ERRATA Colle n°8 19.11.2018 - GENOME

[Luciolette]

Bonjour ! 

Merci pour cette colle ! 

Je ne comprends pas pourquoi la 2E est vrai en effet pour la RT-PCR on s'intéresse à l'ARNm, donc il n'est pas exclu d'avoir un épissage alternatif non ? Dans ce cas c'est pas  "donnera" mais "peut donner un amplicon de 600pb" ?

Edited November 19, 2018 by Lucie28

[Benn]

Bonjour! 

Item 6)E je comprend pas pourquoi il est compté vraie, en effet pour moi le gène G normal est présent dans tous les organes de l'organisme SAUF au niveau du foie ou ici il est muté, on a donc a ce niveau un gène G anormal non?

Merci pour cette colle  

 

[galaxytom]

@Benn Ce n'est jamais le gène G qui est normal ou anormal mais son facteur de transcription .

[ZolaSki]

Saalut merci pour la colle !

Il y a quelque chose qui me gène beaucoup dans le QCM 4. Les boites TATA et CCAAT, sont censées être respectivement en -30 et en -70 de la séquence transcrite. 

Là on ne nous dit pas où commence la transcription donc on peut absolument pas savoir si les séquences CCAAT et TATA sont bien placées (selon moi).

 

Alors pourquoi on (tout le monde sur le forum) fait le décompte en partant du codon initiateur de la traduction ?

J'ai dû rater un épisode parce que je suis le seul que ça semble déranger 

Edited November 19, 2018 by ZolaSki

[galaxytom]

il y a 2 minutes, ZolaSki a dit :

Saalut merci pour la colle !

Il y a quelque chose qui me gène beaucoup dans le QCM 4. Les boites TATA et CCAAT, sont censées être respectivement en -30 et en -70 de la séquence transcrite. 

Là on ne nous dit pas où commence la transcription donc on peut absolument pas savoir si les séquences CCAAT et TATA sont bien placées (selon moi).

 

Alors pourquoi on fait le décompte en partant du codon initiateur de la traduction ?

J'ai dû rater un épisode parce que je suis le seul que ça semble déranger 

 

A la diapo 23 du cours de Langin tu peux voir que les boites TATA et CCAAT se situent respectivement en -30 et -70 du codon initiateur de la transcription qui correspond, sur le schéma du prof, au début du 1er exon.

[ZolaSki]

@galaxytom Certes, mais comment sur la séquence donnée on peut savoir où débute l'exon 1 ??? On sait juste où la traduction va débuter (grâce à la séquence en AA donnée), mais en ce qui concerne  le point de départ de l'exon 1, je vois pas quelle démarche on est censés suivre, aucune indication n'est donnée pour savoir où va débuter l'exon 1.

Désolé d'insister mais je ne comprends vraiment pas pour le coup

[marie-a81]

il y a 8 minutes, ZolaSki a dit :

@galaxytom Certes, mais comment sur la séquence donnée on peut savoir où débute l'exon 1 ??? On sait juste où la traduction va débuter (grâce à la séquence en AA donnée), mais en ce qui concerne  le point de départ de l'exon 1, je vois pas quelle démarche on est censés suivre, aucune indication n'est donnée pour savoir où va débuter l'exon 1.

Désolé d'insister mais je ne comprends vraiment pas pour le coup

Je suis d'accord avec toi @ZolaSki, car en effet le ATG à l'initiation de la TRADUCTION mais il n'a jamais été précisé que cela était aussi le codon d'initiation de la TRANSCRIPTION ..J'avoue être aussi perdue que toi pour le coup...

[marie-a81]

Concernant la question 8, je ne comprends pas pourquoi les items C et D sont FAUX ?

 

C. Pour moi, il me semble que l'on peut considérer que des ARNm de promoteurs de la mort cellulaire ce sont fixés sur la ligne A vu que l'on peut apercevoir la présence de case Noires caractérisant justement la présence d'ARN tumoraux et d'ARN normaux...

 

idem pour la D...

 

Si quelqu'un pouvait m'éclairer ... 

 

Merci beaucoup !  

[Amonbofis]

Il y a 4 heures, Bremsstrahlung a dit :

Salut ! Et merci pour la colle ! 

