Génome: langin

[Enroutesimone]

Bonjour, je ne comprends quelle démarche suivre pour répondre à ce QCM. 

La séquence de l’exon correspondant à l’ARNm ciblé par l’ARNi décrit à la question précédente présente la séquence suivante.

Voici la séquence : 5'-CGCATGACTAGCCTCGTATCGGCTTATGCCGGA-3'

                                     3'-GCGTACTGATCGGAGCATAGCCGAATACGGCCT-5'

 

B) L’exon ciblé code pour la séquence suivante : ASYRL
C) L’exon ciblé code pour la séquence suivante : RIGLC
D) L’exon ciblé code pour la séquence suivante : MTSLV
E) L’exon ciblé code pour la séquence suivante : VSAYA

Les bonnes réponses sont la D et E. 

Merci d’avance pour votre aide ! 

[Lénadénine]

Coucou ! Voici un petit schéma qui pourrait t’aider à situer les codons recherchés : 

https://ibb.co/7dWX23J2 

En fait dans ce QCM il faut simplement chercher si les codons corrspondent à la séquence qu’on te donne, ici on voit bien que les séquences D et E correspondent bien aux codons. 

 

Voilà j’espère que c’est plus clair pour toi ! Bon courage !

[Enroutesimone]

D’accord je comprends mieux, juste est-ce que cela serait également vraie si la séquence est trouvé sur 3’—5’ ?

[emma-tie]

Salut ! Tu peux me dire d'ou vient le QCM s’il te plait ? je voudrais le voir en entier avec le QCM précédent :)

[sanspseudo]

Je crois que c'est l'annale de l'an dernier 

[emma-tie]

Dans cet énoncé, on te parle de la "séquence de l’exon correspondant à l’ARNm ciblé par l’ARNi" ; ça veut dire que parmi tes deux brins, l'un aura la même séquence que l'ARNm ciblé par l'ARNi (sachant que ce dernier veut inhiber la synthèse d'une protéine ; pour rappel, un ARNm est simple brin).

 

Ainsi, comme on s'intéresse à l'ARNm codant pour la protéine, il aura la même séquence que le brin d'ADN avec le codon d'initiation (5' ATG 3'). Ton ARNm a donc dans sa séquence : 

5'-CGCAUGACUAGCCUCGUAUCGGCUUAUGCCGGA-3'

(ça c'est la question de l'item A -VRAI)

 

Ensuite, pour les autres items, on veut te faire écrire la séquence d'AA (en faisant gaffe aux bons codons/sens de lecture) ; du coup, tu réfléchis qu'avec cette séquence, soit le "brin du haut" dans l'énoncé (et pas avec celui 3'-5') ;) 

Edited November 9 by emma-tie

[Cmmm]

Bonjour est ce qu’il est possible de m’expliquer comment résoudre le sujet de td 2 du genome qcm 6 et 7 car j’ai beau tourner le sujet dans tous les sens je suis toujours bloquée.

meric davance 

[emma-tie]

Coucou @Cmmm,

 

Gène humain de la glucokinase :

 

D'après l'échelle :

- Intron 1 >10kpb

- transcrit PCR ADNg amorces couple 4 > 10kpb

 

Utilisation de 4 couples d'amorces : 1, 2, 3 et 4 

Exemple du couple 1 :

 

Réalisation :

- D'une PCR à partir d'ADN génomique (pas d'épissage : tous les exons/introns présents)

- D'une RT-PCR à partir d'ARN (ARNm mature : exons seulement sauf si épiage alternatif !) de foie humain

- D'une RT-PCR à partir d'ARN (ARNm mature : exons seulement sauf si épiage alternatif !) de pancréas humain

 

Autres remarques :

- L’exon 3 contient 120 pb.

