Calcul phi

[Sharmila]

Salut, qui c'est qui m'explique comment on calcule le phi? J'ai pas compris du tout! C'est quoi le pk? Comment on passe d'une forme à une autre? C'est un peu opaque à mes yeux! Merci!!

[DrMaboule]

Salut,

alors...je vais essayer de t'expliquer comme je peux:

Le pK est le pH pour lequel il y a 50% des ionisations :

-       Pour la fonction COOH = moitié COO- et moitié COOH. Il est de 2,5.

-       Pour la fonction aminée = moitié NH2 et moitié NH3+. Il est de 9,5.

 

Le pHi d’un AA correspond au pH où la forme zwitterionique (forme d’équilibre des charges) est prépondérante.

La formule pour calculer le pHi est pHi=(pK1+pK2)/2

 

J'espère t'avoir aidé si je suis pas clair dis le moi j'essaierai différement

La bise

[ggath]

Coucou, 

Normalement tu vas avoir un TD ou tu devrai mieux comprendre, sinon c'est avec de l'entrainement mais en gros je vais essayer de t'expliquer 

Pour calculer ton pHi, il faut faire la somme des pK qui entourent la forme zwitterion de ta molécule que tu divises par deux.

 

Ce pK t'es donné il me semble; et est propre a chaque fonction chimique. C'est à dire que pour une fonction COOH par exemple; on dit que le pK est voisin de 2, et cela indique que si l'on est à un pH inférieur à 2, la fonction sera sous forme protonée COOH et si l'on est à un pH supérieur à 2 la fonction sera sous forme ionisée COO-. 

Pour illustrer avec un autre exemple on peut prendre la fonction amine, son pK est voisin de 10 donc à un pH inférieur à 10 elle sera sous forme NH3+ et si on est à un pH supérieur à 10 on la retrouvera sous forme NH2. Donc attention à ne pas faire de généralité, parfois la forme ionisée de la fonction sera à pH inférieur au pK, parfois à pH supérieur. 

 

Maintenant, tu as parfois beaucoup de fonctions dans la même molécule. Il faut donc savoir quels pK prendre et pour ça il te faut trouver la forme zwitterion. Cette forme correspond au moment ou la molécule n'est plus chargée, ou en tout cas que les charges se compensent. Tu peux trouver ça en jouant sur le pH qui fait donc varier les charges des fonctions (ce que je t'ai expliqué avant grâce aux pK). 

 

Une fois cette forme retrouvée, tu fais ton calcul en prenant les pK qui l'entourent. Tu as pleins d'exemples dans le poly, pour mon raisonnement j'ai utilisé la diapo sur l'alanine page 9

 

Dis moi si ce n'est pas clair, mais personnellement je n'avais compris qu'avec le TD

[DrMaboule]

il y a 2 minutes, ggath a dit :

Coucou, 

Normalement tu vas avoir un TD ou tu devrai mieux comprendre, sinon c'est avec de l'entrainement mais en gros je vais essayer de t'expliquer 

Pour calculer ton pHi, il faut faire la somme des pK qui entourent la forme zwitterion de ta molécule que tu divises par deux.

 

Ce pK t'es donné il me semble; et est propre a chaque fonction chimique. C'est à dire que pour une fonction COOH par exemple; on dit que le pK est voisin de 2, et cela indique que si l'on est à un pH inférieur à 2, la fonction sera sous forme protonée COOH et si l'on est à un pH supérieur à 2 la fonction sera sous forme ionisée COO-. 

Pour illustrer avec un autre exemple on peut prendre la fonction amine, son pK est voisin de 10 donc à un pH inférieur à 10 elle sera sous forme NH3+ et si on est à un pH supérieur à 10 on la retrouvera sous forme NH2. Donc attention à ne pas faire de généralité, parfois la forme ionisée de la fonction sera à pH inférieur au pK, parfois à pH supérieur. 

 

Maintenant, tu as parfois beaucoup de fonctions dans la même molécule. Il faut donc savoir quels pK prendre et pour ça il te faut trouver la forme zwitterion. Cette forme correspond au moment ou la molécule n'est plus chargée, ou en tout cas que les charges se compensent. Tu peux trouver ça en jouant sur le pH qui fait donc varier les charges des fonctions (ce que je t'ai expliqué avant grâce aux pK). 

