La_Reine_Rouge Posted November 1, 2017 Posted November 1, 2017 Bonsoir, D'après le cours de Mr Perret, les AA qui migrent vers l'anode ont leur pHi < pH du milieu, ils sont chargés -. (Et inversement pour la cathode). Prenons par exemple un pH 7, est-ce que des AA qui ont leur pHi à 6 (ex : gly, ala, val...) vont migrer ? Du moins, dans les qcm considère-t-on qu'ils migrent ? Car Mr Perret demande souvent '' à pH 7, 4 de ces AA migrent vers l'anode '' par exemple... mais je ne sais pas si une différence de 1 est suffisante pour parler de migration... Dernière question : comment raisonnez vous quand on vous demande si à pH = x, le peptide est chargé + ou - ? Merci !!
HadjDh Posted November 1, 2017 Posted November 1, 2017 Salut Oui ils seront pas les plus proche de l'Anode mais cependant ils se rapprochent ,donc on peut considérer qu'ils migrent vers l'Anode En général le prof te demande à pH 7 (sous forme zwiterion) , tu n'as qu'à te dessiner la molécule et voir les charges les + s'annulent avec les - et ce qu'il reste donne sa charge.
SBW Posted November 1, 2017 Posted November 1, 2017 Salut chopin ! pour le pHi des peptides il faut utiliser la méthode générale pour les Acides aminés, décrites très bien ici http://tutoweb.org/forum/topic/539-calcul-phi/ tu prends donc en compte les pK des aminés et carboxy terminale et ceux des chaines (si elles sont ionisantes) du milieu ! tu mets ensuite les charges + et - (dépendant les acides aminés présents) pour chaque intervalle de ta demi droite sur cette ligne que tu as tracé (voir lien précédemment) tu peux voir le nombre de charges à n'importe quel pH, et quand elles s'annulent tu as le pHi du peptide Voila Après même pour une différence de 1 comme l'a dt Hadj ça migre
La_Reine_Rouge Posted November 1, 2017 Author Posted November 1, 2017 Salut Oui ils seront pas les plus proche de l'Anode mais cependant ils se rapprochent ,donc on peut considérer qu'ils migrent vers l'Anode En général le prof te demande à pH 7 (sous forme zwiterion) , tu n'as qu'à te dessiner la molécule et voir les charges les + s'annulent avec les - et ce qu'il reste donne sa charge. Salut chopin ! pour le pHi des peptides il faut utiliser la méthode générale pour les Acides aminés, décrites très bien ici http://tutoweb.org/forum/topic/539-calcul-phi/ tu prends donc en compte les pK des aminés et carboxy terminale et ceux des chaines (si elles sont ionisantes) du milieu ! tu mets ensuite les charges + et - (dépendant les acides aminés présents) pour chaque intervalle de ta demi droite sur cette ligne que tu as tracé (voir lien précédemment) tu peux voir le nombre de charges à n'importe quel pH, et quand elles s'annulent tu as le pHi du peptide Voila Après même pour une différence de 1 comme l'a dt Hadj ça migre Merci pour vos réponses.MSWKQCHAT chargé positivement à pH 7 est compté Vrai. Pourtant, MSWQCAT ont leur pHi < 7, ils sont donc chargés - n'est ce pas ? Et ainsi il y a beaucoup + d' AA chargés - que chargés +, qu'est ce que je ne comprends pas ?!
alexcapor Posted November 14, 2017 Posted November 14, 2017 Pour le peptide NH2 terminal- MSWKQCHAT- COOH terminal, tu as les AA basiques H (pHi 7,8 ) et K (pHi vers 9). Tous les autres AA sont neutres ! Pour calculer le pHi du peptide, tu prend en compte les groupements alpha aminés et alpha carboxylique et les groupements ionisables. Dans ce cas là, on remarque une majorité d'acides aminés basiques ce qui nous permet de dire que le pH milieu < pHi de la molécule donc chargé positivement
La_Reine_Rouge Posted November 14, 2017 Author Posted November 14, 2017 Pour le peptide NH2 terminal- MSWKQCHAT- COOH terminal, tu as les AA basiques H (pHi 7,8 ) et K (pHi vers 9). Tous les autres AA sont neutres ! Pour calculer le pHi du peptide, tu prend en compte les groupements alpha aminés et alpha carboxylique et les groupements ionisables. Dans ce cas là, on remarque une majorité d'acides aminés basiques ce qui nous permet de dire que le pH milieu < pHi de la molécule donc chargé positivement Bonjour, merci pour ta réponse. Je suis d'accord avec ta réponse, cependant je n'ai pas appliqué ce raisonnement car pour moi il y a contradiction. Si tous les AA sont neutres à pH 7 (sauf H et K), ils ne devraient pas migrer en électrophorese non ? Par exemple, W a un pHi < 7 (environ 5.6), donc ils migreraient vers l'anode, or les AA sont le pHi est < au pH milieu migrent vers l'anode car ils sont chargés -. Et c'est le raisonnement que j'ai appliqué ici, puisque mis à part K et H, tous les AA ici ont leur pHi < pH du milieu... (Il y aurait donc 7 AA chargés - et 2 AA chargés +) Où est mon erreur ? Merci encore!
Solution alexcapor Posted November 14, 2017 Solution Posted November 14, 2017 Il faut considérer ton peptide dans la globalité et non pas chaque acide aminé séparément. Normalement pour calculer un pHi tu t'intéresse au pKa des groupement ionisables : alpha carboxylique, alpha aminé, guanidium ... Or dans ce peptide, tous les AA neutres ont leur groupements alpha carboxylique et alpha aminé qui participent à la liaison peptidique ! Donc ils pourront pas s'ioniser donc tu les comptes pas pour ton pHi. Puis moi je faisais une échelle de pH où je rajoute les valeurs de pKa ! A pH très bas, tous les H+ restent liés à la molécule, et à chaque fois qu'on dépasse un pKa, la molécule perd un H. Tu trouve la forme zwitterion (charges = 0) et tu prend les pKa entourant la forme zwitterion pour calculer le pHi : (9,4 + 10,5) / 2 = 10 Donc le pHi du peptide est bien supérieur au pH 7 du milieu PS: je sais pas exactement le pKa de l'immidazole mais c'est pas très important ici
La_Reine_Rouge Posted November 14, 2017 Author Posted November 14, 2017 Il faut considérer ton peptide dans la globalité et non pas chaque acide aminé séparément. Normalement pour calculer un pHi tu t'intéresse au pKa des groupement ionisables : alpha carboxylique, alpha aminé, guanidium ... Or dans ce peptide, tous les AA neutres ont leur groupements alpha carboxylique et alpha aminé qui participent à la liaison peptidique ! Donc ils pourront pas s'ioniser donc tu les comptes pas pour ton pHi. Puis moi je faisais une échelle de pH où je rajoute les valeurs de pKa ! A pH très bas, tous les H+ restent liés à la molécule, et à chaque fois qu'on dépasse un pKa, la molécule perd un H. Tu trouve la forme zwitterion (charges = 0) et tu prend les pKa entourant la forme zwitterion pour calculer le pHi : (9,4 + 10,5) / 2 = 10 Donc le pHi du peptide est bien supérieur au pH 7 du milieu PS: je sais pas exactement le pKa de l'immidazole mais c'est pas très important ici C'est noté je n'avais pas fait attention à ce détail. Merci beaucoup et bonne journée à toi !
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