incompréhension...

[marina_frechin]

Bonjour, 

après avoir fait plusieurs QCM de recherches, je n'arrive toujours pas à comprendre la méthode et donc comment savoir,  pour répondre aux QCM de ce genre ... 

1.tiff

[Zuji]

Salut ! Alors petit soucis, je n'ai pas l'énoncé complet du qcm 7, ni le reste de l'énoncé du qcm 8 de visible sur ton image.
Aussi lequel des deux te poses soucis ?

[marina_frechin]

Je ne comprend pas comment répondre au QCM 8 

2.tiff

3.tiff

[Gardinatops]

les voici en entier zuji

 

Edited March 27, 2018 by pépé98

[Zuji]

Merci pour les photos !

Bon, je me suis lancer dans un travail d'artiste, j'espère qu'il sera agréable pour les yeux, d'habitude je fais avec des stabilos en perm ^^.

 

Alors, il s'agit ici de savoir si ton insert peut se mettre dans un sens ou dans les deux sens.

Par exemple. Voici un bout de corde fait de lettre 5' OOOOOOOOOOOOOOOOOO 3'

Tu veux l'insérer dans ton vecteur fait de 5' MMMMMMMMMMM 3'

Si tu coupes les deux avec une enzyme qui donne des bouts collants violets, compatibles entre eux, et une enzyme qui donne des bouts collants jaune, compatibles entre eux.

Tu obtients donc :

 

Un insert 5' OOOO OOOOOOO OOOOOO 3', ce que tu veux insérer du coup c'est juste 5' OOOOOOO 3'

 

Et ton vecteur ouvert du coup c'est 5' MMM MMMMMM MM 3' , et du coup tu te retrouves avec 5' MMM  MM 3'pour insérer ton insert.
Si tu regardes quels bouts sont compatibles, tu vois que les séquences de même couleurs sont compatibles entre elles, c'est à dire qu'elles peuvent se recoller. En fait, tu n'a pas de couleur dans ton énoncé, mais des séquences pouvant être compatibles.

 

Du coup tu vois que ton 5' OOOOOOO 3' peut s'insérer que dans un seul sens : 5' MMM 5' OOOOOOO 3' MM 3' et pas 5' MMM (3' OOOOOOO 5') MM 3'.

 

Du coup le qcm !

 

Voici les enzymes et les séquences qu'elles coupent. Comment savoir si leur bouts sont compatibles ? Et bien il suffit que 4 nucléotides sont identiques dans la séquences qu'elles coupent pour pouvoir se recoller (vu en TD). Attention, ils doivent être dans le même ordre d'écriture. Du coup, tu peux voir les compatibilités : les bleus entre elles et les rouges entre elles. Attention, des bouts peuvent se recoller cela ne veut pas dire que la séquence coupée est identique, donc que les enzymes coupent les mêmes séquences. Simplement que leur bouts peuvent se recoller entre eux.

 

NcoI : C/CATGG

PaeI : GCATG/C

NlaIII : CATG/

SunI : C/GATCG

FatI : /CATG

AccII : CG/GC

Acc651 : G/GTACC

 

Enfin, sur ton insert tu as :

 

5' NcoI / Acc651 / LacZ / E1 (ATG) / E2 / E3 (Stop) / AccII / PaeI 3'

 

Et sur ton vecteur tu as comme séquence du polylinker :

 

Promoteur I / PaeI / FatI / SunI / NlaIII / Promoteur II

 

(Vu qu'il y a deux promoteurs de part et d'autre, on ne peut pas donner un sens de lecture 5' 3' précis à ton vecteur, qui peut être lu dans les deux sens. Ainsi, si ton insert se met à "l'envers", il pourra quand même être lu à l'envers car il y aura toujours un promoteur lu avant.)

 

Duuuuu couuup !

 

QCM 8

 

Item A : NcoI et PaeI pour l'insert, et NlaIII et PaeI pour le vecteur, du coup on a au final :

 

Insert :  5' NcoI / Acc651 / LacZ / E1 (ATG) / E2 / E3 (Stop) / AccII / PaeI 3'

 

Vecteur : Promoteur I / PaeI /       ---      / NlaIII / Promoteur II

 

Du coup tu peux mettre ton insert dans les deux sens !

