techniques d'étude du vivant

[chapeau]

Salut, j'avais plutôt compris en cours tout ce qui était sur les vecteurs avec ces représentations https://ibb.co/JtjFbvQ mais là dès que je me retrouve devant au qcm je ne sais pas du tout quoi faire et j'ai beaucoup de mal à comprendre ce qu'on nous demande, y a t'il une méthode un réflexe à avoir pour répondre à ce type de questions, comme celle-ci https://ibb.co/3YYVHp1 ? Merci !

[PetiteComète]

Coucou !

Je sais que quelqu'un est entrain de te préparer une super réponse donc pas de panique ça arrive !

 

Pour ce qui est de la méthode, voici la mienne (je viens de la rédiger pour une autre question du forum, je te la glisse ici) :

 

Tu commences par 3 etapes :

1/ combien de fois j'ai le site de restriction dont on me parle sur chaque plasmide.

2/ je visualise que je coupe au niveau de ses sites de restrictions

3/ je visualise que j'emboite le morceaux contenant mon gène d'interet issu d'un plasmide dans le morceaux contenant le site ori issu d'un autre plasmide .

Attention : pour ce qui est de l'insertion tu fais attention à l'orientation !

 

Puis tu vérifie dans ton plasmide recombinant :

- la présence ton gène d'interet 

- la présence du site ORI

- la présence d'un promoteur et du bon (eucaryote ou procaryote) !

- la présence d'un terminateur

 

Voilà, j'espère que ça te sera utile ! 

Edited January 23 by PetiteComète

[Fodiliaque]

Il y a 10 heures, chapeau a dit :

Salut, j'avais plutôt compris en cours tout ce qui était sur les vecteurs avec ces représentations https://ibb.co/JtjFbvQ mais là dès que je me retrouve devant au qcm je ne sais pas du tout quoi faire et j'ai beaucoup de mal à comprendre ce qu'on nous demande, y a t'il une méthode un réflexe à avoir pour répondre à ce type de questions, comme celle-ci https://ibb.co/3YYVHp1 ? Merci !

 

 

Coucou, j’espère que tout se passe pour le mieux.

Ne t’en fais pas, c’est normal de se sentir perdu devant ce genre de QCM, en pièce jointe je t’ai donné les fiches de la team innovation pédagogique pour que tu comprennes la méthodologie à avoir devant ce type de QCM.

Il y a des exemples typiques qui y sont d’ailleurs abordé, mais bon, vu que tu as aussi fourni le tien, je me suis amusé à le faire.

Tout d’abord il faut dessiner ton plasmide recombinant, ici ton clonage est non orienté (utilisation d’une unique enzyme de restriction), on peux donc en déduire qu’il y a autant de chance qu’il soit dans le bon sens que dans le mauvais, je t’ai alors dessiné les deux cas de figure.

J’ai donc commencé par prendre ma paire de ciseau Nco1 et j’ai coupé partout où il se situait : j’ai obtenu mon insert avec le gène d’intérêt (ADNc du facteur IX) et j’ai pu l’insérer dans le trou qu’avait formé la coupure du Nco1 du premier plasmide aka pTG.

Ensuite avec les calculs si dessous (dans le cadre rose), j’ai pu afficher les positions des sites de restriction sur mes plasmides.

(Si tu as mal compris un calcul ou que tu veux que je développe n’hésite pas à me le demander).

EN CLAIR : il faut que tu obtienne :

- la longueur de ton insert

- la longueur de ton plasmide recombinant

- le nouveau positionnement des sites de restrictions (ceux en aval que j’ai pas mis car inutile dans l’exemple), ceux à l’intérieur de l’insert qui sont super utile oui connaître les différences entre un plasmide orienté et non orienté ainsi que ceux qui ont permis de digérer le plasmide).
Une fois tout cela réalisé, j’ai pu lire les différents items du QCM : N’hésites pas a me faire parvenir la correction afin que je puisse te la détailler.

