Plasmide

[letartare06]

Salut je ne comprends pas la correction de ACE sachant que les bonnes réponses sont C et D. c'est l'annales de l'année dernière

https://ibb.co/HpHkMRkV

Merciii

[aga_prch]

Salut, 

A -> On veut sélectionné le plasmide d'intérêt soit le plasmide recombinant qui le plasmide A au quel on a ajouté le gène YFP sauf que l'ADNc codant la résistance ce trouve dans le plasmide B. Donc on ne peut pas sélectionné le plasmide d'intérêt comme il ne porte pas l'ADNc.

 

C -> On trouve HindIII de part et d'autre de l'ADNc YFP dans le plasmide donneur donc on peut isoler le gène. On le trouve également en aval du promoteur donc on peut couper le plasmide A pour insérer l'ADNc et il est seulement derrière le promoteur donc par de risque de découper le plasmide en plusieurs morceaux. Dans ces conditions on peut effectuer le clonage.

 

E-> C'est pareil que le A l'ADNc de la puromycine ne se retrouve pas dans la plasmide finale car on ne prend que l'ADNc de YFP.

[Hélie]

Salut !

Prenons les items ACE un par un :

 

Item A : l’item est bien faux car implicitement, le plasmide dont il est question et qui nous intéresse à la fin c’est le plasmide recombinant et non pas le plasmide donneur. Ici, le plasmide recombinant c’est le A sur l’image de gauche. Le gène de résistance à la kanamycine est sur le plasmide donneur. Ce n’est pas celui ci qu’on veut sélectionner. On pourrait utiliser plutôt l’ampicilline qui est bien derrière un promoteur procaryote et sur le plasmide recombinant.

 

Item C : Lorsqu’on te parle de « clonage souhaité » , il n’y a aucune précision si on le veut orienté ou non orienté. Un site HindIII se situe bien sur le plasmide A derrière le promoteur cardiospécifique et il est bien aux 2 extrémités de l’ADNc qu’on veut extraire. Le clonage peut donc se réaliser. Pas besoin d’aller chercher plus loin …

 

Item E : Même chose que pour l’item A, on veut encore sélectionner les plasmides recombinants mais cette fois ci dans des cellules eucaryotes. Donc on regarde toujours sur le même plasmide, mais cette fois ci pas l’ampicilline qui est derrière un promoteur procaryote mais l’hygromycine derrière un promoteur eucaryote. L’item est bien faux car encore une fois il fait référence au plasmide donneur ! Ce qui ne nous intéresse pas.

 

Petite précision pour les items A et E : Même si c’est implicite vous devez comprendre que ce que l’on cherche à sélectionner c’est le plasmide recombinant, produit final, car on souhaite vérifier la qualité de ce qu’on obtient avant de transfecter en quelque sorte. Et attention aussi à l’énoncé car contrairement à la plupart des exercices le recombinant est à gauche et le donneur à droite. Pour finir, ce qui peut être perturbant aussi, c’est qu’au début on veut tester sur des bactéries et ensuite sur des cellules eucaryotes. C’est tout à fait possible on peut vous poser la question sur les deux cas et ce pour le même plasmide recombinant et pas donneur.

 

J’espère que c’est plus clair ! Bon courage !

[letartare06]

Merciiii bcp à vous c'est plus clair. ça c'est un autre QCM mais avec le même énoncé https://ibb.co/Zzz2dq5J les bonnes réponses sont ABD mais je comprends pas pq

Edited March 17 by letartare06

[Nentiqu]

il y a une heure, letartare06 a dit :

Merciiii bcp à vous c'est plus clair. ça c'est un autre QCM mais avec le même énoncé https://ibb.co/Zzz2dq5J les bonnes réponses sont ABD mais je comprends pas pq

Coucou, quels items / quelle correction te pose problème ?

