5'-3'

[letartare06]

Salut dans le cours de génome y a un truc je comprends pas la prof insiste bcp que ça se fait en 5' à3' et pas l'inverse après elle dit mais ça se fait en 3' et 5' après y a aussi des trucs dans l'arn qui se font je crois mais pas sûr. Du coup je voulais savoir si on pouvait m'expliquer qui se fait quoi parce que même dans mon cours je comprends pas trop.

Et est ce que c'est aussi possible de m'expliquer le truc avec les schémas brin leader les fragments d'owasaki et les amorces parce que j'arrive pas à voir mais pas du tout.

Merciii et dsl du dérangement 

[brownie]

Coucou,

 

Alors c'est l' élongation qui se fait du 5' vers le 3' mais pour accrocher les base en elles c'est le 3' que l'on rapproche du 5'

[Célintestin]

Salut, pour compléter la réponse de @brownie :

 

Si on te demande le sens d’élongation : c’est 5’ -> 3’.

Si on te demande le sens de formation de la liaison entre les nucléotides : c’est entre le 3’ de l’ose du nucléotide précédent et le groupement phosphate en 5’ du nucléotide suivant.

 

Ensuite la professeur parle aussi des activités enzymatiques des différentes ADN pol qui interviennent dans la réplication et cela peut amener de la confusion, donc pour résumer : 

- polymérase  5’ -> 3’ : synthèse de l’ADN dans le sens 5’ -> 3’ à partir de l’extrémité -OH en 3’ du dernier nucléotide

- exonucléase 5’ -> 3’ : élimination des amorces dans le sens d’élongation de l’ADN

- exonucléase 3’ -> 5’ : l’enzyme peut reculer pour éliminer le dernier nucléotide (ex. Proof-reading)

 

Et enfin la synthèse des brins d’ADN se produit différemment en fonction du brin direct et indirect. 

Pour le brin direct (ou précoce), le sens 5’->3’ et identique au sens de déplacement de l’œil de réplication. Il y a d’abord synthèse d’une amorce d’ARN au niveau de l’origine de réplication puis élongation d’un nouveau brin d’ADN SANS interruption jusqu’à la fin.

Pour le brin indirect (ou retardé), le sens 5’->3’ est inverse au sens de déplacement de l’œil de réplication. Il y a d’abord synthèse de plusieurs amorces d’ARN tous le long du brin d’ADN puis élongation de l’ADN entre chaque amorces d’ARN. Dans un second temps les amorces d’ARN sont éliminés et remplacé par des fragments l’ADN. Cependant ils ne sont pas liés entre eux et c’est ce qu’on appelle les fragments d’Okazaki. Il faut ensuite que l’ADN ligament passe pour les lier et former le nouveau brin d’ADN.

 

N’hésite pas à nous demander plus de précisions !

Edited October 19 by Célintestin

[emma-tie]

 

Salut !

 

Déjà, comme l'a dit @brownie :

• L'élongation de l'ADN par l'ADNpol se fait bien de 5'-> 3' : le premier nucléotide de la chaine est en 5' (avec 3 phosphates) et le dernier sera en 3' ; les prochains dXTP seront ajoutés dans le sens 5'-> 3' (sens de déplacement de l'ADNpol):

ATTGC + A…

5' ---------> 3'

• La liaison phosphodiester entre 2 nucléotides se fait entre le carbone 3' de l'ose du premier nucléotide et le carbone 5' de l'ose du deuxième nucléotide : d'où le sens 3' -> 5'

Y'a un schéma qui permet de bien visualiser les sens 5'-3' : 

 

 

Pour ce qui est de la transcription : 

 

L'ARN polymérase :  lit le brin d'ADN non-sens/matrice dans le sens 3'->5' MAIS synthétise le néo brin d'ARN dans le sens 5'->3' (toujours élongation dans me sens 5'->3') :

 

 

Edited October 19 by emma-tie

[letartare06]

il y a 10 minutes, emma-tie a dit :

 

Salut !

