Génome td langin

[Enroutesimone]

Bonjour !! Je ne comprends pas l’item A du qcm 6 du TD de MR Langin…est-il possible d’avoir un peu plus d’explications svp ? 

(Désole je n’arrive pas a joindre la photo, si quelqu’un peut le faire svp) 

bonne soirée à tous en tout cas, et bon courage pour le debut des revisions ! Il faut rien lâché 

[Lune_]

Salut est-ce que tu parles de ce QCM (c'est le TD3) ? Ou alors tu parles du TD 2?

Edited November 27 by Lune_

[Enroutesimone]

Oui celui-ci 

est-il possible de reprendre tous les temps finalement stp , je ne comprends pas cette forme d’exercice 

[Lune_]

Oui pas de soucis!

Alors, le but de la PCR de ce QCM c'est de détecter une mutation chez les patients. Pour cela on utilise différentes amorces:

• A et A' servent à savoir si la PCR a fonctionnée.
• B et N servent à amplifier l'allèle avec la séquence normale.
• B et M servent à détecter l'allèle muté, car l'amorce reconnaît la séquence mutée.

La PCR ne fonctionne que si les amorces ont été hybridées à la séquence et donc que si la séquence recherchée est présente. Donc quand tu regardes les résultats après migration, si tu as une bande cela veut dire qu'on a eu une hybridation et donc que la séquence de l'allèle correspondant est présente:

• Si tu as juste une bande dans la colonne N pour 350pb, cela veut dire que seules les amorces BN se sont hybridées, tu as la séquence normale, mais pas la mutée. 
• Si tu as juste une bande dans la colonne M, cela veut dire que seules les amorces BM se sont hybridées, tu as la séquence mutée, mais pas la normale. Ainsi le patient 2 est sûrement homozygote pour ce gène.
• Si tu as une bande dans la colonne M et dans la N, alors les deux amorces se sont hybridées. Ainsi le patient 1 est hétérozygote.

Du coup on a:

A est vraie puisqu'il n'y pas la séquence muté, donc pas d'hybridation des amorces et pas de PCR.

B est vrai c'est c'est le même principe que l'actine en biocell.

C est donc vrai comme expliqué plus haut.

D est fausse, on observe bien des bandes à 500pb correspondant à la séquence amplifiée par les amorces AA'

E est fausse tu as une bande en M, mais ça veut pas dire que l'amorce s'est hybridée sur les deux brins de l'ADN, simplement qu'il n'y a pas l'allèle normale sur le deuxième brin.

 

Voilàà dis moi si tu as bien compris et n'hésité pas si t'as d'autre questions !

 

[Penicilline]

Cc ! 

 

Pour ce genre de QCM. 

D’abord, identifie la technique utilisée.

- Si c’est une PCR, le matériel de départ est l’ADN génomique : les produits amplifiés contiennent alors les exons et les introns, ce qui donne des fragments longs.

- Si c’est une RT-PCR, le matériel de départ est l’ARN messager : après rétrotranscription en ADNc, seuls les exons sont amplifiés, ce qui produit des fragments plus courts.

 

Ensuite, il faut comprendre le rôle de l’électrophorèse.

Elle sépare les fragments obtenus selon leur taille. Chaque bande correspond à un produit amplifié. L’absence de bande peut signifier que la séquence n’a pas été amplifiée, soit parce qu’elle n’est pas présente dans l’échantillon (cas d’une RT-PCR), soit parce que la région à amplifier est trop longue pour être copiée par la Taq polymérase, notamment si elle dépasse environ 10 Kpb (cas d’une PCR sur ADN génomique).

 

Enfin, il faut tenir compte du positionnement des amorces.

Une paire d’amorces encadre la région que la polymérase va amplifier.

- En PCR génomique, cette région comprend les exons et les introns situés entre les deux amorces.

- En RT-PCR, cette même région est amplifiée uniquement dans sa version “exonique”, car les introns ont été éliminés lors de la maturation de l’ARNm, mais toujours entre les deux amorces 

 

Ainsi, en observant quelles amorces donnent un produit et la taille de ce produit, on peut déterminer quels exons sont présents dans l’ARNm ou si une région génomique est amplifiable.

