AshleyRockwell Posted September 17, 2013 Posted September 17, 2013 Hello à tous, Question du jour bonjour :-) Dans la métabolisation de novo d'un nucléotide de base pyrimidique : Nous partons donc de Bicarbonate pour le carbone + gluitamine sous forme de groupement amoniaque NH3 + 2 ATP. Abracadabra, on obtient un Carbamyl Phosphate. Le carbamyl, il sucre son café avec un coup d'aspartate (parce que ça sucre sans faire grossir - note pour plus tard, lui dire à l'ami Carbamyl qu'on utilise depuis la Stévia...) et HOP, on a notre ami cycle pyrimidique. Clic clac, on sucre pour de vrai (parce que l'aspartate ça va 5 minutes) avec un ribose activé (ribose + phosphate) et magie de noel, on a de l'Uracyle Tri Phosphate. Jusque là, j'ai tout compris MAIS : De l'UTP découle le CTP puis le dCTP Jusque là, toujours pas de soucis, on a remplacé l'ami OH en NH2 en C4 puis on a désoxy le pentose. et là, on nous dit que l'UTP donne sinon, du dTMP puis du dTTP. Et c'est là que je suis pas content ! Déjà, tu viens me coller sur la tronche un CH3 en C5, bon, ok, j'aime qu'on me fasse des cadeaux. Mais mon phosphate Beta et Gama ?Y'a eu une hydrolisation ??? Merci
Ancien du Bureau teyss Posted September 17, 2013 Ancien du Bureau Posted September 17, 2013 Une hydrolyse c'est quand tu "casses" quelque chose avec une molécule d'eau qui intervient ("hydro" = flotte et "lyse" = "casse"). Là ce sont 2 phosphorylations surccessives par une thymidine kinase qui appartient à la famille des transférases (que tu verras avec M. Chap en biochimie dans le cours d'enzymo). On peut dire aussi que le CH3 en plus est ajouté par une méthyltransférase qui utilise certainement pour cofacteur un coenzyme qu'on appelle la S-adénosyl-méthionine que tu sauras dessiner dans peu de temps grâce au professeur Perret (((On sucre avec de l'aspartame, l'aspartate c'est de l'acide aspartique sous forme ionisée à pH physiologique, un petit acide aminé sympatoche à dessiner )))
AshleyRockwell Posted September 17, 2013 Author Posted September 17, 2013 Une hydrolyse c'est quand tu "casses" quelque chose avec une molécule d'eau qui intervient ("hydro" = flotte et "lyse" = "casse"). Là ce sont 2 phosphorylations surccessives par une thymidine kinase qui appartient à la famille des transférases (que tu verras avec M. Chap en biochimie dans le cours d'enzymo). On peut dire aussi que le CH3 en plus est ajouté par une méthyltransférase qui utilise certainement pour cofacteur un coenzyme qu'on appelle la S-adénosyl-méthionine que tu sauras dessiner dans peu de temps grâce au professeur Perret (((On sucre avec de l'aspartame, l'aspartate c'est de l'acide aspartique sous forme ionisée à pH physiologique, un petit acide aminé sympatoche à dessiner ))) Je sais pour l'aspartame, mais je trouvais ça fun (et sympa pour retenir l'affaire) d'y foutre une histoire de sucrage du café mais merci pour la précision pour ceux qui sont pas dans ma tête et pourraient faire la confusion Pour l'affaire d'hydrolyse : sur un cours précédent, l'ami langin nous dit que quand on passe de de NTP à NDP par exemple, on hydrolyse la liaison entre le gama et le beta. Là, nous sommes passés de UTP a TMP. On est donc passé de Tri Phosphate à Mono Phosphate. D'où ma question, que sont devenu mes deux groupes phosphates ? J'ai utilisé la notion d'hydrolyse car je pensais que c'était celle qui était en jeux dans ce passage de tri phosphate à monophosphate. Pour ce qui est des deux phosphorylations succéssives, oui, Langin nous en parle un peu avant des Kinases. Mais ces deux phosphorylations arrivent APRES qu'il y ait eu cette réduction de NTP à NMP. En fait, je n'ai peut être pas été assez clair en faisant une petite histoire fun. je la refais : ok pour la métabolisation. Mais; question : pourquoi je passe d'un tri phosphate à un monophosphate avant de repasser à un tri phosphate dans le passage d'uridine à thymidine ?
