Acides aminés

[norah.durand-bayle]

bonsoir, pouvez vous m’aidez à résoudre le 4 ? 
il faut apparemment sélectionner certains acides aminés parmi s d’autres mais je ne comprends pas bien..

merci 
QCM 36 - À propos du peptide Ala - Lys - Ile - Cys - Glu - Pro - Ala - Arg - Thr

1. Lors d'une électrophorèse avec une digestion par la chymotrypsine, on retrouve 3 fragments : un de 220
2. Da, un de 110, et un de 660 Da.
3. Une hydrolyse alcaline n'a aucun effet sur ce peptide.
4. Le pHi de ce peptide est 9,9.

 

Les valeurs approchés des pk d'ionisation des groupements sont: a-aminé 9,3; e-aminé = 10,5 ;

y-carboxylique = 3,9, ; a-carboxylique = 2,1; b-carboxylique =3,9 et guanidium =

[TryptoFan]

Salut salut,

 

Pour calculer le pHi, il faut faire la moyenne des 2 pK des groupes ionisables (c'est-à-dire les groupes qui peuvent capter ou donner un H+) ayant les pK les plus proches. Les acides aminés ont généralement 2 groupes ionisables (NH2 et COOH), mais attention il existe des acides aminés avec des groupes ionisables dans leur chaine latérale: le glutamate a un COOH en gamma, la lysine a un NH2 en epsilon...

 

Dans un peptide, les différents acides aminés sont liés entre eux par des liaisons peptidiques via leur groupe COOH et NH2. Les groupes impliqués dans la liaison ne peuvent plus être ionisé donc on ne les comptent pas dans le calcul du pHi. Par contre, le groupe NH2 du premier acide aminé (extrémité N) et le groupe COOH du dernier acide aminé (extrémité C) ne sont pas impliqués dans une liaison, ceux sont donc des groupes ionisables. Ensuite, il faut regarder s'il y a un groupe ionisable dans la chaine latérale d'un acide aminé constituant le peptide. Dans notre cas, on a la lysine qui a un NH2 en epsilon, l'acide glutamique qui a un groupe COOH en gamma et l'arginine qui a un groupement quanadium. (Ça fait beaucoup là non?)

 

Ainsi, le peptide du QCM a 5 groupes ionisables. Le groupe NH2 du premier acide aminé de pK=9,3. Le groupe COOH du dernier acide aminé de pK=2,1. Le NH2 de la lysine a un pK de 10,5. Le groupe COOH de l'acide glutamique de pK=4. Et (enfin), le groupement guanadium de l'arginine a un pK d'environ 12,5. Le pHi étant la moyenne des 2 pK les plus proches, on prend le pK du NH2 en epsilon de la lysine et le NH2 en alpha de l'alanine. Ainsi, (9,3+10,5)/2 = 9,9. On trouve que le pHi du peptide est égal à 9,9 donc l'item D est vrai.

 

J'espère que j'ai pu t'aider ! Sinon n'hésite pas à venir nous voir aux permanences ou aujourd'hui après la colle.

 

Bon courage !