[letartare06]

c'est tout les QCM que je ne comprends pas la correction c'est celle ci

https://ibb.co/9mDH4QTj

https://ibb.co/SDDzpBL1

[Nentiqu]

Okayy, on digère (coupe) nos deux plasmides par BamH1 (rouge) et Xho1 (violet):

C'est un clonage orienté qui nous donne le plasmide final "pcardioyfp" suivant: 

Item A: Vrai, en effet comme on peut le voir chacun des deux plasmides (pcardio et pcardioYFP) possèdent BamH1 sur un seul site, donc la coupure va ouvrir le plasmide, mais sont de taille différente, ainsi en digérant par BamH1 et suite à une électrophorèse, pcardio donnerait une bande de 4700pb et pcardioYFP une bande de 6020pb.

Item B: Vrai, en digérant  pcardio par Xho1 et EcoRV on obtient une bande unique de 4700 pb, car seul le site Xho1 est présent dessus. En revanche, le plasmide pcardioYFP possède aussi un site de restriction EcoRV dans la séquence d'ADNc codant pour la YFP (voir schéma ci-dessus) et donne donc deux fragments, l'un de 570 pb (issu de l'écart entre les sites Xho1 à 2120 et EcoRV à 1550) et l'autre de 5450 pb (soit 6020 - 570).

Item C: Faux, Not1 n'est ni présent sur le plasmide pcardio ni sur pcardioYFP donc l'utilisation de Not1 ne permet pas de différencier ces deux plasmides.

Item D: Vrai, effectivement en digérant par BamH1 et Xba1 nos deux plasmides, on obtient bien notre plasmide final avec des amorces dans le bon sens (je te les ai dessiné en vert), on peut donc faire une PCR avec et obtenir des fragments de taille différente (un fragment plus petit si c'est le plasmide pcardio et un fragment environ deux fois plus grand si c'est pcardioYFP).

E. Faux, la cytométrie de flux c'est une méthode d'analyse permettant de d'observer certaines caractéristiques des cellules, ça n'a rien à voir avec une méthode de transfection.

Voilà, bon courage pour les révisions

[letartare06]

Salut mercii bcp juste je comprends pas pour la A et la B comment tu obtiens le PB et tout et comment tu obtiens le grop plasmide. Dsl j'ai vraiment du mal avec les plasmide 

[mate_ces_teh]

Coucou, la taille des plasmides est donnée (écrite au centre en dessous du nom). C'est comme ça qu'on sait que pcardio fait 4700pb.
Je suis pas sur de comprendre la deuxième question par contre

[letartare06]

Oui, mais je ne comprends pas comment on trouve 6020. Et la deuxième question dsl j'ai mal écrit, je ne comprends pas comment du A et B on passe au gros plasmide de 6020. J'ai un peu du mal avec la compréhension de la correction l'item A et B.

Merciii

Edited March 18 by letartare06

[mate_ces_teh]

Alors en vérifiant y'a une petite erreur dans la correction sur la taille du gros plasmide, mais normalement ça doit pas trop impacter les réponses.

Pour obtenir pcardioYFP, il faut ajouter le gène de la YFP dans pcardio.

C'est donc ce qu'on fait : 

On part de pcardio (4700pb) et remplace le fragment entre BamH1 et Xba1 de pcardio (30pb) par le gène de la YFP qui est entre BamH1 et Xba1 sur pYFP (1320pb). Ça donne donc 4700-30+1320 = 5990pb (et pas 6020pb)

Pour l'item A j'essaie de reformuler : 
La digestion avec BamH1 permet bien de les différencier, parce qu'ils ont des tailles différentes. Quand on coupe un plasmide à un seul endroit, on obtient un fragment de la taille du plasmide, juste il est linéaire au lieu d'être circulaire. Si on coupe pcardio et pcardioYFP on va avoir un fragment pour chaque qui sont de taille différente : 4700pb et 5990pb.

Pour l'item B :
Il n'y a pas de site EcoR1 sur pcardio, à la différence de pcardioYFP. Si on digère les deux avec Xho1 et EcoR1, pcardio va être coupé 1 fois (sur son site Xho1) et pcardioYFP va être coupé deux fois (sur son site Xho1 et sur son site EcoR1. Donc on aura pas le même nombre de fragments et on pourra différencier les deux.

[letartare06]

Ok d'accord merciii bcp je comprends. Merciii