J'ai quelques petits problèmes sur les QCM:

2C : Je ne comprend pas pourquoi elle est vraie, pour moi ca aurai aussi été possible ne ne pas avoir de résultats si une des amorces avait été dégradée, ou n'importe quel autre problème donc le fait de dire "conclure" ne colle pas réellement ...

3B : Si on avais fait un northern blot avec comme sonde l'exon 3, on aurai détecté tout l'ARNm et donc les axons de 1 à 4 soit 1000 pb non ?

4B : quand on compte on -62 bases pour la boite ccaat alors que ca devrai etre -70, ca ne devrai pas etre faux ?

6C : je suis d'accord avec @Scorpio je compte aussi 20 AA

 

Merci encore !!

Je suis d'accord que pour le 2C que même si il y a "surement", le fait de dire "que l'on peut conclure"  le rend faux, étant donné que une conclusion n'est pas "aléatoire" mais bien assurée

[ZolaSki]

@marie-a81 merci pour le soutien

 

Pour moi les cellules tumorales (dites "immortelles") vont avoir pour caractéristique de ne pas exprimer les protéines induisant la mort cellulaire.

Or sur la ligne A on à une protéine qui serait beaucoup exprimée dans les cellules tumorales. Ca serait illogique que ça corresponde à des promoteurs de la mort cellulaire

 

Au contraire, dans une cellule normale, t'as des protéines qui peuvent induire la mort cellulaire (genre p53), encore une fois ce serait pas logique qu'une cellule normale inhibe ses mécanismes de régulation et de mort cellulaire..

 

Tu vois ce que je veux dire ?

[marie-a81]

@ZolaSki, ahh oui je vois ce que tu veux dire ! 

Merci beaucoup !! 

[tt1306]

Salut et merci pour la colle

alors j'ai un problème moi aussi comme Tobirama je ne comprend pas pk la réponse 2 D est fausse en prenant en compte que l'on est ici dans une RT-PCR je ne prend donc pas en compte les introns (car on prend ici l'ARNm) et en prenant de plus en compte le fait que le codon stop est à la moitié de l'exon 4 je trouve bien 600 ( en ne prenant pas en compte l'exon 1 car le codon initialisateur est en fin de l'exon). Y'a t'il une erreur dans mon raisonnement ?

merci de votre réponse !

 

[Tobirama]

Petit complément  (encore merci pour cette colle) : 

 

6D : j'aurais voulu savoir pourquoi elle est comptée vraie étant donnée que M. Langin considère la pose de la coiffe comme étant un mécanisme post transcriptionnel et par conséquent n'aurait il pas fallu plus parler de "coiffe d'ARNm" plus que de "coiffe de préARNm" , étant donné que l'ARNm ne possède vraiment la coiffe qu'une fois mature ?

 

Merci d'avance

 

Force & Honneur

[marie-a81]

il y a 4 minutes, Tobirama a dit :

Petit complément  (encore merci pour cette colle) : 

 

6D : j'aurais voulu savoir pourquoi elle est comptée vraie étant donnée que M. Langin considère la pose de la coiffe comme étant un mécanisme post transcriptionnel et par conséquent n'aurait il pas fallu plus parler de "coiffe d'ARNm" plus que de "coiffe de préARNm" , étant donné que l'ARNm ne possède vraiment la coiffe qu'une fois mature ?

 

Merci d'avance

 

Force & Honneur

 

@Tobirama, Je vois ce dont tu veux parler, néanmoins je pense qu'il faut réellement parler d'ARN pré-messager puisque la pose de la coiffe se fait AVANT l'épissage qui, lui, aboutira a la formation des ARNm... A confirmer par quelqu'un d'autre mais je l'aurai vu ainsi  

[Tobirama]

il y a 5 minutes, marie-a81 a dit :

 

@Tobirama, Je vois ce dont tu veux parler, néanmoins je pense qu'il faut réellement parler d'ARN pré-messager puisque la pose de la coiffe se fait AVANT l'épissage qui, lui, aboutira a la formation des ARNm... A confirmer par quelqu'un d'autre mais je l'aurai vu ainsi  

Oui je vois ce serait cohérent en effet  (en attente de confirmation de notre cher RM)

[504TMW]

Bonjour je ne comprends pas l'item 5 B !

Je l'avais mis faux direct car il dit que l'expérimentateur pourra amplifier du cDNA mais je trouve que c'est faux car dans l'énoncé, on nous dit que l'expérimentateur 2 fait une PCR et pas une RT PCR du coup on a pas du cDNA mais du DNA génomique non ?

