Erratas colle 20.03.2017 (Recherche)

[youboss]

Vous pouvez indiquer ici les éventuels erratas concernant la Recherche de la colle du 20/03

[TiBiscuit]

Salut ! Merci pour cette colle pleine de blagues !

 

Dans le QCM 25, dans les séquences, on voit que la séquence de TaqI (T/CGA) est comprise dans celle de AccI (GT/CGAC), du coup, faire agir TaqI sur le cDNA couperait au niveau du site de AccI également, c'est à dire avant le codon STOP, ce qui rendrait l'item D faux.

Je sais que c'est subtil et je comprendrai que ça ne soit pas compté mais ce piège était présent (genre vraiment exactement le même) dans le TD. On peut avoir 1000 paces une fois mais pas un paces 1000 fois

[TiBiscuit]

Ensuite (oui mon message s'est coupé en plein milieu wtf), dans le QCM 29 item D j'ai du mal à comprendre comment le transfert de gènes dans les cellules ES peut permettre de s'affranchir de l'insertion aléatoire. Il me semblait que l'insertion aléatoire restait quand même majoritaire mais que c'était la méthode de double sélection qui permettait de sélectionner uniquement les cellules ayant subit une recombinaison homologue

 

Voilà voilà, c'est tout pour moi

[MrPouple]

Je suis d'accord avec toi et j'ajouterais que l'énoncé précisait fonctionnel, je pense donc qu'une insertion dans les deux sens n'est pas judicieuse....

 

Pour les cellules ES, tu utilise la technique de mutagenèse ciblée (dirigée) systématiquement je pense, et c'était l'objet de l'item, qui permet de tuer les cellules n'ayant pas integré le plasmide recombinant

[EmLgr]

Salut salut, merci pour la colle !

 

Alors le QCM 26 E

On dit qu'il ne peut pas s'insérer dans les 2 sens or il peut c'est donc vrai non ?

Dans le QCM 28 C

Personnellement je l'ai mis fausse parce que le crossing-over n'est pas rare !

 

Après Le QCM 22 C il me semble que c'est criblage avant clonage !

 

 

Garate pour la 25 D un site de restriction est inséré dans le génome et est donc coupable que l'a ou c'est indiqué !

 

Voilà !

[MrPouple]

Désolé je reposte mais j'ai d'autres remarques (vous n'en aurez jamais fini avec moi je pense )

 

Oui d'accord pour le 26E et le 28C, j'ai mis faux pour les mêmes raisons ! 

 

25D, je suis d'accord avec garate mais c'est plus le problème de l'insertion dans les deux sens qui m'embête.

 

Enfin, ptite question du coup : une coupure en bout franc peut-elle se lier avec des coupures en baïonnettes ou seulement avec des bouts francs aussi ? 

[TiBiscuit]

Em : C'est justement ce qui m'embête, si tu as une séquence GT/CGAC dans ton génome, tu vois bien que tu trouves forcément une séquence T/CGA également (qui se trouve au milieu). Donc si tu as un site AccI tu trouves automatiquement un site TaqI, qu'il soit indiqué ou non.

 

Mr Poulpe : Pour les cellules ES c'est ce qui m'a fait douter. Mais si tu prends l'énoncé au pied de la lettre, le fait de faire la recombinaison sur des cellules ES n'empêche en rien l'insertion aléatoire, sinon tu n'aurais pas besoin de t'en débarrasser par la suite via la sélection négative.

 

Et poir l'insertion dans les 2 sens, elle n'est pas possible Et même la correction se contredit dessus (peut être se sont ils entourloupés eux-mêmes avec le petit "ne" très fourbe dans l'énoncé du 26E)

[MrPouple]

Garate pourquoi l'insertion dans les deux sens est impossible ?

 

T'as un avis sur ma question des bouts francs parce que ça change des trucs ? : p

[TiBiscuit]

Les bouts francs peuvent s'insérer uniquement avec d'autres bouts francs sinon ça marche pas (essaye de l'écrire tu vas vite voir le bug dans la matrice)

 

Pour l'insertion dans les 2 sens ça devient impossible à cause du site de restriction de TaqI car la seule possibilité que je vois est celle de l'item D qui est rendue impossible par ce site en amont du codon STOP (à moins que j'en ai oublié une of course)

 

Ah oui et le crossing-over EST un phénomène très rare. Tu peux dire que c'est fréquent et que t'en as 1 par chromosome à chaque méiose mais 2 points de contact sur les dizaines de millions de paires de bases qui composent ton petit chromosome ça reste un phénomène rare.

En plus ici on te parle plutôt du fait que même en mutagenèse dirigée l'insertion aléatoire reste ultra majoritaire (genre 99.9%) par rapport à la recombinaison homologue.

[Noune]

Saluuut !!

