O-glyclolisation et N-glycolisation

[Li06]

Bonjour, 

J'aurai voulu savoir quel était la différence entre le mécanisme de la O-glycosylation et la N-glycosylation ? Je ne sais pas trop ce qui se passe dans les deux mécanismes à vrai dire . Mais je sais que les deux ne se font pas sur les mêmes AA. 

Merci d'avance pour votre aide.

[DrMaboule]

Salut,

alors je vais essayer de t'éclairer...

La O-glycolisation: c'est un mécanisme de fixation de sucre sur les protéines.

Les sucres simples sont en générale cyclique 6 atomes de carbones et on les trouve majoritairement sous forme cyclisée avec un pont oxygène. Les sucres simples peuvent se polymériser pour former des saccharides. Il peut y avoir fixation de chaînons saccharidique sur les acides aminés.

Les sérine et thréonine sont des sites de liaison avec des glucose. On dit O-glycosylation car la fixation du sucre se fait par l’intermédiaire d’un oxygène. On dit O-glycosylé car la fixation de sucre se fait sur un oxygène.

 

La N-glycosylation concerne l'asparagine et la fixation du sucre se fait par un atome N d'azote...

 

J'espère t'avoir été utile

La bise

[Li06]

Mercii beaucoup tu gères. 

[DrMaboule]

Bon tant mieux si j'ai pu t'être utile

Surtout si tu as d'autres questions n'hésite pas 

 

[Li06]

Bonjour, je reviens vers toi aujourd'hui pour une autre question. 

J'aimerai comprendre, comment savoir lors du calcul du pHi quel pk on doit prendre ? 

Je m'explique, dans certains exemple M.PERRET prend: 

pHi=pk1 + pk2 

ou alors

pHi= pk2+ pk3 

 

Du coup, je ne sais jamais lesquels je dois prendre (pk1 + pk2  ou pk2+ pk3 ), j'espère que je me serai assez bien exprimé pour que tu puisses m'expliquer.

 

Merci d'avance encore une fois. 

[MikeWazowski]

Salut, 

Alors je t'avoue que j'ai jamais vu chere Bertrand parler de Pk3 ou Pk4 mais bon il est tout à fait possible qu'il la rajouté cette annee. 
En tout cas ce qu'il faut retenir quand on calcule le Phi d'un acide aminé, d'un peptide ou autre cest qu'on prend les deux Pk qui entourne la forme zwiterrion. 

Est ce que tu voudrais que je t'explique à travers un petit exemple ou pas?
En gros si tu as compris le fonctionnement de base pour le calcul du Phi on peut appeler un Pk d'ionisation PK1,2,3,4 on s'en moque tant qu'on prend les deux qui entourne la forme zwiterrion. 

 

Si jamais on a déjà résolu par un(e) confrère pharmacien(ne) le problème du Phi ici : 

 Si tu as besoin d'éclaircissement hésites pas !! 

Edited September 27, 2018 by MikeWazowski

[Li06]

Non il n'a pas parlé de pk3 et Pk4 il s'est arrêté à pk3 :), en fait si j'ai bien compris, pour qu'on puisse trouver les deux pk il faut savoir faire impérativement la forme zwitterion, c'est bien ça ? Mais comment la trouver cette forme ... ? 

Merci pour ta réactivité 

[Porthos]

il y a 25 minutes, Op25 a dit :

Non il n'a pas parlé de pk3 et Pk4 il s'est arrêté à pk3 :), en fait si j'ai bien compris, pour qu'on puisse trouver les deux pk il faut savoir faire impérativement la forme zwitterion, c'est bien ça ? Mais comment la trouver cette forme ... ? 

Merci pour ta réactivité 

Salut @Op25

Je vais tenter de te répondre ici, bien qu'un schéma vaut généralement mieux qu'un grand discours…

 

Tout d'abord la forme zwitterionique c'est la forme quand la charge globale de ton AA est neutre… On calcule le pHi pour savoir à quel pH l'AA est sous forme de zwitterion donc. 

On va commencé par l'exemple de base: la glycine 

Il a un coté NH3 et un coté COOH

Lorsqu'on a un pH très bas genre 1 admettons, NH3 sera sous la forme NH3+ et le COOH reste COOH car c'est un acide 

Le pH augmente progressivement et PAF on passe un cap ou NH3+ reste NH3+ mais COOH devient COO-. A ce stade la molécule est donc globalement neutre, + et - s'annulent -> C LE ZWITERRION. Cette valeur ou COOH devient COO- est le pKa1

Le pH continue d'augmenter et PAF le NH3+ devient NH3, alors que COO- reste COO- c'est donc le pKa2 

Le pHi est donc PKa1 + pKa2 / 2

 

Maintenant prenons une molécule plus complexe admettons le glutamate

Là on a 2 COOH et un NH3 

Il y aura un premier pKa où NH3+ devient NH3, un autre un peu plus haut où COOH devient COO- et donc c'est la forme zwiterrionique et un troisième pKa ou le dernier COOH devient COO- on perd du coup la neutralité de la molécule 

DONC si t'a suivi pHi= pka1 + pka2 / 2 

 

j'espère que ça te suffira comme explications !

[MikeWazowski]

il est primordial que tu saches les fonction ionisable dans un acide aminé par exemple quand on te parle de la lysine il faut que directement tu te dis ok je sais qu'il y a le ?-amine le ?-carboxy et le epsilon-aminé qui sont les trois fonctions ionisable et donc tu calcules ta forme zwitterionique à partir de ca ! 

 

@Porthos a extremement bien explique mais si tu ne comprend toujours pas hesites pas a le dire et on essaye de te l'expliquer autrement !! 

[Li06]

MERCI beaucoup vous êtes au top, je pense avoir compris mais si jamais je bloque toujours sur un qcm je vous reposerai des questions plus précises...

Merci encore bonne soirée à vous. 

[MikeWazowski]

Pas de soucis, si jamais tu as des problèmes n'hésites pas a venir aux perms et on pourra mieux t'expliquer par un tableau c'est ce que j'ai fait pour les groupes que j'ai eu à la prérentrée et ça avait l'air de bien marcher !!