Concours 2015 QCM 4 et 16

[Caeruleum]

Bonjour !!

J'ai un problème avec 2 QCM du concours de recherche de Rangueil 2015 (désolé, je n'arrive plus a mettre d'image avec mes messages ) :

 

QCM 4 item D : "L'AC1 reconnait un épitope séquentiel de la pré-P absent sur la P-mat" est compté vrai mais je ne comprend pas parce que sur l'immunotransfert (donc l'épitope est séquentiel et pas conformationnel) et l'immunoprécipité, la protéine est bien reconnu avec l'action de la furine en une protéine de 40kDa qui correspond à une des deux parties qui sont produites lors du clivage de Pré-P.

 

QCM 16 item B : "le plasmide préalablement digéré par SfcI et PstI ne pourra pas se  refermer sur lui-même (sans insert) après l'action d'une ligase" qui est compté faux mais je ne comprend pas pourquoi, avec:

                     - PsltI : 5'...C/TGCA/G...3'

                     - SfcI : 5'...C/TGCA/G...3'

 

Merci d'avance !!

[MSagno]

Bonsoir!!

 

Alors pour répondre à tes questions:

 

- Le QCM 4D est bien vrai : en effet, sur ton IT et ton IP l'AC1 reconnaît un épitope séquentiel présent sur le précurseur pré-P de 200 kDa et un épitope séquentiel présent sur une protéine de 40 kDa qui ne correspond pas à la P-mat, mais à une séquence d'acides aminés du précurseur qui est clivé pour donner une protéine P-mat active de 160 kDa. Il est donc bien absent de la P-mat.

 

- Pour le QCM 16B, voici comment on pourrait voir les choses : tu as dans le polylinker de ton plasmide le site de restriction de SfcI qui vient avant celui de PstI on peut donc écrire ainsi:

 

5' ...C/TGCAG...........................CTGCA/G... 3'

3' ...GACGT/C...........................G/ACGTC ...3'

 

Comme tu dois pouvoir insérer ton cDNA dans le plasmide, tu dois retirer tout ce qui se trouve en dedans des zones de restriction. Ainsi, il te reste:

 

5' ... C...................................G ... 3'

3' ... GACGT.....................ACGTC ... 3'

 

Dans ces conditions, comme les coupures ne correspondent pas, ton plasmide ne peut pas se refermer, même après action d'une ligase. L'item est donc vrai.

 

J'espère t'avoir aidé

 

Bon courage

[Caeruleum]

Pour le QCM 16 j'ai compris merci beaucoup !!  Par contre je suis désolée mais je ne comprend toujours pas le QCM 4... Pourquoi ça ne pourrait pas être le même épitope qui est retrouvé sur la forme mature et précurseur ?

[MSagno]

Bonsoir!

 

Alors pour le QCM 4, je pense que cet épitope est perdu après le clivage de ton précurseur pour donner la protéine mature. Du coup il est logique de ne pas le retrouver dans la protéine mature et seulement dans le précurseur. Cela correspond probablement à une séquence bien précise d'acides aminés nécessaires à la synthèse du précurseur qui doit être clivée pour la maturation de la protéine.

 

J'espère que c'est plus clair comme ça ^^

 

Bon courage

[Caeruleum]

Je suis vraiment désolée mais je ne comprend toujours pas comment on sait que c'est un épitope différent... Rien ne nous le dit dans l'énoncé si ?

[MSagno]

Ce n'est pas à proprement parler un épitope différent. La seule chose qui change c'est qu'il est enlevé pour permettre la maturation de la protéine. Il sera toujours reconnu par ton anticorps, mis comme il n'est plus présent sur la protéine mature, ta protéine mature ne sera pas reconnue (en conditions dénaturantes) par ton anticorps.

[Caeruleum]

Je sais pas comment expliquer... J'ai fait un schéma mais j'arrive plus a mettre de photos avec un message alors je vais essayer de le réexpliquer :

J'ai compris ce que tu voulais dire avec l'épitope qui change de conformation ou qui est clivé lors de la maturation et qui n'est donc plus reconnu par l'AC1 sur la protéine mature. Le truc c'est que ça ne correspond pas aux immunotransferts de l'énoncé puisque l'AC1 reconnait la protéine mature et la non mature mais dans l'item on nous demande si c'est un épitope différent. Est ce que tu veux dire que la proteine de 160kDa correspond à la proteine mature et la forme de 40 correspond juste à une résidu qui n'est pas mature ? Mais si c'est ça, ou est ce qu'on nous dit que la forme 160 correspond à la proteine mature et pas la forme 40 ?

Si c'est pas ce que tu voulais dire alors je ne comprend pas pourquoi on aurait pas une protéine pas mature qui possède l'épitope reconnu par l'AC1 et quand on coupe, cet épitope est toujours intact après la maturation. Je ne comprend pas dans quel partie de l'énoncé on nous indique que l'anticorps 1 ne reconnait plus le même épitope puisque sur l'immunotransfert (que ce soit en conditions dénaturantes ou pas), l'AC1 reconnait la protéine de 200kDa avant l'action de la furine (protéine non mature) et une protéine de 40 kDa après l'action de la furine (protéine mature). Qu'est ce qui nous précise que c'est un épitope différent qu'elle reconnait ? Pourquoi ce ne serait pas le même qui est sur la protéine mature ?

J'ai l'impression que c'est encore moins clair...

[MSagno]

Ce que je veux dire, c'est que la forme de 40 kDa correspond en effet à un résidu de clivage et que la protéine mature est la forme de 160 kDa (on te précise dans l'item C du QCM 4 que la forme de 40 kDa correspond à un fragment peptidique).

 

Du coup l'épitope reconnu par AC 1 est porté par ce fragment peptidique et absent de la protéine mature, qui ne sera donc pas reconnue. 

[Caeruleum]

Ok j'ai compris ! Merci beaucoup pour ta patience avec moi aujourd'hui !!