Colle biomol

[Auto-arrosoir]

Hey! 

Est ce que quelqu’un pourrais m’expliquer la méthode (raisonnement et calcul aussi) générale pour repondre aux qcm de 8 à 11 de la colle n.4 de biomol?

 Cést toujours le meme type de qcm avec les meems raisonemment qui tombent au concour?

[DrWho]

 

J'espères que ça t'aideras n'hésites pas si tu as d'autres questions

 

[Auto-arrosoir]

Merci beaucoup !

mais justement toujours l’item D E du qcm 9 j’ny arrive toujours pas, je comprend pas la methode à employer

[Auto-arrosoir]

Et je ne comprend toujours pas pourquoi il y a des pont disulfure intra et pas inter

[DrWho]

@N19 je ne peux vraiment pas te fournir plus d'aide que la correction pour les D,E du QCM 9 je te conseilles d'aller directement en perm les mardi de 12h à 14h et de poser directement tes questions à un tuteur plus compétent

 

Pour ta deuxième question c'est tout simplement si il y avait un pont DI"Sulfure" interChaine lors de ton SaintDesSeins (SDS-Page) tu aurais eue deux bandes vus que tu ajoutes du (gros)Béta-Mercato et-ane-Ol (j'arrêtes les jeux de mots ici) mais vus que ce n'est pas le cas tu peux en conclure une absence interChaine mais pas intra !! 

 

En gros le B mercapto est une solution qui va oxydé ta cystéine et plus particulièrement le souffre empêchant une liaison covalente de se former entre deux souffres lorsqu'elle est absente (que tu ne pré traites pas ton peptides avec avant le SDS Page) deux chaînes de peptides peuvent être reliés faussant ainsi le résultat de ton SDS page car tu peux penser que tu as uniquement un peptide alors que tu en as deux.

 

Dis moi si la réponse à ta deuxième question n'est pas claire je tenterais de mieux t'expliquer toussa

[Auto-arrosoir]

Ahh mais on a pas encore fait ces choces c’pour ca j’y comprend rien,

aussi je comprend pas pourquoi quand on utilise le dnfb on qait que thréonine est à la fin.

c’est une ppté qu’on n’a pas encore vu?

Pourquoi pour le calcul du pHi du qcm 9 la fonction -S-Ch3 n’est pas ionisable?

 

si c’etit de la cysteine on aurait dû en tenir compte?

[Florian]

Je me permets d'intervenir (tu m'en voudras pas j'espère @DrWho) mais tout ça a bien été vu en cours

 

il y a 24 minutes, N19 a dit :

c’est une ppté qu’on n’a pas encore vu?

Désolé mais je ne comprends pas 

 

il y a 24 minutes, N19 a dit :

aussi je comprend pas pourquoi quand on utilise le dnfb on qait que thréonine est à la fin.

On sait que le thréonine est en 3è place car on te le dit dans l'énoncé : " phénylisothiocyanate sur ce peptide libèrent des dérivés phénylthiohydantoïnes de M, de Q, et de T, par ordre décroissant" 

 

il y a 24 minutes, N19 a dit :

Pourquoi pour le calcul du pHi du qcm 9 la fonction -S-Ch3 n’est pas ionisable?

 

si c’etit de la cysteine on aurait dû en tenir compte?

Ce n'est pas une fonction ionisable tout simplement. Non plus, la cystéine ne contient pas de groupement ionisable.

Tu sais calculer le phi d'un peptide ou non ? 

Edited October 18, 2018 by Florian

[Auto-arrosoir]

Je crois pas qu’on l’est vu, on s’est arrêté aux immunoglobulines

 

Oui uoi c’est bon pour le phi on m’a répondu dans un autre topic

merci beaucoup les deux!

[DrStrange]

Bonsoir

 

Je vais essayer de détailler chaque étape pour être le plus clair possible.

 

T'as ton peptide MEDRN, il faut que tu repères les fonctions ionisables qu'il possède (comme c'est montré en haut de la photo). Pour ça, il faut que tu connais bien la structure des acides aminés. Chaque groupement ionisable possède un pKa (qui eux sont donnés toujours dans les énoncés, donc pas à apprendre), ils vont être utiles pour calculer le pHi.

 

Maintenant, tu te places dans un milieu à pH très acide (riche en ions H+). A ce pH, ce sont les groupements aminés NH2 qui vont se transformer en NH3+ (groupement alpha aminé et guanidinium). Les carboxyliques restent COOH, donc pas de charge. A ce stade, ton peptide contient deux charges positives, il est chargé +2. 

 

Puis, tu augmente ton pH et t'arrives au premier pKa qui est celui du groupement alpha carboxylique (2,1). Il va s'ioniser et devenir COO- (donc avec une charge négative). Ton peptide aura donc une charge globale de +1.

Tu continue à augmenter ton pH et t'arrives au pKa du béta carboxylique (3,9). Il s'ionise et devient COO- et le peptide a une charge de 0.

Tu fais de même et t'arrives à 4,1 (pKa du gamma carboxylique), il s'ionise et ton peptide a une charge de -1. Maintenant tu peux calculer ton pHi.

 

En fait, le pHi est la moyenne des deux pKa qui entourent la forme neutre (zwitterion) de ton peptide. Dans ce cas, c'est 3,9 et 4,1. Et ça te donne bien 4! (et pas 3).

 

J'espère t'avoir aidé. Si t'as toujours des questions, tu peux aller aux perms les mardis après midi et on pourra t'aider 

 

[Auto-arrosoir]

Oui merci!! Mais enfait j’ai compris où je me gourais, c’est que je pensais que toutes le fonctions intervenaient (alors que pas du touto, y en a qui sont impliquées dans les liaison peps)

[DrStrange]

Ah oui, les groupements qui sont utilisés pour faire la laison peptidique ne sont plus ionisables.