 

=> Normalement c'est suffisant pour répondre au TD 2 

Je reprends juste le TP 2 et voici quelques explications sur les résultats de l'électrophorèse.

 

GEL 1 : 

=> Il s'agit d'une PCR sur l'ADN génomique => Exon + Introns 

Amorce 1 => pas de bande => >10kpb

Amorce 2 => bande Exons + introns 

Amorce 3 => bande Exons + Introns 

Amorce 4 => pas de bande => >10kpb 

 

GEL 2 : 

=> Il s'agit d'une RT-PCR, on n'amplifie que les exons puis qu'on part de l'ARNm pancréatique 

Amorce 1 => bande => L'exon 1 est présent dans l'ARNm de la glucokinase pancréatique 

Amorce 2 => pas de bande => pas d'exon 2

Amorce 3 => pas de bande => pas d'exon 3

Amorce 4 =>  bande => L'exon 4 est présent dans l'ARNm de la glucokinase pancréatique 

 

GEL 3 : 

=> RT-PCR foie 

Amorce 1 => pas de bande => L'exon 1 n'est pas présent l'ARNm de la glucokinase hépatique 

Amorce 2 => 2 bandes : Si une RT-PCR donne deux bandes avec le même couple d’amorces, c’est le signe d’un épissage alternatif. Dons dans le  foie on retrouve deux "versions d'ARNm" issus d’un épissage alternatif, l’un avec un exon 2 + exon 3 l'autre sans l'exon 3 (tu peux voir qu'au niveau des tailles ça correspond).

Amorce 3 => 1 bande => l'exon 3 est présent dans l'ARNm de la glucokinase hépatique, mais avoir les bandes de l'amorce 2 tu sais que ce n'est pas le cas de tout les ARNm de la glucokinase hépatiques. 

Amorce 4 => 1 bande => l'exon 4 est aussi présent dans l'ARNm de la glucokinase hépatique

 

J'espère que cette interprétation d'aidera. Si tu as des questions n'hésite pas. 

 

[Enroutesimone]

Merci je comprends mieux, seulement je ne comprends pas pourquoi on doute pour la patient 2, il est forcément hétérozygote puisqu’il présente deux bandes dans N et M ? Ou alors faut il prendre que le coté gauche ou droit ? Cette partie reste un peu flou, le reste est très claire ! 

[Lune_]

En fait il faut que tu regardes les bandes en bas à 350pb elles correspondent au gène recherché. Après tu regardes si tu as une bande dans qu'une ou plusieurs colonnes.

Si tu en as deux alors le patient est forcément hétérozygote (patient 1).

Mais si tu en as qu'une alors qu'une seule PCR a fonctionné, mais pas la deuxième avec les autres amorces. De là tu as deux supositions: soit on observe une bande parce que les amorces B et M se sont hybridées sur les deux brins et là il est homozygote, soit l'armoce ne s'est hybridée que sur un seul brin et on n'amplifie pas l'autre il est hétérozygote (mais ne possède pas l'allèle normal vu qu'il n'y a pas de bande dans la colonne N) . On a une autre séquence pour un autre allèle qu'on ne connaît pas tout est possible. 

Ici on ne sais pas exactement donc c'est pour ça qu'on peut pas dire qu'il est forcément hétérozygote. 

[Androma]

Salut! 

 

Il y a deux lignes sur l'électrophorèse, celle du bas à 350pb représente la partie du gène qu'on étudie pour savoir si il est muté ou non, et la ligne du haut à 500pb représente le témoin, qui est une autre partie du gène qui ne change pas et n'est pas impliqué dans la maladie. Il faut qu'il y est la bande du haut à 500pb pour pouvoir étudier l'électrophorèse car si il manque une des bandes, ça veux dire que la PCR n'a pas bien marchée donc les résultats de sont pas concluants. 

 

Ensuite, comme l'a dit @Lune_, le seul sur lequel on peut être certain c'est la patient 1 car il y a 2 bandes, donc on est sûr qu'il est hétérozygote. Par contre, pour le 'normal' et le patient 2, on ne peux pas être sûr à 100% qu'ils sont homozygotes car on n'a qu'une bande, et on n'a testé que 2 amorces, il est possible qu'il y ai d'autres mutations (voire une délétion de la région), ce qui fait que aucune des deux amorces ne s'hybrident.