Cours génome chap 1

[Alma]

Salut, quelqu’un pourrait-il m’expliquer cette partie du cours du TAT  sur les constitutions des acides nucléiques qui m’est assez flou : 

Appariement :
ATTENTION : la chaîne d'acides nucléiques est vectorisée 5'-3'
(sens de lecture de l'extrémité 5' phosphorylée à l'extrémité 3' hydroxylée). Ne pas
confondre avec la liaison qui se fait du carbone 3’ hydroxylé au carbone 5’
phosphorylé du nouveau nucléotide. Donc liaison 3’→ 5’, mais
allongement 5’ → 3’.
Les polymères ( ADN ) sont chargés négativement car les groupements
phosphates sont chargés négativement.
Prenons un acide nucléique en voie de formation :
Le premier nucléotide est TRIphosphate, les autres sont MONOphosphate.
Il arrive un nouveau nucléotide qui est TRIphosphate, lors de la formation de la liaison phosphodiester seul
le phosphate α est conservé, les deux autres (β et γ) sont éliminés sous forme d’un pyrophosphate, d’où le
nucléotide MONOphosphate. 

Je n’ai notamment pas compris les différents sens de lecture donc de 5’ à 3’ et l’inverse ça me perds et lors du cours sur ce chapitre en CM, la professeur avait bien assistée sur ce point qui je suppose est donc fondamental à comprendre. 

De plus, je n’ai pas compris non plus le raisonnement avec le premier nucléotide qui est triphosphate, et les autres monophosphates ? 

Merci d’avance pour vos réponses. 

Bonne fin de journée. 

[MahelpMeDoc]

Salut, 

Pour comprendre l'élongation de l'ADN de 5' en 3' il faut comprendre la numérotation des carbonne du ose ( ce qui explique le prime ' pour distinguer de la numérotation des bases azotées) : 

 

On sait que le phosphate du nucléotide est lié au sucre par une liasion esther en 5'

Ensuite, avec notre nucléotide (nucléoside + phosphate lié en 5'), pour former une chaîne polynucléotidique : on va condenser le O^- du phosphate et le OH lié au carbone 3' pour fomer une liaison phosphodiestercomme le montre ce shéma de la prof : 

Donc à la fin, avec les deux nucléotides liée, on voit bien que l'extrémité haute de la chaîne est au niveau du phosphate lié à un carbone 5' et que l'extrémité basse (et le lieu de la future liaison phosphodiester avec le prochain nucléotide) est au carbone 3' => c'est pour ça que la chaine est vectorisée de 5' en 3'. Parce que c'est le sens de formation de la chaîne. MAIS on a vu que la chaine phosphodiester se fait du carbone 3' du premier nucléotide vers le carbone 5' du second. Donc si on récapitule,

> le sens d'élongation et de lecture de l'ADN se fait de 5' en 3' en prenant en compte les carbone le plus haut du premier nucléotide et du carbone du dernier nucléotide le plus bas = vision plus d'ensemble

> la liaison phosphodiester se fait de 3' en 5' = vision sur l'enchaînement entre deux nucléotides consécutifs

Je sais pas si c'est très juste scientifiquement mais c'est comme ça que je le retiens.

 

Pour les nucléotides monophosphate et triphosphate. Le premier nucléotide qui va former le brin est un triphosphate, puis vient se rajouter un autre nucléotide triphosphate qui va former une liaison phosphodiester avec le précedent comme on a vu plus haut. Mais la formation de cette liaison a un important coût energétique qui va être permis par la libération des deux autres phosphates sous la forme de pyrophosphate. Ce qui explique pourquoi il y a un triphosphate en début de chaîne puis que des monophosphates parce que leur deux autres phosphate ont été libéré pour permettre la liaison.

 

Voila j'espère avoir été assez clair, mais je reste qu'un PASS donc attend la réponse d'un tuteur plus calé que moi

J'espère t'avoir aidé !

Edited September 19 by MahelpMeDoc

[L'Electron_Augé]

Merci @MahelpMeDoc pour la réponse !! Je suis d'accord avec toi.

Juste pour la liaison formée, c'est assez pointilleux mais il me semble que c'est la formation d'une liaison phosphoester entre O- du phosphate alpha du nucléotide suivant et le OH du C3 du ribose du nucléotide précédent. La liaison ou pont phosphoDIester est la liaison entre les sucres des 2 nucléotides qui implique qu'un même phosphate fasse 2 liaisons phosphoester. Quand on forme cette liaison phosphoester, on utilise le phosphate déjà lié par une liaison phosphoester au sucre de sa base, par extension, on forme une liaison phosphoDIester également.
J'espère que ca ne vous a pas plus embrouillé ! 

il y a 4 minutes, MahelpMeDoc a dit :

Ensuite, avec notre nucléotide (nucléoside + phosphate lié en 5'), pour former une chaîne polynucléotidique : on va condenser le O^- du phosphate et le OH lié au carbone 3' pour fomer une liaison phosphodiester

 

[lucil_e_tubaire]

Coucou !!

Je viens compléter au cas où les réponses de mes camarades/collegues :

 

Pour bien comprendre le fait que le 1er nucleotide ait un TRIphosphate alors que les autres non, je te propose ce schéma tiré de la diapo de la prof :

https://ibb.co/Txs23Jrm

 

donc quand tu lis ton adn, tu commence par le 1er nucleotide : tu le repères car il a son extrémité 5’ non attachée à un autre nucleotide donc avec un TRIphosphate. Ce même nucleotide va se lier en 3’ (là où tu vois un O, c’était un OH qui s’est lié par liaison phosphodiester au phosphate du prochain nucleotide). 

 

Le 2e nucleotide lui est coincé entre 2 nucleotide, il faut donc qu’il soit le moins volumineux possible : il ne va garder qu’un seul phosphate (MONOphosphate) en 5’.

 

Tu arrives petit à petit à la fin de ta molécule d’ADN : le dernier nucleotide possède une extrémité 3’ libre, parce qu’il n’y a plus rien qui vient après, tu as donc bien un OH en 3’.

 

Et si jamais voici un petit rappel de pourquoi on dit 5’3’ : on parle de la numérotation des carbones du sucre du nucleotide. Cf schéma de la prof annoté : https://ibb.co/S7W30JcJ