Amorces

[Océane1110]

Bonjour, 

Je ne sais pas comment faire ou du moins je ne trouve pas la bonne réponse donc ma méthode ne va pas pour savoir quelles amorces utiliser, pouvez vous m’expliquer s’il vous plaît ? 

Réponses CD

 

Merci d’avance

[Kermit]

Salut

 

Je te dis comment j'aurais compris le QCM

 

On dit que l'exon est entre les nucléotides 68 et 146 donc le but sera d'avoir des amorces qui correspondes, et qui s'hybrident avant le 68 (dans le sens 5'→3') ou après le 146 dans le sens inverse (3' → 5')

 

Pour la A, on voit que le 5' de la première amorce vient s'hybrider à partir de la nucléotide 80 (sens 5' → 3'), et que l'autre commence 120 (dans le sens 3' → 5'). donc faux

Pour la B, on voit que le 5' de la première amorce vient s'hybrider à partir de la nucléotide 70 (sens 5' → 3') et comme on aura coupé notre exon en plein milieu faux aussi.

Pour la C, on voit que la première amorce vient d'hybrider du nucléotide 48 au 61 (5' → 3') et je ne trouve pas où s'hybride l'autre amorce, mais en tout cas pas en plein milieu de la séquence de l'exon

Pour la D, c'est du cours, c'est avec une ADN polymérase thermostable (je pense à la taq)

Pour la E, si RFLP c'est bien le fait de digérer avec une enzyme de restriction, je crois qu'on ne sait pas si un site de restriction d'une enzyme donné correspond au site de la mutation

 

Je laisse les tuteurs corriger ça, bonne soirée 

[elisacc]

hello! @Océane1110 et @Kermit

En effet, c'est l'item C l'item correct,

ta première amorce doit être sens avec la séquence proposée (donc tu dois retrouver exactement la meme séquence dans l'amorce et dans la séquence),

ensuite ta deuxième amorce est sens avec le deuxième brin (non représenté, mais complémentaire de celui-ci), autrement dit, cette deuxième amorce doit être anti-sens de ce brin (donc complémentaire).

Donc pour la première amorce il suffit de chercher la séquence avec tes petits yeux affutés, pour la deuxième je te conseille d'écrire l'amorce proposée tout d'abord :

preuve à l'appui

 

5' TTCCAGCCCACCGC 3'

3' AAGGTCGGGTGGCG 5'

 

donc tu dois chercher la séquence :  5' GCGGTGGGGCTGGAA 3', ici on la trouve bien en 151!

 

ps: je ne crois pas avoir entendu parlé de la méthode RFLP...

Edited November 13, 2018 by elisacc

[axellbs]

Pour compléter les bons raisonnements de @Kermit et @elisacc, je vous joint un petit schéma explicatif de la technique de PCR : 

 

 

En fait ce qu'il faut bien comprendre c'est le mécanisme d'amorce sens et d'amorce anti-sens.

Tout d'abord, il faut rappeler que les Polymérases fonctionnent toujours en rajoutant des (désox)nucléotides de 5' en 3' à partir d'un 3' OH libre et une matrice lue de 3' en 5'.

On a exactement le même modèle ici : on veut amplifier le brin sens  de notre ADN d'intérêt, pour cela on utilise l'amorce sens, complémentaire (attention) du brin anti-sens de notre cher ADN à amplifier ! On utilise le même système avec l'amorce anti-sens, on amplifie le brin anti-sens par complémentarité avec le brin sens !

 

Comme représenté ici, on peut rapidement vérifier une amorce sens car elle contient le début de la séquence d'ADN à cloner de 5' en 3' alors que l'amorce anti sens sera elle inversée lue de droite à gauche (en QCM, l'ADN est quasi toujours donné de 5' en 3' surtout avec Langin il adore nous faire perdre beaucoup de temps à tout bien vérifier  ).

SI vous ne m'avez pas perdu en chemin, vous comprendrez que pour vérifier une amorce anti-sens :

1) On inverse le sens de la lecture pour la remettre de 3' en 5' (et retrouver la fin de notre brin anti-sens)

2) On ajoute les nucléotides complémentaires de 5' en 3' pour retrouver notre brin sens

 

On a bien ici pour la question c) :

 

3’ CGCCACCCCGACCTT 5’ (notre amorce anti-sens lue inversée)

5' GCGGTGGGGCTGGAA 3' (la fin de notre brin sens à partir de 151)

 

Bien faire attention que dans certains QCM d'annales pour les vecteurs, une partie non-hybridée est rajoutée aux amorces dans le but d'ajouter des sites de reconnaissance des enzymes de restrictions, ne soyez donc pas surpris si une partie ne semble pas coller à la séquence donnée ^^

 

Courage pour ces QCM de génome, je sais qu'expliqué comme ainsi, cela a l'air très rébarbatif mais le tout et de trouver sa propre technique avec l'entraînement pour la PCR pour ensuite aller le plus vite possible

 

La tutobise  

[Océane1110]

@Kermit @elisacc @axellbs Bonsoir et un grand merci à vous trois !!!! Je suis désolée pour la réponse tardive mais j’attendais de pouvoir prendre le temps de bien tout comprendre, merci encore pour votre aide et d’avoir pris le temps d’expliquer l’inexplicable  j’ai plus qu’à appliquer vos précieux conseils en entraînement

 

Passez une bonne soirée