The dark BER knight

[Soleneuh]

Bonjour ! J'hésite quand à ma compréhension du cours sur une partie concernant le système de réparation BER (le début en fait) ....

est ce que quelqu'un pourrait me dire s'il vous plait si j'ai bien compris ?

 

Donc le système BER s'occupe des réparations quand il y a une base qui n'est pas correcte,

pour cela il y a :

1) élimination de la base avec une glycosilase

 

2) élimination du squelette ose-phosphate associé à la base avec une endonucléase

 

3) réparation avec une ADN polymérase puisque maintenant il y a un trou, mais c'est là que je bloque sur le schéma du cours :

voilà ce que j'ai compris (mais j'ai un doute) = la partie en jaune sur le schéma est la suite de la séquence en 3' qui suivait la base anormale, elle est donc retirée et remplacée par l'action de l'ADN polymérase qui va resynthétiser la bonne base, et tout ce qui suivait (en remplacant la partie en jaune)

 

3) Donc ensuite action d'une autre endonucléase (au niveau de la flèche rouge) :

 

4) Et enfin action d'une ligase pour relier le 3'OH et le dernier 5'P qu'on a laissé libre :

 

Voilààà ^^ est ce que c'est bien ça ?

 

 

Edited October 8, 2018 by solenefdo

[CocheurMasqué]

Salut,

Je crois comprendre la même chose que toi, mais du coup je ne comprend pas comment le brin qui est coupé (et que tu as surligné en jaune) est déplacé alors que l'AP-endonucléase ne semble pas avoir coupé plus loin que l'uracile à éliminer...... je confirme tout ce que tu as dit ou en tout cas je l'ai compris et noté comme toi, c'est juste ça qui me pose problème...

[Sternocleidomastoidien]

Salut! J'ai exactement compris ca en cours aussi! 

@CocheurMasqué, quant a ta question le brin en jaune ne se déplace pas maisil s'enlève progressivement pour etre retenu finalement par son extrémité Tu comprends?  

Edited October 8, 2018 by Spif_Le_Spationaute

[CocheurMasqué]

Ah oui alors du coup arrête moi si je me trompe:

 

L'ADN polymérase Delta enlève le brin par son activité 3' exonucléase en même temps qu'elle synthétise à nouveau la bonne séquence, et du coup elle le fait jusqu'à l'intervention d'une endonucléase qui rompt la partie en trop pour permettre une nouvelle ligation de la séquence et ainsi éviter à l'ADN polymérase Delta de resynthétiser tout le reste de la séquence..? 

 

(Bon je suis pas sûr d'être clair mais l'écrire m'a fait comprendre je crois haha)

Edited October 8, 2018 by CocheurMasqué

[Soleneuh]

il y a 17 minutes, CocheurMasqué a dit :

L'ADN polymérase Delta enlève le brin par son activité 3' exonucléase en même temps qu'elle synthétise à nouveau la bonne séquence, et du coup elle le fait jusqu'à l'intervention d'une endonucléase qui rompt la partie en trop pour permettre une nouvelle ligation de la séquence et ainsi éviter à l'ADN polymérase Delta de resynthétiser tout le reste de la séquence..? 

 oui comme toi c'est cette partie qui me posait problème aussi, et ce que tu dis là semble tout à fait logique

 

Merci beaucoup à vous 2 @CocheurMasqué et @Spif_Le_Spationaute  

[CocheurMasqué]

Easy en fait le génome 

[Sternocleidomastoidien]

Les doigts dans le nez ouais (jusqu'au concours)

[AtrophiedNeurons]

Bonsoir excusez moi je m'incruste parce que c'est THE question qui me posait problème (merci @solenefdo , @Spif_Le_Spationaute et @CocheurMasqué )

Il y a donc ajout de nucléotides pour une resynthèse du brin en même temps de pol δ découpe le brin par la 3' exonucléase ? Puis ensuite l'endonucléase et la ligase pour réarranger tout cela ?

Et ensuite la question qui fâche : en quoi c'est différent de NER ? Il fut un temps (l'an dernier haem) où j'avais compris mais là... Je me doute que cela ne diffère pas que par l'origine de l'erreur (BER > base qui change, NER > pont inter/intra base), mais dans tous les cas on coupe puis on reforme le brin... C'est pas ultra clair, est ce que vous pourriez éclairer ma lanterne ?

 

Merci x100

[Soleneuh]

il y a 27 minutes, AtrophiedNeurons a dit :

Il y a donc ajout de nucléotides pour une resynthèse du brin en même temps de pol δ découpe le brin par la 3' exonucléase ? Puis ensuite l'endonucléase et la ligase pour réarranger tout cela ?

A priori oui c'est ça

 

il y a 28 minutes, AtrophiedNeurons a dit :

en quoi c'est différent de NER ?

Ner traite les pontages intra brins (c'est à dire deux bases qui se sont reliées entre elles), et donc ça perturbe la forme de la double hélice, c'est pas les mêmes enzymes qui interviennent aussi (XPS et TFIIH)

il y a 29 minutes, AtrophiedNeurons a dit :

dans tous les cas on coupe puis on reforme le brin

 oui en gros haha je pense 

[Carlarusso]

Hey je vais essayer de vous faire un résumé rapide des deux techniques :

le ber est utilisé pour une modification de base alors une glycosylase coupe la liaison sucre base créant un site AP 

une endonuclease clive la liaison phosphodiester précédente laissant un 3 ‘ oh libre ou l’adn pol  beta ou epsilon se fixe et va progresser en «  poussant » en quelques sorte le brin avec le 5’P ( je pense pas qu’elle agissent sur lui ) elle laisse un 3’oh libre qui va être relié à un 5’P suivant par une ligase quand a l’oligodesoxynucleotide chassé il est coupé par une endonuclease 

Quand au ner il est utilisé notamment lorsque à cause des uv il y a modification d’en structure de la double hélice avec des pontages 

une hélicase ( tfIIh) détend l’hélice 

l’adn est enlevé sur une portion (xps)  puis re synthèse et ligase 

les ddux systeme ne répare pas le même dommage car les causes sont différentes 

[Soleneuh]

@Carlarusso merci pour ces précisions  

[Carlarusso]

De rien j'espère que j'ai pu éclaircir la situation