 

Déjà, comme l'a dit @brownie :

• L'élongation de l'ADN par l'ADNpol se fait bien de 5'-> 3' : le premier nucléotide de la chaine est en 5' (avec 3 phosphates) et le dernier sera en 3' ; les prochains dXTP seront ajoutés dans le sens 5'-> 3' (sens de déplacement de l'ADNpol):

ATTGC + A…

5' ---------> 3'

• La liaison phosphodiester entre 2 nucléotides se fait entre le carbone 3' de l'ose du premier nucléotide et le carbone 5' de l'ose du deuxième nucléotide : d'où le sens 3' -> 5'

Y'a un schéma qui permet de bien visualiser les sens 5'-3' : 

 

 

Pour ce qui est de la transcription : 

 

L'ARN polymérase :  lit le brin non-sens/matrice dans le sens 3'->5' MAIS synthétise le néo brin d'ARN dans le sens 5'->3' (toujours élongation dans me sens 5'->3') :

 

 

 

Il y a 2 heures, brownie a dit :

Coucou,

 

Alors c'est l' élongation qui se fait du 5' vers le 3' mais pour accrocher les base en elles c'est le 3' que l'on rapproche du 5'

 

il y a 11 minutes, Célintestin a dit :

Salut, pour compléter la réponse de @brownie :

 

Si on te demande le sens d’élongation : c’est 5’ -> 3’.

Si on te demande le sens de formation de la liaison entre les nucléotides : c’est entre le 3’ de l’ose du nucléotide précédent et le groupement phosphate en 5’ du nucléotide suivant.

 

Ensuite la professeur parle aussi des activités enzymatiques des différentes ADN pol qui interviennent dans la réplication et cela peut amener de la confusion, donc pour résumer : 

- polymérase  5’ -> 3’ : synthèse de l’ADN dans le sens 5’ -> 3’ à partir de l’extrémité -OH en 3’ du dernier nucléotide

- exonucléase 5’ -> 3’ : élimination des amorces dans le sens d’élongation de l’ADN

- exonucléase 3’ -> 5’ : l’enzyme peut reculer pour éliminer le dernier nucléotide (ex. Proof-reading)

 

Et enfin la synthèse des brins d’ADN se produit différemment en fonction du brin direct et indirect. 

Pour le brin direct (ou précoce), le sens 5’->3’ et identique au sens de déplacement de l’œil de réplication. Il y a d’abord synthèse d’une amorce d’ARN au niveau de l’origine de réplication puis élongation d’un nouveau brin d’ADN SANS interruption jusqu’à la fin.

Pour le brin indirect (ou retardé), le sens 5’->3’ est inverse au sens de déplacement de l’œil de réplication. Il y a d’abord synthèse de plusieurs amorces d’ARN tous le long du brin d’ADN puis élongation de l’ADN entre chaque amorces d’ARN. Dans un second temps les amorces d’ARN sont éliminés et remplacé par des fragments l’ADN. Cependant ils ne sont pas liés entre eux et c’est ce qu’on appelle les fragments d’Okazaki. Il faut ensuite que l’ADN ligament passe pour les lier et former le nouveau brin d’ADN.

 

N’hésite pas à nous demander plus de précisions !

Ah oui d'accord merciii bcp mais en fait j'arrive pas a voir dans les schémas des QCM des annales et des TD qui est quoi qui fait quoi et tout parce que pour moi c'est les mêmes flèches.

Merciii 

[lucil_e_tubaire]

Coucou, je viens compléter la réponse de @brownie :)) 

De manière générale : l‘Extremité 5’ correspond au début de ta molécule, que ça soit de l’ADN ou de l’ARN. Le 3’ correspond à la fin.

Pourquoi ?

Parce que lorsque tu synthétises (tu élongues) ton brin d’ADN, que ça soit pendant la réplication ou la PCR, l’extremité 5’ du nucléotide va venir se lier au nucléotide qui le précède son l’extremité 3’. 

Pour que ça soit plus clair je te propose ce petit schéma : https://ibb.co/TxRTvJrK

 

Là où la prof a insisté, c’est que les polymérisés synthétisent toujours l’ADN de 5’ en 3’ : quand tu vois ta molécule d’ADN en entier tu vois bien que le 1er nt a son extremité 5’ de libre, non accrochée à un autre nt, alors que le dernier nt de la molécule a son extremité 3’ reliée à un OH et pas un autre nt, donc ça nous donne le sens 5’3’ !!

L’exception à la règle ce sont les ADN Polymérises translesionnelles : elles elles sont capable de regarder en arrière, de 3’ en 5’, pour pouvoir corriger les erreurs. C’est ce qui va permettre par exemple d’éliminer les amorces pendant la réplication ou la PCR.

 

 

 

Pour ce qui est du brin leader : C’est celui que l’on va synthétiser de manière continue. Pourquoi ? Parce qu’il fait une synthèse de 5’ en 3’ donc tout se passe à merveille.

L’autre brin, suiveur ou retardé ou tardif, va AUSSI être synthétisé de 5’ en 3’ mais en utilisant un moyen détourné, les fragments d’okasaki. Pourquoi ? Parce que la synthèse va se faire vers l’œil de réplication, et pas dans le sens de la fourche, alors que l’ADN aimerait bien être synthétisé dans le sens de la fourche.

