haha merci