Poly d'entrainement - Partie 3

[Kinase]

Bonsoir,

 

Je ne comprends pas les questions sur le choix des amorces en PCR en particulier dans le QCM 6 du poly d'entrainement.

 

Si quelqu'un peut m'aider

[Sahra]

Salut Baptiste! 

 

Alors pour le choix des amorces en PCR, si tu as bien compris le principe de cette technique (diapo 132, si ce n'est pas le cas fais signe), tu sais qu'il va falloir amplifier ton double brin d'ADN sur une portion qui t'intéresse, ici l'exon II.

 

Alors, il va falloir prendre une amorce complémentaire au brin sens et une amorce complémentaire au brin non-sens, sans oublier que ta polymérisation va se faire de 5' --> 3'.

Donc, il faut que ton amorce s'hybride à la portion la plus en 3' de ta séquence d'intérêt afin qu'à partir de l'amorce, l'ADNpol puisse séquencer de 5' --> 3'. 

 

SI on fait un exemple avec ce joli qcm 6 :

 

Tu regardes ta séquence (brin sens), tu trouves ton exon II (là où tu observes une traduction en AA possible) et tu notes la portion la plus en 3' :

5' ...AACTGGACAA 3'   
Ici tu ne notes que 10 bases puisque on te propose des amorces de 10 bases

C'est à cette séquence que tu veux hybrider une amorce donc tu prends le complémentaire:

3'... TTGACCTGTT 5'

 

En l'écrivant de 5' en 3', tu as ta première amorce:  TTGTCCAGTT 

 

Pour le brin complémentaire (tu peux l'écrire si tu as besoin sinon de visu c'est faisable), comme tout à l'heure il faut que ton amorce s'hybride à la portion 3' de ce brin. Finalement la portion 3' du brin non-sens n'est qu'autre que la séquence complémentaire du brin sens (à sa portion 5'). Donc il te faut hybrider ton amorce avec :

5' GCGGCGGCCA 3' (brin complémentaire)

Si tu fais le complémentaire:     

3'  CGCCGCCGGT 5' 

 

En l'orientant, tu as ta deuxième amorce: TGGCCGCCGC 

 

Je t'ai encadré les séquences prises sur l'exon donné, je ne sais pas si c'est visible: 

 

Finalement, tu remarques qu'une de tes amorces est une séquence en 5' de ton brin sens (celle qui s'hybridera sur ton brin complémentaire et amplifiera le brin sens), et l'autre amorce est la séquence complémentaire en 3' de ton brin sens (celle qui s'hybridera au brin sens, et amplifiera le brin non-sens du coup). 

Ça te permet de voir beaucoup plus rapidement quelles amorces prendre pour le coup 

 

J'espère que c'est plus clair dans ton esprit, hésite pas si ce n'est pas le cas! 

[Kinase]

Ca y est, j'ai compris ! En fait j'avais un pb d'orientation des brins merci beaucoup !

[Sahra]

Parfait! Bon courage pour tes révisions