Merciiii beaucoup pour la colle !

 

Petite question culture pour le 28D à propos des animaux transgéniques "c'est un animal ayant de l'ADN exogène dans toutes ses cellules" FAUX : "+ et le transmettant à sa descendance"

C'est un peu idiot comme question surtout que je pense que c'est de la définition bête et méchante mais si l'animal a intégré l'ADN exogène dans toutes ses cellules, il y en a forcément dans les gamètes donc c'est forcément transmis à la descendance non ? (c'est juste pour savoir ! )

 

Et pour le QCM 29D "Le transfert de gène via les cellules ES permet de s'affranchir des problèmes d'insertion aléatoire" VRAI

Je suis d'accord dans l'idée mais après si on a quand même vu que 99,99% des transferts de gène dans les cellules ES se faisaient par insertion aléatoire et qu'il allait falloir sélectionner les 0,01% restants...?

 

Merciiiiii beaucoup !!

(vous n'êtes pas obligés de répondre à mes questions nulles mais si quelqu'un cherche de quoi s'occuper je veux bien des précisions !! ^^)

[MrPouple]

Ouais c'est bien ce que je pensais pour les bouts francs ) Merci de ton avis

 

Je parlais outre ton problème d'enzyme, dans le cas où cela ne serait pas accepté comme errata , le fait d'une insertion double rend l'item faux également

 

Je me souviens de Salvayre qui avait dit : attention le crossing over n'est pas rare. En effet la recombinaison homologue l'est mais pas le crossing over mais bon tout est relatif ...

[Noune]

Désolé garate je viens de voir que je te répétais... :/ et j'avoue que moi aussi c'est par encore hyper clair dans ma tête cette histoire de bouts francs...

[MrPouple]

Ah oui et quand on parle de transfert de gènes dans des cellules ES on fait référence à tous le processus experimental, donc aux sélections qui s'en suivent et qui permettent donc d'éviter les insertions aléatoires : )

[Noune]

Ah oui et quand on parle de transfert de gènes dans des cellules ES on fait référence à tous le processus experimental, donc aux sélections qui s'en suivent et qui permettent donc d'éviter les insertions aléatoires : )

D'acc d'acc c'est que je me suis dit après coup mais j'étais pas sure ! Merciii

[TiBiscuit]

Pour les bouts francs j'aurais tendance à dire (mais il vaut mieux attendre l'avis de quelqu'un de compétent) qu'ils peuvent coller avec n'importe quels autres bouts francs puisque il n'y a aucune complémentarité de base à avoir (seulement le nombre de bases non-appariées)

[Noune]

Pour les bouts francs j'aurais tendance à dire (mais il vaut mieux attendre l'avis de quelqu'un de compétent) qu'ils peuvent coller avec n'importe quels autres bouts francs puisque il n'y a aucune complémentarité de base à avoir (seulement le nombre de bases non-appariées)

 

Y a aussi une histoire de ligase normalement... celle d'E.Coli ne recolle que les bouts cohésifs et celle de T4 fait bouts cohésifs et bouts francs... mais bon de toute façon on sera bien plus au clair avec l'avis de l'un de nos chers tuteurs

[EmLgr]

Em : C'est justement ce qui m'embête, si tu as une séquence GT/CGAC dans ton génome, tu vois bien que tu trouves forcément une séquence T/CGA également (qui se trouve au milieu). Donc si tu as un site AccI tu trouves automatiquement un site TaqI, qu'il soit indiqué ou non.

 

Mr Poulpe : Pour les cellules ES c'est ce qui m'a fait douter. Mais si tu prends l'énoncé au pied de la lettre, le fait de faire la recombinaison sur des cellules ES n'empêche en rien l'insertion aléatoire, sinon tu n'aurais pas besoin de t'en débarrasser par la suite via la sélection négative.

 

Et poir l'insertion dans les 2 sens, elle n'est pas possible Et même la correction se contredit dessus (peut être se sont ils entourloupés eux-mêmes avec le petit "ne" très fourbe dans l'énoncé du 26E)

Oui en effet normalement pour ce cas la c'est particulier, je pense que c'est une erreur tu ne pourras pas avoir normalement la séquence de AccI et TaqI Puisque la séquence d'une enzyme de restriction est censé être présente en une seule fois dans le génome tu pourras avoir l'une sur le cDNA et l'autre sur le vecteur mais pas sur le même, et puis il ne me semble pas que Levade fasse des pièges dans ce style ! A voir confirmation mais normalement c'est ça! 

 

Apres pour ce qui est des bout franc, il suffit d'avoir pour les 2 une enzyme qui coupe en bout franc !

Pour ce qui est de la phosphatase, elle va te servir notamment si tu coupe ton vecteur avec une seule enzyme ou si les 2 extrémités de ton vecteur se correspondent.