concours 2016 beaucoup d'items

[ggath]

Bonsoir à tous, bon j'ai beaucoup de questions sur ce sujet, je pense que c'est plus simple de mettre le lien du sujet plutot que 15 photos des items mais je pourrai le faire si c'est plus simple. Il est dans la librairie aussi, mais sinon : http://www.tutoweb.org/tat_librairie/Purpan/Annales%20de%20Concours/2015-2016/UE1%20genome%20purpan%20janvier%202016.pdf

Alors commençons : 

 

QCM 1 : pourquoi ABD sont-elles fausses ? 

 

QCM 3 item C compté juste : pourtant, j'avais compris que l'ARN de 3,9kb avait une région en commun avec celui de 3,3, vu que nous avons aussi une bande. (résolu)

 

QCM 4 item C : il est compté juste, mais je ne comprends pas comment on peut avoir l'information car pour moi, aucune amorce ne va couvrir l'exon 5 justement. Item E j'avais mis faux parce que je pensais que ça ne marchait pas mais visiblement... Il est compté juste aussi.

 

QCM 5 C compté faux : qu'est-ce qu'on entend par "linéarisé" ? Justement le fait de faire une coupure je pensais que ça marchait (résolu)

 

QCM 8 : B compté faux, pourquoi ? 

 

QCM 9 C compté juste, est-ce que c'est écrit dans le cours ? item DE avec E compté juste : je ne comprends pas la méthode faite, personellement j'avais ajouté tous les exons pour voir la taille et enlevé certains et je n'étais pas tombée sur cela, après je me suis surement embrouillée.

 

QCM 11 item A faux, pourquoi ? 

 

QCM 12 A faux, pourquoi encore ? C'est à quel moment du coup ? 

 

QCM 15, bonnes réponses BDE, j'aurai besoin d'aide pour les items AB et E, que j'ai planté et je ne comprends pas pourquoi

 

Voilà voilà, désolée pour toutes ces questions ça fait un gros sujet mais j'ai vraiment du mal, merci d'avance à ceux qui prendront le temps de lire déjà haha, bonne soirée 

 

EDIT : j'ai finalement compris pour les qcm 3 et 5, du coup plus de problème

[Marie_E]

Salut ! Effectivement, ça fait bcp d'items ^^ est ce que plutôt, il n'y aurait pas moyen que tu viennes à la perm demain midi ? ce serait bcp plus simple de reprendre entièrement le sujet avec toi en live  

[ggath]

J'aimerai et je vais vraiment essayer d'y arriver mais ça risque d'être vraiment compliqué d'y être aux horaires indiqués ...

[Marie_E]

Pas de soucis, je comprends je répondrai à toutes des questions demain aprem, il est trop tard pour que je le fasse ce soir, dsl :/

 

Bonne nuit et bon courage pour tes révisions

[ggath]

Pas de souci, merci beaucoup ça peut attendre demain sans problème ! J'ai réussi à comprendre pour les qcms 3 et 5 au final, ça fait déjà ça de moins. 

Bonne nuit à toi aussi et merci beaucoup !

[sarah1331]

Salut, je suis aussi en paces mais je peux quand meme essayer de répondre à tes questions fin de toute façon ca m’entraîne et espérant que ca ne prenne moins de temps à Marie pour demain 

 

Qcm 1

A : operon lactose = lac z lac y lac a mais pas lac i or le répresseur est codé par lac i (c’est sur une diapo du cours)

B : il n’y a que lac z (et pas le reste de l’operon) donc il ne sera pas polycistronique

D : il y a l’ADNc qui va être introduit en plein milieu de la séquence de lac z, le premier codon initiateur rencontré sera l’ATG de lac z = début de traduction puis on va arriver au niveau du site EcorI dont on se sert pour insérer le gène de la LHS donc la traduction se continue sur l’adnc de la LHS, enfin il y aura le codon stop de LHS. Donc partie N-ter = lac z et partie C ter = LHS. Le plus de simple pour comprendre est de faire des schémas (pour tous les qcm pas seulement lui).

