Qcm type (sos)

[Auto-arrosoir]

Hello, j’ai remarqué que le qcm avec les hydrolyses, puis utilisation des peptidases en presence ou abscence de BME sont super recurrents mais je n’arrive pas à les faires!

de l’aide svp!

(je connais pas les item vrais)

[Luciférine]

(Re) salut !

Déjà, je te rappelle que le ß-ME coupe les ponts disulfure entre 2 cystéines. Ces ponts peuvent être intra- ou inter-chaine. 

 

Dans ton peptide, tu l'as compris, si tu as un R par exemple, la trypsine va couper après. Mais il se peut qu'un pont disulfure intra-chaine existe entre les 2 parties de la protéine que la trypsine a coupé. Dans cette situation même si la trypsine a coupé le peptide, la longueur de ton peptide sera la même qu'à la base ; car il reste encore un lien entre les 2 parties qui ont été coupées : le pont disulfure. 

 

Par exemple : 

Le peptide de 990 Da  MLCRCIYFL. La trypsine coupe après le R, donc tu devrais obtenir un peptide de 440 Da et un peptide de 550 Da. Mais il existe 2 cystéines autour du R qui vont faire un pont et maintenir "MLCR" attaché avec "CIYFL". Donc sans ßME (sans rupture des ponts dissulfure) mais avec trypsine, tu auras quand même un peptide de 990Da. Par contre, si tu mets de la trypsine et du ßME, tu auras bien 2 peptides de 440 et 550 Da. 

 

Compris ? 

[Auto-arrosoir]

Quand tu dis que le Bme agit mais qu’on a un seul peptidos, c’est censé Être comme ça ?

 

Mais aussi j’ai lu dans le cours et j’ai pas trop compris, que avec BME on peut démontrer qu’il y a plusieurs sous unités avec le sds page mais rien compris, pourrais tu m’eclairer?

Egalement dans l’exo je comprend pas pourquoi quand on fait  tripsine  (sans ou avec BME) on obtient A Bande= pas de ponts disulfures?

puis quand on fait sds-page et BME on a 2 peptides!!

[Cactus]

Salut,

Je veux bien t'aider à déterminer la séquence mais j'ai pas le sujet entier..

Il y a marqué PTH quelque chose, c'est coupé à la 4eme ligne... 

Sinon l'explication de @Luciférine concernant les pont disulfure intra-chaîne est parfaite  

[Auto-arrosoir]

Ah mince j’avais pas vu jrefait la tof de suite

[Luciférine]

Révélation

il y a 4 minutes, Cactus a dit :

Sinon l'explication de @Luciférine concernant les pont disulfure intra-chaîne est parfaite  

Oui ça va te donner quelque chose comme ça @N19, il y a rupture de la liaison R-V par la trypsine mais pas du pont S-S entre les 2 cys

 

Pour ta deuxième question, en SDS PAGE, le détergent (SDS) va dénaturer la protéine et donc séparer ses sous unités, c'est pour ça qu'en SDS Page tu vas voir plusieurs bandes. Et quand tu rajoutes le B-ME, c'est le même principe, ça coupe les ponts dissulfure s'il y en a 

Edited October 30, 2018 by Luciférine

[Cactus]

Est ce que les réponses sont AB ? Histoire d'être sûr avant que je t'explique 

@N19

[Auto-arrosoir]

ABD

[Cactus]

Je t'ai fais une grosse réponse détaillée mais je ne peux pas la poster car je ne suis pas en accord avec la correction de l'item D .. J'attend l'avis de quelqu'un 

 

Voilà mon désaccord > dans l'énoncé on a : 

• Peptide I 550 Da et zwitterionique donc E M C L K (avec M C L vacant)
• Peptide II 440 Da et négatif donc A D C Y

Donc pour moi, ADCY est le peptide II, je ne suis pas en accord avec l'item D 

Après pas de soucis le peptide II viendra se positionner avant le peptide I, le peptide final sera A D C Y E M C L K 

 

Bref, je te fais quand même ABC : 

 

A. Le peptide contient bien un pont disulfure intra-chaîne car tu as une différence avec/sans l'action du BME. VRAI

B. Le peptide est chargé négativement à pH physiologique car tu as E et D qui t'apportent 2 charges négatives et K qui t'apporte 1 charge positive. VRAI 

C. Le peptide contient un site de phosphorylation par Y. FAUX 

 

 

[NicoLqe]

Bonsoir !

 

Je te met la résolution ci dessous.

 

En fait en SDS PAGE sans le BME puis chymotrypsine, tu trouves une seule bande, c'est normal tu n'as qu'une seule chaîne peptidique.

Maintenant, si tu fais ton SDS avec BME, puis chymotrypsine, tu te retrouves avec deux bandes. Ca veut dire que tu avais un pont disulfure intra chaine. Jette un oeil à la 2ème image de mon message.

