[ERRATA COLLE N°6] - Génome

[francisco]

Coucou mes petites araignées terrifiantes à la noix de coco  !!

On se retrouve pour nous transmettre les errata, on espère que cette colle s'est déroulée à merveille pour vous ;)

 

Vous avez ici le post errata pour Génome pour la colle en présentiel de cette semaine. Si vous avez des questions ou des doutes sur le sujet / correction de la colle, n’hésitez pas à demander ici ! Les tuteurs et RM viendront à la rescousse .

 

Rappel du programme de cette semaine : 

- Mardi 28 octobre de 18h à 19h30, Formation Génome, il est toujours temps de s'y inscrire donc n'hésitez plus !

- Mercredi 29 octobre de 18h à 19h30, Formation ICM, vos chers tuteurs et RM vous y attendent impatiemment !

Ici le lien pour s’inscrire au TAToucapté Génome et ici le lien pour s’inscrire au TAToucapté ICM.

 

- Jeudi 23 octobre de 18h à 19h30, Permanence en présentiel dans les amphis PASS, venez poser toutes vos questions à vos tuteurs et RM à l'approche de l'examen blanc. Les pôles BEM, IP et OREO seront également là pour répondre à toutes vos questions et vous apporter tout leur soutien .

 

On vous fait plein de bisous et surtout, joyeux TATlloween  !

[jujéjunum]

Coucou à tous ! On espère que cette colle d'Halloween vous a plu  !

 

Nous avons remarqué que nous avons fait une erreur dans la correction du QCM 19, item A.
L'item reste faux mais la bonne correction est la suivante :
La mutation change un codon codant une proline ( CCG ) en codon codant une sérine ( TCG ). La protéine formée est non tronquée.

 

N'hésitez pas à nous faire remonter d'autres éventuels errata, 
On espère vous retrouver nombreux à la formation de ce soir 

 

[adilramitochondrie]

Bonjour, merci pour la colle, cependant deux items me semblent étrange:

-Le 13E est compté vrai alors que la seconde amorce le possède que 15 nucléotides alors que la prof Courderc a dit que une amorce devait avoir au moins 18 nucléotides (les autres amorces proposées en avait bien 18 donc j’ai pensé que c’était un piège)

-Et je ne comprends pas bien pourquoi le 18D est faux

voilà merci d’avance pour votre réponse 

[lucil_e_tubaire]

Coucou !! Concernant le 13E, je me suis posée la même question l’année dernière. J’avais donc demandé à une chargée de TD qui m’avait répondu que la prof ne ferait pas de piège sur ça ! Il me semble même que dans un des examens elle avait même mis une amorce de 8 nt… Tu as trop bien appris ta leçon, mais ne t’en préoccupe plus :)

[jujéjunum]

Pour le 18D, tout est expliqué dans la correction de l'item C : 

Dans cet exercice des RT-PCR sont réalisées. L’amorce C est placée dans une région intronique, qui sera épissée lors de la transcription. L'amorce C ne pourra pas s'hybrider, et avec une seule amorce fonctionnelle l’amplification ne pourra pas se faire.

On observera donc bien aucune bande après électrophorèse.

 

Est ce que c'est plus clair pour toi ?
 

[J.L.D]

Bonjour, je ne comprends pas pourquoi l'item E de la question 13 est vrai.

Voici mon raisonnement, est-ce que quelqu'un pourrait m'indiquer mon erreur si possible ? 

Le brin d'ADN à amplifier est : 

5' TCG GAT CCG AAC TGA GCA TTT GAC GCT AGC GTA GCT AGG CAT CCG TCC TTA AGT CGG TTT GGC ATA ATT 3' (brin 1)

3' AGC CTA GGC TTG ACT CGT AAA CTG CGA TCG CAT CGA TCC GTA GGC AGG AAT TCA GCC AAA CCG TAT TAA 5' (brin 2)

Et les amorces de l'item E sont : 

1) 5' CGG ATC CGA ACT GAG CAT 3'

2) 5' TTA TGC CAA ACC GAC 3'

On peut donc hybrider l'amorce 1 et la partie 3' du brin 2 de l'ADN : 

Amorce 1)       5' CGG ATC CGA ACT GAG CAT 3'

ADN 2 en 3') 3' AGC CTA GGC TTG ACT CGT AAA ... 5'

Cependant, on ne peut pas hybrider l'amorce 2 avec l'extrémité 3' du brin 1 de l'ADN : 

Amorce 2)     5' TTA TGC CAA ACC GAC 3'

ADN 1 en 3') 3' TTA ATA CGG TTT GGC  ... 5'

Or l'hybridation ne peut pas fonctionner, car les bases ne s'apparient pas.

 

Il faut donc tenter d'hybrider l'amorce 1 avec la partie 3' du brin 1 et l'amorce 2 avec la partie 3' du brin 2 : 

Or : Amorce 2) 5' TTA TGC CAA ACC GAC 3'

ADN 2 en 3')    3' AGC CTA GGC TTG ACT CGT AAA 5'

Et l'hybridation ne peut pas non plus fonctionner puisque les bases ne s'apparient pas non plus.

 

Et comme les nucléotides sont ajoutés de l'extrémité 5' vers la 3', il ne sert à rien de tenter d'hybrider les amorces sur les extrémités 5' de l'ADN, puisque l'ajout de nucléotides ne serait pas en direction de la séquence à amplifier. 

 

Merci d'avance

[Célintestin]

Salut, pendant la colle la deuxième amorce de l’item E  a été changé : de TTATGCCAAACCGACG à TTATGCCAAACCGAC.

 

Pour répondre à cette question il faut chercher si les deux amorces sont chacune capable de s’appareiller avec un brin.

Ici, un seul brin est donné donc il faut d’abord trouver une amorce identique à une partie du brin qui viendra se fixer sur le brin complémentaire. Puis il faut trouver une amorce complémentaire au brin donné qui viendra se fixer dessus, sans oublié qu’il faut qu’elle soit dans le sens 3’ -> 5’.

 

Donc dans un premier temps on observe que la première amorce est bien identique à une partie du brin :

5’ TCGGATCCGAACTGAGCATTT —— // 3’

 5’  CGGATCCGAACTGAGCAT  3’

 

Puis il reste a vérifier la deuxième amorce, mais avant il faut prendre sa séquence complémentaire. On passe de 5’ TTATGCCAAACCGAC 3’ à AATACGGTTTGGCTG puis à 3’ GTCGGTTTGGCATAA 5’. Si on essaye de superposer avec le brin :

5’ // —— TTAAGTCGGTTTGGCATAATT 3’

                   3’   GTCGGTTTGGCATAA  5’

 

On observe que les deux amorces peuvent s’appareiller de chaque côté de la séquence, ce qui rend possible la PCR.

 

J’espère t’avoir aidé !

Edited October 28 by Célintestin