- Les exons 4 à 12 ne font pas l’objet d’épissage alternatif => toujours présents

- La Taq ADN polymérase (utilisée ici) n’amplifie pas les régions de plus de 10 kpb => exemple si intron 1 (30kpb) inclus = pas amplifié

 

 

Résultats : 

 

 

 

Interprétation :

 

PCR ADNg : ATTENTION, ici tous les introns/exons sont présents

• couple amorces 1 : pas de bande => attendu car comme ADNg, l'intron 1 est forcément présent (30kpb) => Taq polymérise n'amplifie pas si >10kpb (ce qui est le cas ici : échec PCR)
• couple amorces 2 : bande de 5850 pb => correspond à exon 2 + intron 2 + exon 3 (120pb) + intron 3 + exon 4
• couple amorces 3 : bande de 4750 pb => correspond à exon 3 (120pb) + intron 3 + exon 4
• couple amorces 4 : pas de bande => attendu car Taq polymérise n'amplifie pas si >10kpb (échec PCR)

 

 

RT-PCR des ARN tot pancréas : ATTENTION peut avoir des épissages alternatifs (sauf pour les exons 4 à 12 ; cf. énoncé)

• couple amorces 1 : bande de 550 pb => correspond à exon1-exon2-exon3-début de l'exon4 (rappel : amorce anti-sens en 5' de l'exon4)
• couple amorces 2 : pas de bande (échec PCR) => la Taq Pol devrait pourvoir amplifier (plus de problème de taille) SAUF, que ça n'a pas été le cas, donc il y a un autre "problème" :  l'exon 2 est absent = épissage alternatif (l'amorce sens n'a pas pu s'hybrider donc pas d'amplification) ; ça ne peut pas être le cas de l'exon 4 (car d'après l'énoncé, il ne peut pas faire l'objet d'épissage alternatif, donc toujours présent)
• couple amorces 3 : pas de bande (échec PCR) => IDEM : l'exon 3 est absent = épissage alternatif (l'amorce sens n'a pas pu s'hybrider donc pas d'amplification) ; et pour rappel ça ne peut pas être le cas de l'exon 4 
• couple amorces 4 : bande de 2200 pb => correspond à exon4 -> exon12 (sans intron et avec tous les exons : pas d'épissage alternatif)

 

 

RT-PCR des ARN tot foie : ATTENTION => ARNm mature donc plus d'introns mais il peut avoir des épissages alternatifs (sauf pour les exons 4 à 12 ; cf. énoncé)

• couple amorces 1 : pas de bande (échec PCR) => comme il n'y a plus d'introns, la Taq Pol devrait pourvoir amplifier (plus de problème de taille) SAUF, que ça n'a pas été le cas => donc il y a un autre "problème" pour qu'il n'y ait échec de la PCR : l'exon 1 est absent = épissage alternatif (l'amorce sens n'a pas pu s'hybrider donc pas d'amplification) ; pour rappel ça ne peut pas être le cas de l'exon4
• couple amorces 2 : 2 bandes (de 360 pb et de 240 pb) => on a 2 transcrits différents pour un même couple d'amorces, ce qui veut dire que dans les ARN du foie, il y a deux ARNm codant la glucokinase différents dans le foie :  un avec l'exon 3 (360pb), et un autre sans (360pb -120 pb (taille exon 3) = 240 pb, cela est du à un épissage alternatif de l'exon3). 

• couple amorces 3 : bande de 140 pb => correspond à l'amplification de "exon3-début de l'exon4". Même si on sait qu'il y a deux ARNm différents dans le foie (où l'un n'a plus l'exon3) : on ne voit qu'une bande correspondant à l'ARNm avec l'exon3, car l'autre ARNm (sans exon3) ne pourra pas être amplifié (échec PCR car l'amorce doit s'hybrider sur l'exon3). Par comparaison avec la PCR d'ADNg du même couple (résultat = bande de 4750pb correspondant à "exon3-intron3-début exon4"), on peut calculer la taille de l'intron3 (pour item E) : 4750 - 140 = 4 610 pb (taille intron 3)

• couple amorces 4 : bande de 2200 pb => correspond à exon4 -> exon12 (sans intron et avec tous les exons : pas d'épissage alternatif)

 

 

Conclusion :

- item A : FAUX car l'exon 1 est absent des ARNm du gène de la glucokinase du foie (échec PCR malgré le fait qu'il n'y a plus d'introns)

- item B : VRAI car pas d'épissage alternatif possible pour cet exon4 qui est tout le temps présent (dans les ARNm du foie mais aussi ceux du pancréas)

