AliPotter Posted February 13, 2018 Posted February 13, 2018 Bonsoir à tous! Après le cours de notre cher Pr Levade, il me faudrait quelques rappels sur la transcription illégitime... J'ai noté aujourd'hui, qu'en RT PCR, on pouvait observer beaucoup ARNm en très petite quantité dans tous les types cellulaires. Et c'est à ce moment là que je me suis complètement embrouillée à essayer de me rappeler du génome et à essayer d'écrire ce que disait le prof... Je me suis perdue! Il me semble qu'il a dit qu'avec la banque de cDNA on n'avait pas cette transcription car ... ? Parce qu'on fait pas une RT PCR mais qu'on utilise seulement la reverse transcriptase ? Du coup les quantités seraient tellement infimes qu'on ne les verrait pas ? Et donc c'est pour ça que pour préparer la banque cellulaire il faut bien faire attention au type cellulaire choisi ? Comme vous pouvez le voir, c'est pas très net, je suis peut être même carrément à coté de la plaque! Si quelqu'un a des explications, je suis preneuse! Bonne soirée Quote
Laeress Posted February 13, 2018 Posted February 13, 2018 Quand tu fais une banque de cDNA, elle est spécifique d'un type cellulaire dans le sens où on n'obtiendrait les cDNA des seuls gènes exprimés (donc faire attention au type cellulaire forcément). La différence avec la RT-PCR c'est qu'on a pas d'amplification (dans les 2 cas on a une rétrotranscriptase). De facto, tu obtiendras uniquement les cDNA des ARNm les plus abondants (alors qu'en RT-PCR tu les a pour quasiment tous les gènes). Ça répond à tes interrogations ? Par contre si quelqu'un sait dans quel cas on parle de transcription illégitime, ça m'intéresse! Quote
pj31 Posted February 13, 2018 Posted February 13, 2018 il y a 6 minutes, Laeress a dit : Quand tu fais une banque de cDNA, elle est spécifique d'un type cellulaire dans le sens où on n'obtiendrait les cDNA des seuls gènes exprimés (donc faire attention au type cellulaire forcément). La différence avec la RT-PCR c'est qu'on a pas d'amplification (dans les 2 cas on a une rétrotranscriptase). De facto, tu obtiendras uniquement les cDNA des ARNm les plus abondants (alors qu'en RT-PCR tu les a pour quasiment tous les gènes). Ça répond à tes interrogations ? Par contre si quelqu'un sait dans quel cas on parle de transcription illégitime, ça m'intéresse! Salut à vous 2, Pour moi transcription illégitime c'est quand on transcrit artificiellement tout l'ADN génomique d'une cellule, on va forcément transcrire des gènes qui ne doivent pas être transcrit dans cette cellules normalement C'est pour ça qu'avec une banque de cDNA on minimise les risques de transcription illégitime Bonne soirée Quote
Laeress Posted February 13, 2018 Posted February 13, 2018 il y a 4 minutes, pj31 a dit : Pour moi transcription illégitime c'est quand on transcrit artificiellement tout l'ADN génomique d'une cellule, on va forcément transcrire des gènes qui ne doivent pas être transcrit dans cette cellules normalement RT-PCR j'imagine donc...Merci ! Quote
Bixit Posted February 13, 2018 Posted February 13, 2018 Salut, justement Levade parle de transcription illégitime pour la banque de cDNA, donc ça n'irait pas dans le sens de ce que tu dis @pj31 Il avait plutôt l'air de dire que c'était avec les cDNA qu'on avait ce risque (après c'est possible que je me sois trompée). Quote
AliPotter Posted February 13, 2018 Author Posted February 13, 2018 D'arc merci pour vos réponses @Laeress et @pj31, j'avais bien compris ça moi aussi ça me rassure @maaalou, en fait il en parle dans ce cours pour montrer que ça ne remet pas en cause la notion de transcription illégitime, elle y est quand même mais comme on amplifie pas et q'il y en a pas assez, on le voit pas donc la banque reste spécifique d'un type cellulaire Quote
Bixit Posted February 13, 2018 Posted February 13, 2018 Merci à vous trois, c'est plus clair maintenant Quote
Lisou Posted February 14, 2018 Posted February 14, 2018 @AliPotter @maaalou Mais du coup vous êtes bien d'accord que la transcription illégitime est valable seulement pour la RT-PCR ? Quote
SBW Posted February 14, 2018 Posted February 14, 2018 il y a 37 minutes, Lisou a dit : @AliPotter @maaalou Mais du coup vous êtes bien d'accord que la transcription illégitime est valable seulement pour la RT-PCR ? Salut ! je m'incruste, je crois que la transcription illégitime est toujours présente (comme dit plus haut, ça traduit le fait que dans un type cellulaire donné, les gènes que l'on dénomme comme pas exprimés sont en réalité très très peu exprimés donc on retrouve bien leurs ARNm) mais on peut seulement la constater en RT-PCR car il y a amplification. Elle se voit donc à partir de cDNA (car on part des ARNm, donc dans une RT-PCR), mais lorsque tu constitues une banque il n' y a pas d'amplification donc tu ne peux pas la voir en pratique. Quote
Bixit Posted February 14, 2018 Posted February 14, 2018 il y a 1 minute, Bjornkotedefer a dit : Salut ! je m'incruste, je crois que la transcription illégitime est toujours présente (comme dit plus haut, ça traduit le fait que dans un type cellulaire donné, les gènes que l'on dénomme comme pas exprimés sont en réalité très très peu exprimés donc on retrouve bien leurs ARNm) mais on peut seulement la constater en RT-PCR car il y a amplification. Elle se voit donc à partir de cDNA (car on part des ARNm, donc dans une RT-PCR), mais lorsque tu constitues une banque il n' y a pas d'amplification donc tu ne peux pas la voir en pratique. J'aurais pas répondu mieux, je valide! Quote
Lisou Posted February 14, 2018 Posted February 14, 2018 D'accord, merci beaucoup @Bjornkotedefer Quote
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