Ils sont toujours synthétisés de 5’ en 3’ parce que comme on l’a dit dès que c’est synthèse d’ADN c’est 5’3’. Ça te fait donc une synthèse discontinue, qui sera complétée par l’action des ligases (et à la fin tu auras un brin tout propre tout nickel). 

 

Je te renvoie aux diapos 19 et 20 de Mme Couderc de son cours 4 et 5, elle a mis des schémas qui illustrent très bien !!

 

Courageeeee

@letartare06 pour mieux comprendre les flèches et ce qu’elles représentent : va voir le diapo de la prof !!

1) les courtes flèches du début représentent les amorces d’ARN

2) les longues flèches représentent l’ADN synthétisé de manière continue

3) les courtes flèches qu’on ajoute ensuite représentent les fragments d’okasaki :)

 

vers la fin de la réplication tu auras tes amorces d’ARN remplacées par de l’ADN par les translésionnelles, puis l’action des ligases qui lient l’ADN synthétisé par les translésionnelles et l’ADN discontinu synthétisé par les polymérases.

[letartare06]

il y a 10 minutes, lucil_e_tubaire a dit :

Coucou, je viens compléter la réponse de @brownie :)) 

De manière générale : l‘Extremité 5’ correspond au début de ta molécule, que ça soit de l’ADN ou de l’ARN. Le 3’ correspond à la fin.

Pourquoi ?

Parce que lorsque tu synthétises (tu élongues) ton brin d’ADN, que ça soit pendant la réplication ou la PCR, l’extremité 5’ du nucléotide va venir se lier au nucléotide qui le précède son l’extremité 3’. 

Pour que ça soit plus clair je te propose ce petit schéma : https://ibb.co/TxRTvJrK

 

Là où la prof a insisté, c’est que les polymérisés synthétisent toujours l’ADN de 5’ en 3’ : quand tu vois ta molécule d’ADN en entier tu vois bien que le 1er nt a son extremité 5’ de libre, non accrochée à un autre nt, alors que le dernier nt de la molécule a son extremité 3’ reliée à un OH et pas un autre nt, donc ça nous donne le sens 5’3’ !!

L’exception à la règle ce sont les ADN Polymérises translesionnelles : elles elles sont capable de regarder en arrière, de 3’ en 5’, pour pouvoir corriger les erreurs. C’est ce qui va permettre par exemple d’éliminer les amorces pendant la réplication ou la PCR.

 

 

 

Pour ce qui est du brin leader : C’est celui que l’on va synthétiser de manière continue. Pourquoi ? Parce qu’il fait une synthèse de 5’ en 3’ donc tout se passe à merveille.

L’autre brin, suiveur ou retardé ou tardif, va AUSSI être synthétisé de 5’ en 3’ mais en utilisant un moyen détourné, les fragments d’okasaki. Pourquoi ? Parce que la synthèse va se faire vers l’œil de réplication, et pas dans le sens de la fourche, alors que l’ADN aimerait bien être synthétisé dans le sens de la fourche.

Ils sont toujours synthétisés de 5’ en 3’ parce que comme on l’a dit dès que c’est synthèse d’ADN c’est 5’3’. Ça te fait donc une synthèse discontinue, qui sera complétée par l’action des ligases (et à la fin tu auras un brin tout propre tout nickel). 

 

Je te renvoie aux diapos 19 et 20 de Mme Couderc de son cours 4 et 5, elle a mis des schémas qui illustrent très bien !!

 

Courageeeee

@letartare06 pour mieux comprendre les flèches et ce qu’elles représentent : va voir le diapo de la prof !!

1) les courtes flèches du début représentent les amorces d’ARN

2) les longues flèches représentent l’ADN synthétisé de manière continue

3) les courtes flèches qu’on ajoute ensuite représentent les fragments d’okasaki :)

 

vers la fin de la réplication tu auras tes amorces d’ARN remplacées par de l’ADN par les translésionnelles, puis l’action des ligases qui lient l’ADN synthétisé par les translésionnelles et l’ADN discontinu synthétisé par les polymérases.

Ah oui d'accord je crois j'ai compris merciii

Bonne journée 

 

[jujéjunum]

Bonsoir, je confirme ++ les super réponses que tu as eues !

 

Spoiler

@lucil_e_tubaire, @emma-tie, @Célintestin vous assurez ! Vos réponses réponses sont super quali, merci beaucoup pour votre travail