 

Merci beaucoup pour la réponse  

[Cath]

Il y a 2 heures, 504TMW a dit :

Bonjour je ne comprends pas l'item 5 B !

Je l'avais mis faux direct car il dit que l'expérimentateur pourra amplifier du cDNA mais je trouve que c'est faux car dans l'énoncé, on nous dit que l'expérimentateur 2 fait une PCR et pas une RT PCR du coup on a pas du cDNA mais du DNA génomique non ?

 

Merci beaucoup pour la réponse  

Salut salut,

 

en fait la RT-PCR, c’est d’abord créer du cDNA à partir d’un ARN (étape une, étape de la RT ou Rétro-Transcriptase) PUIS amplifier ce cDNA par PCR(etape deux, ou PCR)

 

si tu as déjà ton ADNc, tu n’as plus qu’à faire une PCR pour l’amplifier  

que ce soit génomique ou complémentaire d’un ARN, l’ADN est directement amplifié par PCR

J’espere que tu as compris  

[504TMW]

Désolé mais j'avoue que je suis un peu perplexe, si je regarde les énoncés, il n'est dit nulle part qu'on fait une étape de rétro transcriptase avant de faire la PCR, je vois vraiment pas comment dans le qcm on peut avoir du cDNA (et j'ai cru comprendre en cours que Levade insistait sur le fait que cDNA et DNA génomique sont deux choses différentes)

[Cath]

@504TMW c’est passé sous silence, ils te disent qu’on travaille sur du cDNA pour qu’on oublie pas que dans cet ADN-là on a plus les introns (parce l’ARN a été epissé)

 

[Bremsstrahlung]

Il y a 14 heures, ZolaSki a dit :

@galaxytom Certes, mais comment sur la séquence donnée on peut savoir où débute l'exon 1 ??? On sait juste où la traduction va débuter (grâce à la séquence en AA donnée), mais en ce qui concerne  le point de départ de l'exon 1, je vois pas quelle démarche on est censés suivre, aucune indication n'est donnée pour savoir où va débuter l'exon 1.

Désolé d'insister mais je ne comprends vraiment pas pour le coup

Mais ça voudrait dire que c'est aussi un problème pour la question 4D non ? Comment peut on savoir le poids moléculaire de l'exon 1 sans savoir ou il commence ?

Edited November 20, 2018 by Bremsstrahlung

[ZolaSki]

@Bremsstrahlung, exact ça pose problème là aussi. 

Et même j'avais pas regardé mais l'auteur des QCM a vraiment confondu la transcription et la traduction je pense, parce que dans le QCM 6, il dit dans l'énoncé que l'initiation de la transcription va commencer sur un ATG... 

[galaxytom]

il y a 3 minutes, ZolaSki a dit :

@Bremsstrahlung, exact ça pose problème là aussi. 

Et même j'avais pas regardé mais l'auteur des QCM a vraiment confondu la transcription et la traduction je pense, parce que dans le QCM 6, il dit dans l'énoncé que l'initiation de la transcription va commencer sur un ATG... 

 

Oui je confirme, c'est moi qui l'ai fait est j'ai vraiment confondu sur le coup

[ZolaSki]

@galaxytom, d'accord merci, et qu'en est-il pour le QCM 4 ?

[Bremsstrahlung]

il y a 5 minutes, ZolaSki a dit :

@galaxytom, d'accord merci, et qu'en est-il pour le QCM 4 ?

Tout devrait être faux en prenant en compte qu'on ne peut ni savoir la taille de l'exon 1 pour la boite TATA et CCAAT ni son poids moléculaire ?

Edited November 20, 2018 by Bremsstrahlung

[galaxytom]

@ZolaSki On va quand même considérer que la traduction et la transcription débutent au codon ATG car même si certains se retrouveront avec des points en moins je pense que la majorité ont pensé la même chose en faisant la colle.

 

Dans l'énoncé on parlait d'une séquence qui contient 2 exons et 1 intron avec un ATG et un codon stop ce qui sous-entendait fortement que l'exon commençait avec l'ATG initiateur de la traduction.

 

Je vous tiens au courant pour le bilan des errata que l'on va considérer et pour toutes les autres questions ou problèmes concernant la colle je vous invite à venir nous voir à la permanence !