 

Une fois cette forme retrouvée, tu fais ton calcul en prenant les pK qui l'entourent. Tu as pleins d'exemples dans le poly, pour mon raisonnement j'ai utilisé la diapo sur l'alanine page 9

 

Dis moi si ce n'est pas clair, mais personnellement je n'avais compris qu'avec le TD

Super réponse le problème c'est que cette année le TD est hyper tard (genre en novembre donc après le concours blanc) donc c'est normal d'être perdu

[Sharmila]

Merci y a des trucs que je comprends mieux mais je saurais pas faire seule face à ma feuille... La permanence mardi prochain ptet ! Merci à tous les deux!

[DrMaboule]

@Sharmila malheuresement en Biomol pas trop de secret, il faut s'entrainer donc je te conseille d'essayer de faire un QCM de calcul de pHi et si tu n'y arrive pas de revenir vers nous ou de demander à la colle mardi. Mais n'hésite pas

 

[Sharmila]

Je crois que je commence à piger.  En gros tu trouves une forme zwitterion. Et puis tu additionnés les pk qui St autour et tu les divisés par deux. Mais ces pk on te les donne ou pas? 

 

[DrMaboule]

En général on te donne les PK des fonctions après c'est à toi de retrouver le pK de la molécule en sachant quelles fonctions composent l'acide aminé.

En général c'est pas très dur 

Sinon c'est ça oui

Edited September 27, 2018 by DrMaboule

[Sharmila]

C'est bon j'ai compris! Merci bcp!

[DrMaboule]

Bon nickel,

surtout  n'hésite pas à demander si tu as d'autres questions

Et merci de mettre ton sujets comme "répondu" quand tu as la réponse à ta question, ça permet une meilleure visibilité sur le forum 

[Sharmila]

Il y a 8 heures, DrMaboule a dit :

Bon nickel,

surtout  n'hésite pas à demander si tu as d'autres questions

Et merci de mettre ton sujets comme "répondu" quand tu as la réponse à ta question, ça permet une meilleure visibilité sur le forum y

Je fais ça comment?

[ggath]

Il me semble que tu peux cocher quelque chose dans la marge à gauche au dessus des pseudos

 

Et derien si maintenant tu comprends mieux ! 

[Cyp]

Bonjour je voudrais juste rajouter une  petite explication pour les peptides:  si par exemple on vous demande de calculer le pHi d'un peptide, il  faut juste ne pas prendre en compte les fonctions qui interviennent dans les liaisons peptidiques...
Voila à bientôt.

[DrMaboule]

Il y a 17 heures, Sharmila a dit :

Je fais ça comment?

tu sélectionnes une "meilleure réponse" ou du moins celle qui te parait la plus pertinente (tu as une marge à gauche des coms)

Comme ça le sujet sera marqué comme "résolus" 

 

[Sharmila]

Ok thanks!

[Chat_du_Cheshire]

Bjour @Sharmila

 

En 2 ans de PACES, j'ai toujours eu la flemme d'apprendre à calculer un pHi et pourtant je ne me trompais jamais en QCM quand on me le demandait 

 

Voici les règles de l'astuce révolutionnaire :

- les pHi des AA acides (Asp, Glu) valent 3

- les pHi des AA basiques (His, Lys et Arg) valent respectivement 7.6, 9.6 et 11.

- les pHi de tous les autres AA sont environ à 5.9 / 5.8 (on va dire 6.1 pour la proline mais osef)

 

A partir de là, il te suffit de calculer la moyenne des pHi des AA de ton peptide.

 

exeeeeemple : VAGKWYE

 

3 items :

A. Le pHi de ce peptide vaut environ 9.

B. ...........................................environ 6.

C. ............................................environ 3.

 

Il y a un AA acides (E) donc à pHi = 3 qui se compensent par un AA à pHi = 9.6 (K) : ça donne quelque chose de neutre.

On a dit que tout le reste était neutre : on a encore du neutre.

 

Neutre + neutre = neutre (wow) !

 

Réponse : item B !!!

 

Voilà cette technique est infaillible en QCM car le prof ne piège jamais à 0.1 près !

 

SAUF que si un jouuur ça devait arriver il faut savoir maîtriser l'autre méthode (que j'ai eu la flemme d'apprendre, ne suis pas mon exemple )

 

 

Voilà 

[Sharmila]

Merci merci merci! Je crois que j'ai pigé la méthode mais que le par coeur me fera gagner du tps ...Et m'évitera du stress! 

Profonde est ma gratitude! Comme dirait yoda. 

Bon samedi!

[DrMaboule]

@Chat_du_Cheshire la fameuse technique magique