 

 

S2 - Fiche Astuce - PASS - Recherche (Vecteurs et Plasmides).pdf S2-fiche- PASS- Recherche (métodologie du clonage).pdf

[Paulimère]

papapaaaa ça c'est du schéma

[Fodiliaque]

il y a 32 minutes, Paulimère a dit :

papapaaaa ça c'est du schéma

Arrêtes j’vais rougir  

[chapeau]

Merci beaucoup @Fodiliaque et @PetiteComète, c'est déjà bien plus clair ! Seulement je ne comprends pas comment on calcule le nouveau positionnement des sites de restriction ? peux-tu me détailler le calcul ?

il y a 26 minutes, Fodiliaque a dit :

Une fois tout cela réalisé, j’ai pu lire les différents items du QCM : N’hésites pas a me faire parvenir la correction afin que je puisse de la détailler.

Je vais joindre la correction car j'avoue qu'elle était pas très claire pour moi https://ibb.co/jVY9xY8

Merci beaucoup en tout cas !

[Fodiliaque]

Le 23/01/2025 à 21:39, chapeau a dit :

Merci beaucoup @Fodiliaque et @PetiteComète, c'est déjà bien plus clair ! Seulement je ne comprends pas comment on calcule le nouveau positionnement des sites de restriction ? peux-tu me détailler le calcul ?

Je vais joindre la correction car j'avoue qu'elle était pas très claire pour moi https://ibb.co/jVY9xY8

Merci beaucoup en tout cas !

Salut, je sais que ces calculs peuvent faire un peu peur mais je t’assure qu’il faut juste capter le concept après ça roule tout seul :)

 

du coup il faut surtout comprendre qu’avec mon clonage, j’ai modifié la position de tout ce qui se passe à l’intérieur de l’insert ainsi que tout ce qui est en aval. Cela paraît logique parce que tu as ajouter des paire de base, t’as donc rallonger ton plasmide et par conséquent t’as tout décaler.
si tu l’as vraiment pas, imagine un burger, dit toi que si tu rajoute 3 steak, y’a beaucoup de chance que ton pain s’est décalé vers le haut, il a donc plus la même position par rapport à ton assiette.

 

Trêve de plaisanterie et prenons un exemple concret : celui du calcul de la taille de l’insert.

Ici, la partie insérée n’est pas directement une cassette d’expression toute faite, elle appartient à un plasmide et à donc un positionnement précis dans ce dernier. Pour connaître sa taille en valeur absolue, j’ai simplement soustrait le site de restriction de Nco1 le plus en aval avec le point de restriction le plus en amont. J’obtiens a cassette que je vais pouvoir insérer et qui s’est libéré de son ancien positionnement. 

Lorsque je l’insère, elle n’est pas inséré au point 0 mais bien à l’endroit du site de restriction, ce dernier ayant un positionnement précis.

Ainsi pour connaître la nouvelle taille du Nco1 en aval de ma cassette dans le référentiel de mon plasmide recombinant, j’ajoute la taille de mon insert, au point où le Nco1 de mon plasmide receveur à été coupé.

J’espère que cela a été plus clair, si jamais, ce mercredi avec la team recherche on organise une formation pour y voir plus clair :)

 

 

Concernant la correction des QCM 

 

A) Le clonage est non orienté comme je te l’ai expliqué dans ma première réponse, s’il était orienté, dans l’énoncé, on t’auras précisé qu’on utilise 2 enzymes de restrictions différentes 

Pour la B et la C, c’est l’explication des calculs dont je viens de te parler.

D) En effet si tu regarde la taille de tes plasmides, tu vois que notre plasmide recombinant est plus long que le premier

E) Ici ça rejoint notre histoire des sens dont je t’ai parlé, étant donné que notre clonage est non orienté ya autant de chance qu’il te donne les deux plasmide que je t’ai dessiné, donc dans le bon sens cela fonctionne.

 

[chapeau]

Merci beaucoup @Fodiliaque, c'est un peu plus clair même si la correction j'ai du mal, je vais voir pour venir à la formation éventuellement. Merci !

[chapeau]

Petite question @Fodiliaque @PetiteComète, pour la formation il faut préparer quelque chose ? Merci !!

Edited January 26 by chapeau

[PetiteComète]

Coucou @chapeau, non rien à préparer, juste venir avec ta bonne humeur