Guest Jeffrey Posted September 17, 2013 Posted September 17, 2013 Juste une petite précision pour que tout soit vraiment nickel : bien que la SAM soit assez omniprésente en matière de méthylation (c'est vrai on la voit un peu partout ^^), il me semble que le coenzyme intervenant pour former la thymine est cette fois ci plutôt le THF dérivé de la vit B9 (elle est assez cool à dessiner aussi au passage :-p), et je crois que c'est ce qui explique qu'un déficit en vit B9 entraîne essentiellement une anémie (synthèse d'ADN altérée avec des conséquences sur le fonctionnement de la moelle osseuse hématop pour la synthèse des GR). Mais c'est un peu hors sujet, l'essentiel a déjà été dit ;-) Ce qu'il faut comprendre sur cette diapo, c'est que uniquement certaines étapes sont présentées (il y des étapes intermédiaires qui ne sont pas indiquées pour "simplifier"). Bon courage.
AshleyRockwell Posted September 17, 2013 Author Posted September 17, 2013 Juste une petite précision pour que tout soit vraiment nickel : bien que la SAM soit assez omniprésente en matière de méthylation (c'est vrai on la voit un peu partout ^^), il me semble que le coenzyme intervenant pour former la thymine est cette fois ci plutôt le THF dérivé de la vit B9 (elle est assez cool à dessiner aussi au passage :-p), et je crois que c'est ce qui explique qu'un déficit en vit B9 entraîne essentiellement une anémie (synthèse d'ADN altérée avec des conséquences sur le fonctionnement de la moelle osseuse hématop pour la synthèse des GR). Mais c'est un peu hors sujet, l'essentiel a déjà été dit ;-) Ce qu'il faut comprendre sur cette diapo, c'est que uniquement certaines étapes sont présentées (il y des étapes intermédiaires qui ne sont pas indiquées pour "simplifier"). Bon courage. Ok, donc en fait, je retiens bêtement que la synthèse de dTTP de novo passe par UTP -> dTMP -> dTTP et je m'en fiche de savoir pourquoi j'ai perdu puis récupéré deux groupes phosphate ? Ma foi, OK.
Ancien du Bureau teyss Posted September 17, 2013 Ancien du Bureau Posted September 17, 2013 Oui, pour faire simple, c'est l'idée (((oui, c'est peut être du méthyl-THF le coenzyme, à vrai dire j'ai mis "certainement" parce que j'étais pas sûr et que c'est le plus répandu ^^)))
Solution Guest Jeffrey Posted September 17, 2013 Solution Posted September 17, 2013 Pour être un peu plus précis, d'après un schéma du métabolisme des bases pyrimidiques que j'ai trouvé hors cours, la voie complète suivie serait : "UTP >> CTP >> CDP >> dCDP >> dCMP >> dUMP >> dTMP", ce que le cours résume finalement par "UTP >> dTMP". Donc en gros le plus simple est de s'en tenir à la diapo du cours. Mais tu peux déjà retenir que l'hydrolyse de liaisons anhydrides phosphoriques peut être nécessaire car elle permet de libérer beaucoup d'énergie et que cette énergie libérée va pouvoir être utilisée par les différentes enzymes qui interviennent pour catalyser les réactions (rappel : l'ATP, hydrolysé en ADP, est le donneur d'énergie universel). C"'est plus clair ?
AshleyRockwell Posted September 17, 2013 Author Posted September 17, 2013 Oui, pour faire simple, c'est l'idée (((oui, c'est peut être du méthyl-THF le coenzyme, à vrai dire j'ai mis "certainement" parce que j'étais pas sûr et que c'est le plus répandu ^^))) Pour être un peu plus précis, d'après un schéma du métabolisme des bases pyrimidiques que j'ai trouvé hors cours, la voie complète suivie serait : "UTP >> CTP >> CDP >> dCDP >> dCMP >> dUMP >> dTMP", ce que le cours résume finalement par "UTP >> dTMP". Donc en gros le plus simple est de s'en tenir à la diapo du cours. Tu peux cependant retenir que l'hydrolyse de liaisons anhydrides phosphoriques permet de libérer beaucoup d'énergie et que cette énergie libérée peut être utilisée par les différentes enzymes qui interviennent pour catalyser les réactions (d'ailleurs l'ATP thanks guys
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