CCB 2016 Rangueil 17

[DrWho]

Bonjour bonjour je ne comprends pas bien le raisonnement à adopter dans ce QCM malgrès la magnifique correction du TAT  (déjà pourquoi on a 3 tableau différents ... Ça m'aiderait énormément d'avoir une explication merciiii d'avance )

[House01]

Bonjour DrWho,

 

Ce genre de QCM apparaît souvent en CCB et même au concours. Il faut prendre le temps de bien lire l'énoncé : tu as trois schémas car lors de l'expérience il y a une réaction de PCR sur l'ADN génomique, et une RT-PCR pour les ARN du tissu adipeux et les ARN au niveau des testicules, d'où les 3 tableaux. 

Avec les infos données, je te conseil de placer au crayon sur la structure du gène les différentes amorces, ce sera mieux pour que tu vois de quoi on parle.

 

Pour une RT-PCR, si une amorce est couplée à un exon ayant subit un épissage alternatif (ou qui est délétère), alors la réaction de RT-PCR ne pourra pas avoir lieu car il faut que le couple d'amorce soit présent (une amorce reste si l'exon reste, elle disparaît si l'exon disparaît). NB : il peut également y avoir une amorce sur un intron.

Dans l'item A, on voit grâce au résultat du couple 2 dans la réaction de RT-PCR du tissu adipeux que l'exon 5 est présent, sinon la RT PCR n'aurait pas pu marcher. En revanche ce n'est pas le cas pour le couple 1 d'amorces donc on peut en déduire que l'exon 1 n'est pas présent dans les ARNm de la LHS du tissu adipeux. 

 

pour les 2 derniers items, il faut faire attention au "NB" : il est dit qu'il n'y a pas d'épissage alternatif des exons 7 et 8, autrement dit les 2 seront présents avec le couple d'amorces 3. Ceci est confirmé avec une bande de même taille lorsqu'on effectue la RT-PCR sur les ARN de testicule et de tissu adipeux avec le couple d'amorces 3.

Pour l'item E, il faut s'aider des connaissances du cours et là encore du "NB" : la taq polymérase n'amplifie pas les régions de plus de 10 kb, si tu regardes l’échelle donnée sur les schéma (elle n'est pas là par hasard...), on peut voir qu'il y a plus que 10 kb entre exon 1 et exon 4, d'ou le fait qu'il n'y ait pas de bande après PCR sur l'ADN génomique quand on utilise le couple d'amorce. On parle ici de DNA donc on peut très bien utiliser un southern Blot pour déterminer la distance entre exon 1 et exon 5.

 

J'espère t'avoir aidé, si tu as d'autres questions sur ce QCM n'hésites pas 

[Cricristalline]

Salut, je bloque aussi sur ce QCM mais j'ai pas trop compris la correction de l'item E parce que si on ne peut pas faire de bande entre l'exon 1 et 4 comment on peut déterminer la distance entre l'exon 1 et 5?

 

Merci par avance!

[House01]

Bonjour, 

 

tout d'abord désolé je n'ai pas vu ma petite erreur : dans la dernière phrase de mon précédent post je voulais dire qu'il est possible de déterminer la distance entre exon 1 et exon 4 (comme c'est demandé dans l'item, bien que ce soit possible entre l'exon 1 et 5 également )

 

il y a 13 minutes, christelle0208 a dit :

Salut, je bloque aussi sur ce QCM mais j'ai pas trop compris la correction de l'item E parce que si on ne peut pas faire de bande entre l'exon 1 et 4 comment on peut déterminer la distance entre l'exon 1 et 5?

 

Merci par avance!

 

Pour répondre à ta question, on va utiliser le gène présenté dans ce QCM. Vous avez vu que les enzymes de restrictions peuvent "couper" le DNA en des points particuliers. Un Southern Blot (SB) est utilisable avec de l'ADN génomique, donc pour le moment l'item est bon. Imaginons qu'on coupe la portion de DNA entre l'exon 1 et l'exon 4. ce fragment serait trop important, alors on pourrait encore utiliser des enz de restrictions : on aurait alors plusieurs brins de DNA, tous compris entre l'exon 1 et l'exon 4. En utilisant une échelle de référence en SB (des morceaux de DNA avec une taille bien connue par exemple serviront de référence), on pourra voir quelle est la taille de chaque petit morceaux, et ainsi en additionnant toutes ces tailles on obtiendra la taille du fragment allant de l'exon 1 à l'exon 4. On peut également directement faire un SB du fragment exon 1 - exon 4 mais comme il sera assez volumineux ce sera une echelle différente et on n'obtiendra pas forcément un résultat très précis (bien que les techniques de SB soient aujourd'hui très développées).

 

Les 2 techniques sont possibles. Le SB se fait sur de l'ADN génomique pour déterminer la taille du fragment d'ADN génomique que l'on étudie. Il faut des enz de restrictions pour éviter que le fragment ne soit trop important, le but du SB étant une migration assez nette du fragment ou des fragments.

 

J'espère t'avoir aidé 

[DrWho]

Merci énormément pour cette réponse @House01 !!! Elle est complète est me permets de comprendre à la perfection ce type de QCM !!  

 

[House01]

 

il y a 9 minutes, DrWho a dit :

Merci énormément pour cette réponse @House01 !!! Elle est complète est me permets de comprendre à la perfection ce type de QCM !!  

 

 

De rien, c'est avec grand plaisir  Super ! la méthode d'analyse des sujets en génome n'est pas facile alors n'hésites pas si tu as d'autres questions !