5' Exonuk

[Magnum]

Re-Bonjour Ttw

Je ne comprends pas cet item : 


 

Révélation

Vrai

Pour moi il s'agit d'un tri-phosphate en 5' .. Mais on ne représente juste pas les 3 P, mais ils y sont. Ce n'est pas le cas ? 

Merci !

[Mr-Bean]

Yo

Je pense que tu confond avec la coiffe tri phosphate

La en 5' il y a bien une seul phosphate  

[ggath]

Coucou, effectivement dans tes brins d'ADN tu n'as qu'un seul phosphate 

C'est illustré sur cette image : 

Il n'y a pas vraiment de chose à expliquer, tu dois te mélanger mais parfois ça reste tout simple

Bon long weekend post ccb 

[Magnum]

Mais le premier nucléotide imaginons de l'ATP, ses phosphates ne sont pas utilisés pour la liaison non @ggath @Mr-Bean?

Et ce n'est qu'à partir du deuxième nucléotide, qui en 5' de son ribose fait sa liaison avec le premier nucléotide (lui en 3') (en perdant beta/gamma) n'a au final qu'un seul phosphate

Je suis d'accord que dans l'ADN on retrouve majoritairement des d.nucléotides à 1p, puisque les 2autres sont hydrolysé lors de la liaison. Mais en extrémité comme en 5', il n'y a pas de liaison, du coup pas d'hydrolyse des P b/g non ?

Je sais pas si j'ai été très clair dans mes propos  

 

[ggath]

Je vais aller me renseigner pour savoir si l'extrémité libre 5' est avec 1 ou 3 phosphate. 
Cependant dans le cas de ton exercice, le dessin ne montre qu'un seul Phosphate, alors que s'il y en avait eu 3 il en aurai dessiné 3 ... D'ailleurs tu trouve exactement ce cas à la diapositive 70 du poly de cours (j'ai le poly de l'an dernier peut être que ça a bougé un peu)

Mais je comprends ton raisonnement 

[Magnum]

Oui en effet sur le cours, à la partie 5’ exonucléase c’est marqué comme tel .. mais je sais pas pourquoi mon inconscient avait retenu triphosphate en 5’ sans doute a cause de la diapo 171 où ici le 5’ est bel est bien du NTP ..

 

D’accord merci  tiens nous au :) 

[ggath]

Après quelques rapides recherches il semblerai que l'extrémité 5' soit bien mono-phosphate, en tout cas je n'ai rien trouvé qui soit à 3P que ce soit dans le poly ou sur internet; je vous préviendrai ici si je trouve le contraire en continuant mes recherches  

Effectivement pour la coiffe ce n'est pas pareil par contre

 

Derien et bonne chance pour la suite 

[Mr-Bean]

La tel quel dans ton exo pour moi il n'y a qu'un seul phosphate...

Chez les procaryotes par exemple vu que pas de coiffe --> extremité 5' monosphosphate  

[Magnum]

Mais juste pourquoi pour la coiffe ce n’est pas pareil @ggath? 

 

Parce que pour moi il y a l’etape de transcription qui est de la copie pur et dur en remplaçant les T par les U, et on voit sur le schéma de la pose de coiffe, juste avant l’incorporation d’un GTP, que le premier nucleotide est tri-phosphate ... sachant qu’il résulte de la copie de l’ADN, que dois-je en penser ? 

 

Comment tu en déduis que chez les procaryotes c’est 5’ monoP @Mr-Bean?

T’as un exemple en tête? 

[Mr-Bean]

C'est la coiffe qui est triphosphate (3 méthyl guanylate). D'après moi Langin n'a pas détaillé chez les procaryotes donc pour moi il  'y a qu'un phosphate comme décrit en cours (me reprendre si je dis une bétise)

[Magnum]

Mais après je suis tout à fait d’accord que si l’on prends une séquence que l’on coupe dans cette séquence, on aura une extrémité 5’ monophosphate @ggath

[Mr-Bean]

Je pense que tu t'es pris un peu trop la tete sur la présence d'une coiffe ou non --> sur ton schéma tu vois bien une extrémité monophosphate

[Magnum]

Et je sais pas .. je suis pas trop d’accord avec toi parce que on voit que c’est ARNpol II qui catalyse les 2 premières réactions, dont la première qui est d’enlever 1phosphate le gamma au futur ARNm @Mr-Bean t’en penses quoi? 

[Mr-Bean]

Après en général s'il y a une coiffe langin met en évidence les 3 phosphates de la coiffe (diapo 147)

[Reïner]

Salut salut !

Je me demande si ça ne serait pas en relation avec la thermodynamique .... l'énergie des liaisons anhydrides d'acide des dNTP est utilisée pour former des liaisons( thermodynamiquement peu favorables) entre les désoxynucléotides mais dans le cas du désoxynucléotide en 5' , aucune liaison ne sera catalysée en 5'OH. Du coup, même si à la base on a un désoxynucléotidetriphosphate en 5'(utilisé comme les autres dNTP comme substrat par la polymérase)  , les phosphates β et γ  pourraient être hydrolysés pour ensuite être utilisés à d'autres fins dans la cellule puisqu'il ne servent "à rien" quand ils sont liés au nucléotide en 5'

 

Mais bon le tout est de retenir le 5' monophosphate !