 

Comme cela : Promoteur I / PaeI / (5' NcoI / Acc651 / LacZ / E1 (ATG) / E2 / E3 (Stop) / AccII / PaeI 3') / NlaIII / Promoteur II

Ou comme cela : Promoteur I / PaeI / (3' Pael / AccII / E3 (Stop) / E2 / E1 (ATG) / LacZ / Acc651 / Ncol 5') / NlaIII / Promoteur II

Du coup l'item A est FAUX, car on peut bien insérer l'insert dans les deux sens !

 

Item B : Acc651 et PaeI pour l'insert, et SunI et PaeI pour le vecteur, du coup on a au final :

 

Insert :  5' Acc651 / LacZ / E1 (ATG) / E2 / E3 (Stop) / AccII / PaeI 3'

 

Vecteur : Promoteur I / PaeI /   ---     / SunI / NlaIII / Promoteur II

 

Du coup tu peux mettre ton insert que dans un seul sens !

 

Comme cela : Promoteur I / PaeI / (3' Pael / AccII / E3 (Stop) / E2 / E1 (ATG) / LacZ / Acc651 5') / SunI / NlaIII / Promoteur II

Du coup c'est grave si mon insert est retourné ? Non, car comme on a un promoteur de chaque côté du polylinker, on peut lire le vecteur dans les deux sens et donc lire correctement mon insert.

Du coup l'item B est FAUX, car on peut seulement insérer l'insert dans les deux sens !

 

Item C : Acc651 et PaeI pour l'insert, et SunI et PaeI pour le vecteur,

 

C'est la même chose que la B.
Du coup l'item C est VRAI, car on peut effectivement insérer que dans un seul sens.

 

Item D : NcoI et Acc651 pour l'insert, et FatI et SunI pour le vecteur, du coup on a au final :

 

Or, NcoI et Acc651 sont juste à coté, sur l'insert, donc tu vas obtenir un bout : 5' NcoI 3'

et un bout 5'/ Acc651 / LacZ / E1 (ATG) / E2 / E3 (Stop) / AccII / PaeI (INTACTE) 3'. Du coup tu n'a pas coupé en 3', ton insert n'a au final qu'un seul bout qui peut se recoller, car le second bout est déjà intacte.... Du coup tu ne peux rien insérer !!!!

Du coup l'item D est FAUX, car on ne peut pas insérer avec ces enzymes.

 

Item E : "Seule l'insertion par Acc651 et PaeI dans le vecteur digéré par SunI et et PaeI permettra le clonage du gène d'intérêt".

Pourquoi c'est FAUX ?

 

On a vu deux choses importantes :

- On est dans le cas de l'item C, ou l'on peut insérer.

- On a encadré le polylinker du vecteur avec deux promoteurs, donc comme précisé plus haut, peut importe le sens d'insertion, l'insert pourra être lu si intacte.

 

Du coup, tant qu'on peut insérer notre cDNA avec la séquence codante, peut importante le sens, il sera traduit correctement et on peut avoir clonage du gène d'intérêt. OR : Dans l'item A, on a utilisé d'autres enzymes et on a vu qu'on peut également insérer avec elles (et mêmes dans les deux sens) !

 

Du coup c'est faux d'affirmer que "Seule l'insertion par Acc651 et PaeI dans le vecteur digéré par SunI et et PaeI permettra le clonage du gène d'intérêt", car d'autre enzymes peuvent être utilisées.

 

 

 

 

Voilà c'était le roman recherche du jour, j'espère que c'est suffisamment clair pour être compris et suffisamment complet pour t'aider à comprendre le qcm.

Si jamais tu as plus de questions, n'hésites pas.
Si tu as des soucis pour visualiser, n'hésites pas à venir en perm et je te le ferais en direct avec plaisir.

 

Bon courage et bonne fin de semaine .

 

[marina_frechin]

Super merci ! je pense avoir compris ..  

par contre quand tu dis qu'ils suffit que 4 nucléotides soient identiques dans la séquence, est-ce toujours 4 ? 

car dans le TD justement il y a 3 enzymes avec seulement 3 nucléotides identiques .. 

 

Extrait du TD : 

Taq I : 5' T/CGA 3'

Cla I : 5' AT/CGAT 3'

Acc I : 5' GT/CGAC 3'

[Zuji]

Alors si tu regarde bien, il y en a 4 en fait ^^.

Taq I : 5' T/CGA 3'

Cla I : 5' AT/CGAT 3'

Acc I : 5' GT/CGAC 3'

Tu as oublié le T ;).