 

Du coup je t'ai mis la résolution de la séquence du peptide (1ere image), M, L et la 2eme Cystéine sont dans le peptide I on ne sait pas trop où. ^^

 

Bref pour moi A est vrai. La B aussi, tu as 2 AA acides (D et E) pour un AA basique (K), donc -2 +1 = -1.

La C est fausse, la tyrosine est un site de phosphorylation.

La D est fausse, le peptide II correspond à ADCY mais le I correpond à E(LCM on sait pas dans quel ordre)K.

Et la E est fausse, le Y est trop loin du coup.

 

Voilà, n'hésitez pas si incompréhension il y a.  

Bon courage

 

 

 

Edited October 30, 2018 by NicoLqe
images tournées dans le mauvais sens....

[Cactus]

Aaah super @NicoLqe tu as confirmer mon désaccord ça me rassure  

 

Bon courage @N19   

[Auto-arrosoir]

Plusieurs questions, Jcomprend toujours pas comment l BME fait effet avec sds et pas avec trypsine, en plus jcomprend pas pourquoi K est en fin de chaine, si K en fin de chaine jcomprend que la ctrypsine ne coupe pas, mais le BME devrait toujours marcher

Et pourquoi C dasn le peptide 1 est forcement en position 3??

[NicoLqe]

Re !

 

La protéine soumise au B-ME puis à la trypsine ne laisse qu'une seule bande.

Ca veut dire les choses suivantes : ton B-ME a bien coupé le pont disulfure intra-chaîne certes, mais la trypsine n'a pas eu d'effet quand même, même si y'a une lysine dans la séquence, donc la lysine est en bout de chaîne. Je m'explique : 

La trypsine coupe "après" les acides aminés basique K et R, donc si tu as K ou R dans ta séquence mais que la trypsine n'agit pas, cela veut dire qu'ils sont au bout de la chaîne peptidique. La trypsine va alors couper après K (ou R), mais vu qu'il est en bout de chaîne, bah elle coupe rien, elle coupe dans le "vide" si tu veux, donc tu te retrouves avec ton peptide normal, même s'il n'a plus son pont disulfure puisque il a été réduit par le B-ME.

Le B-ME marche toujours hein, c'est juste que tu ne fais qu'enlever le pont disulfure intra-chaîne sans rien couper d'autre donc tu n'as qu'une seule bande.

 

Par contre avec la chymotrypsine après B-ME, tu as deux bandes, donc ça veut dire qu'il y a un acide aminé aromatique quelque part dans la séquence et donc pas en bout de chaîne. (c'est la première image de mon message précédent)

C'est plus clair ?

 

Puis tu sais que la première cystéine est forcément en position 3 parce que :

- les deux premiers acides aminés du peptide te sont donnés par les dérivés PTH : PTH-A et PTH-D.

-après B-ME et chymotrypsine, ton peptide 1 comprend 5 acides aminés (énoncé) et on te donne le premier acide aminé de ce peptide grâce au DNFB : DNF-E (énoncé). Donc E est en 5ème position, et vu que tu as coupé avec la chymotrypsine, tu sais que E se trouve juste après un acide aminé aromatique, donc Y est en position 4.

-Donc au final, dans ton peptide 2 qui contient 4 acides aminés (énoncé) : tu as AD_Y, donc le seul acide aminé manquant est la cystéine (pour que le peptide 2 puisse faire un pont disulfure avec l'autre cystéine du peptide 1). Et vu qu'il reste qu'une place vacante dans AD_Y, bah la cystéine est en 3ème position.

 

Voilà !

[Auto-arrosoir]

Ok aparamment j’ai réussi à comprendre, (j’ai pleuré telleemnt j’etasi heureuse)

mais toujours un ptit truc jcapte pas, c’est la position du dernier C

http://image.noelshack.com/fichiers/2018/44/3/1540980126-eaa1ca63-665b-4425-8e1b-470762f7339f.jpe

Ok non attend jlis ton message j’avais pas vu puis si jcomprend toujours pas rip

Non c’est pas le C en 3 eme position du peptide ADCY, ca j’ai compris, c’est l’autre peptidos

[NicoLqe]

Bah en fait l'autre cystéine on sait pas trop où elle est : je l'ai mise au milieu mais elle aurai pu être 2eme ou 4eme, l'énoncé ne précise pas assez d'infos pour pouvoir dire où elle est.

 

Au final pour le peptide 1 on a les choix suivants :

EMCLK

EMLCK

ELMCK

ELCMK

ECLMK

ECMLK

 

Tout ce qui importe c'est que le E est le premier, le K le dernier, après les 3 autres ils sont au milieu par déduction (c'est les seuls aa de la séquence qu'on a pas encore placés) mais du coup on sait pas trop qui est avant qui.

 

Voilà voilà, ravi que tu ai compris  

[Auto-arrosoir]

Merci!!!