 

Qcm 3

L’item C est vrai puisque la partie de 3,9 kb est la seule qui est repérable avec la bande B donc elle contient une séquence spécifique. Elle a aussi une partie commune avec les autres pour qu’elle puisse s’hybrider avec la sonde A cela n’est pas incompatible.

 

Qcm 4

Les amorces qui s’hybrident à l’exon 5 sont dans les couple 1 et 2 et on voit sur le résultat qu’il y a une bande pour le couple 1 (pour le couple 2 c’est donc la premiere amorce qui ne peut pas s’hybrider donc tu conclus que l’exon 4 n’est pas présent)

La E juste mais je ne sais pas trop comment justifier.. En fait dans l’ADN il y a les introns qui sont présent donc déjà ca peut permettre d’estimer la distance (contrairement à dans l’ARNm) puis avec les enzymes tu peux couper l’adn a différents endroits donc en comparant la longueur de différents segments on peut trouver la valeur.

 

Qcm 5

Linéariser veut dire que l’on coupe le plasmide il devient donc linéaire

En fait quand tu inserts grâce aux deux enzymes de restriction le produit de PCR dans le plasmide, la partie dans le plasmide qui est encadré par les sites va être supprimée et remplacée par le produit de PCR qu’on souhaite analyser. Donc ici le site Kpn1 disparait. (Car on te parle du plasmide RECOMBINANT)

 

Qcm 8

La le promoteur est inséré dans le MCS donc avant la luciférase et c’est un PROMOTEUR donc il va permettre la traduction de la luciférase mais ne donne pas de protéine.

 

Qcm 9 C : diapo 173 

563 – 335 = 228 ca correspond a la taille de l’exon 10

 

Qcm 11 A on amplifie sur de l’adn donc les amorce peuvent être sur les exons comme sur les introns

 

Qcm 12 A faux : diapo 137 

 

Qcm 15

Diapo 237 : tu vois une souris a la Cre recombinase et l’autre a les site lox p (triangles de l’item B) donc item A Faux mais c’est juste mon avis il y a surement une autre justification

E vrai c’est l’invalidation du gène vu sur les dernières diapos du cours

Quand tu traite par le tamoxifène ça active la Cre (dans la ligné A et dans les transgéniques). Et dans les transgéniques qui contiennent en plus les site Loxp (apporté par le lignées B) ca va « couper l’adn » et donc invalider le gène. (les lignées B que tu traite ou pas ca change rien puisqu’il n’y a pas la Cre).

 

Et pour le coup je suis sure que Marie te fera une meilleure explication sur la dernière partie du cours pas vraiment evidente.

 

J'espere avoir aidé et si jamais tu a le temps pour aller a la perm c'est vraiment mieux les tuteurs peuvent bien expliquer et te faire des shémas    

Bonne soirée 

[ggath]

Tout d'abord merci beaucoup pour cette longue réponse. 

Il me reste cependant des petites incompréhensions : 

QCM 9C, je suis d'accord sur le principe, mais je ne comprends pas qu'est-ce qu'est le 563 en fait, parce que si j'ajoute la taille de tous les exons il me semblait que ça faisait plus. 

Et pour me QCM 15 j'attends la réponse de Marie, mais je crois avoir compris. Je pense qu'en faisant le qcm ce que j'ai pensé c'est que c'était pas évident que c'était souris transgéniques avec la méthode CRE LOXP, mais maintenant oui c'est logique, et en ayant mieux en tête le fonctionnement je pense avoir compris. 

 

Pour la perm oui haha je sais que c'est vraiment le top je vais quand même essayer d'y passer, on a toujours des questions mais je pense pas pouvoir être à rangueil avant 14h30... 