- item C :  VRAI car sinon il y aurait eu échec de la RT-PCR avec le couple 2 où il y a besoin d'hybridation en l'amorce sens et l'exon2 (ce qui est le cas pour les ARNm du foie car il est bien présent) 

- item D :  VRAI, car on observe deux transcrits d'amplification (2 bandes de taille ≠) dans le foie pour le même couple d'amorce (couple 2), et comme il n'y a pas échec PCR (exon 2 et 4 présent) et qu'il n'y a pas d'introns (ARNm mature) : c'est l'exon3 qui peut subir un épissage alternatif dans le foie

- item E : VRAI, voir au-dessus la comparaison pour le couple d'amorce 3 entre la PCR d'ADNg (avec intron) et la RT-PCR du foie

 

 

J'espère que ça t'aidera pour comprendre ce QCM ; si jamais n'hésite pas à poser d'autres questions s'il y a un truc que tu n'as pas compris ;)

 

Si jamais, tu peux retrouver aussi la correction du prof sur moodle normalement :)

Edited November 16 by emma-tie

[Cmmm]

bonjour désolé pour le délai.   ..

tout d’abord merci pour la réponse plus que complète

il y a plusieurs choses que je ne comprend pas, en premier l’histoire d’échelle et notamment comment sait on que l’intron 1 fait 30 kpb à partir de l’ennocé et de l’échelle 

par ailleurs. transcrit PCR ADNg amorces couple 4 > 10kpb. Je ne comprend pas à quelle zone cela correspond,ni comment on peut le déduire a partir de l’énoncé 

 

Ensuite concernant le deuxième couple pour les ARN totaux de pancréas , ne contient il pas l’exon3 et a ce moment la comment sait on qu’il s’agit de l’exon 2 qui est absent, même question du coup pour le couple 1 des ARN totaux de foie comment sait on qu e c’est forcément le 1 qui est absent et pas le 2 ou le 3 par exemple ?

sinon tout le reste est très clair merci beaucoup 

[emma-tie]

Il y a 3 heures, Cmmm a dit :

comment sait on que l’intron 1 fait 30 kpb à partir de l’ennocé et de l’échelle 

Tu prends une règle, et tu mesures la taille de l'échelle (1kb = …mm) => règle de 3 avec la taille de l'intron (si 1kb = …mm alors …mm = …kb). 

 

Il y a 3 heures, Cmmm a dit :

ranscrit PCR ADNg amorces couple 4 > 10kpb. Je ne comprend pas à quelle zone cela correspond,ni comment on peut le déduire a partir de l’énoncé 

C'est la même chose que pour l'intron 1 => utilisation de l'échelle ;) La zone du couple d'amorces 4, c'est entre ton exon 4 et ton exon 12 compris. 

Il y a 3 heures, Cmmm a dit :

Ensuite concernant le deuxième couple pour les ARN totaux de pancréas , ne contient il pas l’exon3 et a ce moment la comment sait on qu’il s’agit de l’exon 2 qui est absent, même question du coup pour le couple 1 des ARN totaux de foie comment sait on qu e c’est forcément le 1 qui est absent et pas le 2 ou le 3 par exemple ?

 

Pour ces questions, il faut avoir en tête que pour réaliser une (RT)-PCR, il faut que tes DEUX amorces s'hybrident sur ton brin d'ADN/ARN cible ; si y'en a une/deux qui ne le fait pas => pas d'amplification ! 

 

Du coup, sachant dans l'énoncé que l'exon4 ne peut pas être épissé alternativement (= tjrs présents dans l'ADN/ARN du pancréas/foie/… => une amorce pourra toujours s'hybrider dessus pour les 4 couples) ; et que ton fragment à amplifié est < 10kb (Taq peut faire son taff ) => alors s'il y a un problème ça vient de l'autre amorce !

• Couple 2 pancréas (amorces qui devraient hybrider exon2 et 4) : Pas de bande = échec PCR = problème avec amorce qui devrait s'hybrider avec l'exon2 => absence exon2
• Couple 1 foie (amorces qui devraient hybrider exon1 et 4) : Pas de bande = échec PCR = problème avec amorce qui devrait s'hybrider avec l'exon1 => absence exon1

Edited November 21 by emma-tie