pHi d'un peptide

[adelinel]

Bonjour,

 

Je n'arrive pas à calculer le pHi des peptides... dont celui-ci:

 

 

L S F D W R A M I V

 

 

en rappel nous avons:

 

alpha aminé 9.3

guanidinium 12.5

alpha carboxylique 2.1

beta carboxylique 3.9

 

 

Merci à vous !

[Guest Jeffrey]

Bonsoir,

 

Je te conseille de regarder le post "Calcul pHi" (http://www.tutoweb.org/forum/topic/539-calcul-phi), en fait c'est la même méthode qu'il faut appliquer.. Le but est de trouver les 2 pK qui encadrent la forme zwitterionique de ton peptide, à partir de là il suffit de faire la moyenne.

Je te propose d'essayer et de voir quelle valeur tu obtiens avant de l'appliquer directement à cet exemple si ça te pose encore problème.

 

Bon courage

[adelinel]

D'accord merci je viens de comprendre comment calculer le pHi d'un AA, car j'avais du mal aussi.

 

Mais bon je ne sais toujours pas comment procéder avec plusieurs AA

 

Est ce que je dois faire la même droite mais avec toutes les fonctions ionisables de tous les AA ? mais après je n'arriverai quand même pas à placer les charges en fait... 

 

Désolée :/ merci

[Guest Jeffrey]

Re !

 

Oui c'est bien ça, exactement la même méthode a quelques différences près : tu tiens uniquement compte de la fonction alpha-aminé libre de l'AA N-Ter (celles des autres AA étant engagées dans les liaisons peptidiques), de la fonction alpha-carboxylique de l'AA C-Ter (pour la même raison), et ensuite de tous les groupements particuliers des AA du peptide (par ex beta-carboxylique ou epsilon-aminé selon ce que tu as dans ton peptide).. Tu trouves les 2 pK qui encadrent la forme zwitterionique du peptide et tu calcules la moyenne..

Est ce ça t'eclaire un peu ?

[adelinel]

Oui merci ! Mais en fait une fois que j'ai fait ça j'arrive pas à placer les charges. 

 

je comprend pas aussi pourquoi quand on a l'alpha COOH la charge est + , et du coup je n'arrive pas à trouver les 2 pK à prendre en compte pour calculer le pHi

 

Merci