 

En tout cas merci beaucoup beaucoup beaucoup pour toutes ces réponses, ce forum est vraiment génial 

[sarah1331]

Pour le 9 il faut que tu regarde où se placent les amorces donc tu fais la somme des exons et tu y rajoute la taille des amorce ca donne le bon résultat 

 

 

Et en effet ce forum est génial il m'a énormément aidé !

[ggath]

Ah je vois, merci encore 

[Sahra]

Salut les filles! (coucou ggath  )

 

Rien à redire sur tes réponses Sarah1331, t'es au top! 

 

Je détaille un peu le qcm 15 si d'autres passent par là et en ont besoin, et parce que ça me fait plaisir (pis Marie_E, on s'arrangera entre nous, après quelques gâteaux tu ne m'en voudras plus d'avoir répondu à ta place  )

 

QCM 15:  
 

On veut inactiver le gène de la LHS, pour ça on développe 2 lignées de souris : 
- Lignée A transgénique : Recombinase Cre + Domaine d'activation pour le tamoxifène  
- Lignée B transgénique : Deux allèles modifiées 

Et on croise les deux, pour avoir une : 

- Lignée double Transgénique : Recombinase Cre + Domaine d'activation pour le tamoxifène + Deux allèles modifiées 
On cherche donc à faire une inactivation induite par Cre-lox.

 

Sur le Western blot, on voit que pour les souris (a) on a réussit à capter de la LHS, donc gène activé. 
Pour les souris (b), on en capte pas, gène inactivé.  
 

Item A.B. On cherche à savoir comment sont les allèles modifiées de la lignée. 
Pour l'item A, tu vois que tu as remplacé l'exon 10 par le NéoR --> Transgenèse de recombinaison, avec ici, échange de l'exon 10 pour le NéoR, cela entraînerait une inactivation directe de la lignée (sans induction possible). 
Item B, tu vois que quelques exons sont flanqués de triangles soit les Lox P, donc c'est bien le système de Cre-Lox. 

 

A partir de là, pour pouvoir inactiver le gène, il nous faut dans une même lignée : 

(1) Les allèles modifiées avec les Lox P 

(2) La recombinase Cre avec son domaine d'activation, une fois activée elle va pouvoir reconnaître les Lox et recombiner pour exciser les exons entre les 2 loxP (les exons + 1 loxP s'élimine). 
(3) Et la molécule qui active le domaine: Tamoxifène. 

Donc en gros, il faut la lignée double transgénique [(1)(2)] + la molécule de Tamoxifène (3) pour inactiver le gène de la LHS, soit la piste b.

 

Item C.VRAI On a la lignée B donc condition (1), et le tamoxifène (3). Il nous manque le (2): la recombinase Cre et son domaine d'activation pour inactiver le gène. Donc, on aura toujours l'expression de la LHS, on a la piste a. 

 

Item D.VRAI  On a la lignée double transgénique [(1)(2)], mais pas la molécule de Tamoxifène (3). On a bien Cre et les allèles floxés mais sans la molécule, le domaine d'activation de Cre n'est pas activé donc il n'y aura pas d'inactivation, la LHS s'exprime, on a la piste a. 

 

Item E. VRAI On a la lignée double transgénique [(1)(2)], avec la molécule de Tamoxifène (3). Tout est bon pour inactiver, piste b. 

 

Juste une précision, le système Cre-Lox utilisé est inductible grâce au domaine d'activation de la Cre et d'une molécule agissant sur ce domaine d'activation (pour les curieux y'a un petit post sur ça dans la formation génome épinglée). On peut très bien avoir des systèmes Cre-Lox non inductibles, si votre Cre recombinase n'a pas de domaine d'activation, dans ce cas, vous croisez lignée A et B, et votre lignée double transgénique est directement inactivée pour le gène dès le début. 

 

Voilà, encore un pavé désolée    

 

C'est bientôt fini allez courage, on est avec vous! 

[ggath]

C'est bon pour moi, merci tout le monde (tutriiiice  )

Je vous souhaite à toutes une bonne journée, vraiment mille merci