Biomolympique de Marseille (questions diverses)

[Soleneuh]

Bonjour! comment ça va ? ^^

J'aurais quelques petites questions en biomol, si quelqu'un voudrait bien m'aider s'il vous plait ^^

 

* Est ce que l'on doit dire uniquement que "il y a une relation linéaire entre le log de la masse moléculaire et la distance de migration" ? (pour le SDS PAGE et la Gel filtration) ou dire uniquement masse moléculaire sans le log ça marche aussi ?

 

*Je ne comprends pas très bien le principe de chromatographie échangeuse de cations, ou d'anions.. quelqu'un pourrait-il me rééxpliquer svp ? Et dans le même sujet je ne comprends pas la correction de la E (td sur moodle) --> http://www.noelshack.com/2018-43-6-1540632837-jjjjj.png, c'est quoi la phase stationnaire ?  

 

*La phosphorylation des tyrosines n'est pas sous la dépendance des PKc ? --> http://www.noelshack.com/2018-43-6-1540632847-lllll.png

 

Voilààà ^^ merci beaucoup à celui ou celle qui prendra le temps de me répondre, vous êtes géniaux  

[Elee]

Salut @solenefdo !

Je vais essayer de t'éclairer un peu

 

1) Tout d'abord, oui la relation linéaire est entre le log de la MM et la distance de migration. En effet, sur ta courbe c'est bien le log de la MM qui est en ordonné.

Surtout ce qu'il faut retenir c'est qu'il s'agit d'une relation linéaire INVERSE. Donc, plus la protéine a migré loin, plus le log de la MM sera petit (et la protéine sera de petite taille).

 

2) Prenons l'exemple de la chromatographie échangeuse de cations :

On remplie une colonne de microbilles chargées négativement. Au début de l'expérience, le pH choisi est bas donc tous les aa sont chargés positivement et se fixent aux microbilles.

Au fur et à mesure, le pH est augmenté. Lorsque qu'un aa atteint son pHi, il se retrouve sous sa forme zwitterion puis il se déprotonne et n'est donc plus chargé positivement. Cet aa est élué de la colonne.

Du coup, les premiers aa à se détacher sont ceux dont le pHi est bas c'est à dire les aa acides.

 

En fait, quand on parle de phase stationnaire, on parle des microbilles chargées négativement et qui retiennent les aa.

 

3) Enfin, la phosphorylation des tyrosines se fait par des Tyr-kinases !

 

J'espère que tu comprends mieux à présent,

Bon courage 

[NicoLqe]

Salut ! Ca va très bien merci et toi ? 

*A mes yeux les deux fonctionnent. Utiliser log(MM) au lieu de MM tout seul permet de linéariser une courbe. Mais in fine ça revient au même sur un SDS-PAGE : Plus ta prot est lourde, moins elle va loin, plus elle est légère et plus elle migre loin.
Pour la Gel-filtration c'est le même principe sauf qu'on ne parle pas de distance de migration mais de volume d'élution : Plus une prot est lourde, moins le volume d'élution nécessaire est grand. Et plus une prot est légère, plus le volume d'élution nécessaire est grand.

 

*Alors, pour la chromatographie échangeuse de cations, tu veux tester des cations (donc chargés +). Pour cela tu vas essayer de les accrocher sur des billes que tu fixes dans ta colonne, et quel est le meilleur moyen d'attirer des charges + ? C'est de mettre des charges - : donc tes billes seront chargées négativement (ce sont des billes avec des groupements sulfates : OSO₃^-).

Du coup la phase stationnaire (ça bouge pas), ce sont tes billes chargées négativement. (ça répond à l'item E)

Tu veux accrocher différents acides aminés dans la colonne où sont les billes. Problème : tout les acides aminés n'ont pas le même pHi, du coup tous ne seront pas chargés + à pH neutre auquel on travaille généralement, et donc ils ne se fixeront pas tous, ça ne nous convient pas...

Donc pour qu'ils soient tous chargés +, tu travailles à pH très acide, genre 1. Comme ça tous les pHi de tous les acides aminés sont supérieurs au pH du milieu, et donc tous les acides aminés sont chargés +, ils vont s'accrocher aux billes chargés -. Ca, c'est le point de départ, c'est le dépôt des acides aminés à pH acide. Ils sont tous fixés.

Maintenant tu veux les décrocher un par un pour étudier leurs pHi respectifs. Le meilleur moyen pour faire ça c'est d'augmenter petit à petit le pH du milieu : c'est ce qu'on appelle faire un gradient de pH. De cette manière, chaque fois que le pH du milieu va atteindre le pHi d'un de tes acides aminés, l'acide aminé en question va devenir neutre puis négatif, et ne sera donc plus adhérent aux billes négatives vu qu'il n'a plus de charge +, pouf, il tombe.
Donc tu élues les acides aminés petit en petit en fonction de leur pHi. L'acide aminé avec le pHi le plus faible tombe le premier, et celui avec le pHi le plus élevé tombe le dernier.

 

C'est tout en ce qui concerne la chromatographie par échange de cations. Celle par échange d'anions tu auras le loisir de la découvrir (ou redécouvrir) au 2eme quad en recherche, toujours avec notre professeur préféré.  L'élution est un peu différente mais le principe est le même : Cette fois tu veux étudier des anions (échange d'anions) donc chargés -. Et donc tes billes (phase stationnaire) seront chargées +. Je rentre pas dans les détails sur la suite, tu n'en as pas besoin pour le moment.

 

*Non la phosphorylation des tyrosines n'est pas sous la dépendance des PKC, elle est sous la dépendance des Tyrosine-Kinases. Par exemple tu as les récepteurs à activité Tyr-Kinase, comme le EGF-R ou encore le PDGF-R. Le ligand se lie au récepteur, puis ce dernier se dimérise et s'autophosporyle sur des résidus tyrosines et recrute la PI3K, ce qui va entraîner certains signaux cellulaires.

En ce qui concerne la PKC, elle phosporyle des Ser et Thr, comme la PKA. La différence entre la PKA et la PKC est que la PKA est activé par l'augmentation du taux d'AMPc dans la cellule, alors que la PKC est activée par l'augmentation du taux de Calcium dans la cellule.

Voilà, j'espère que ça t'aidera, si il y a autre chose n'hésite pas  

[Soleneuh]

@Elee et @NicoLqe merci énormément pour vos réponses extrêment claires !!! J'ai bien compris maintenant merci beaucoup  

En plus vos 2 réponses se complètent c'est parfait  

il y a 13 minutes, NicoLqe a dit :

Ca va très bien merci et toi ? 

ça va super  bravo aux tuteurs de tutoweb + à mes collègues Paces qui font que l'on puisse tous s'entraider  

Edited October 27, 2018 by solenefdo