Calcul du pHi

[nourgayet]

Bonjour ! A propos du qcm 7 du poly de l'avent, je ne comprend pas comment calculer le pHi total item A, quelles sont les valeurs à prendre et pourquoi c'est celle-ci que nous choisissons ? Merci :)

[YOUSSPHENOÏDAL]

Bonjour! Pourrais-tu envoyer le qcm pour qu’on puisse t’aider stp? Merci d’avance 

[sofiaspirine]

Coucou! Le temps que @nourgayet nous précise le qcm que @YOUSSPHENOÏDAL puisse répondre je te mets au cas où le lien vers une explication quant au calcul du pHi d'un peptide : 

 

[nourgayet]

Bonjour ! désolé de répondre si tard, voici le QCM dont je parlais :

Merci :))

[Catalyse]

Coucou j'ai eu le même problème sur ce QCM là et je n'y arrive toujours pas même avec les explications étapes par étapes. Est ce que vous pouvez me l'expliquer avec les AA directement s'il vous plaît ? Quand je dessine les AA je n'arrive pas à trouver le bon pHi 

Et donc je suis bloquée pour tous les QCM de ce type 

Edited December 6, 2024 by Catalyse

[dzinthesky]

Coucou @nourgayet @Catalyse ! Je vais détailler étape par étape : 

Ton tripeptide est composé de Gly, qui est un AA neutre ; de Glu, qui est un AA diacide ; de Lys, qui est un aa dibasique. Pour calculer le pHi de ton tripeptide, il faut trouver les valeurs de pk qui encadrent la forme zwitterionnique de ton tripeptide (càd la forme pour laquelle ton AA est neutre).

Les groupements ionisables de ton tripeptide sont les suivants : 

• Les groupements amine et carboxylique portés par le carbone alpha
• Le groupement carboxylique porté par le carbone gamma du Glu
• Le groupement amine porté par le carbone epsilon de la Lys

Il faut regarder les charges globales de ton AA : tat aa.pdf

 

Ainsi tu trouves les valeurs à utiliser pour ton calcul pHi = (4+9,3)/2=6,65 

 

N'hésitez pas si vous avez des questions !! 

Bon courage

[nourgayet]

Désolé j'ai pas tout bien compris , est ce que la forme zwitterionique se rapproche du pH neutre ou ça dépend des AA ? Et comment on sait que nos pHi sont situés à ces endroits particuliers (sur l'image) ? Merci :)

Edited December 6, 2024 by nourgayet

[dzinthesky]

il y a 14 minutes, nourgayet a dit :

Désolé j'ai pas tout bien compris , est ce que la forme zwitterionique se rapproche du pH neutre ou ça dépend des AA ?

Ne t'excuses pas, la forme zwitterionique = AA neutre. 

 

il y a 15 minutes, nourgayet a dit :

Et comment on sait que nos pHi sont situés à ces endroits particuliers (sur l'image) ? Merci :)

Je suis pas sûre d'avoir compris ta question, mais ici tu regardes pas le pHi mais les valeurs de pk ! Les valeurs qui encadreront l'AA neutre seront celles que tu vas choisir pour le calcul de ton pHi.

Si j'ai pas répondu à ta question n'hésite pas à reformuler ! 

[Catalyse]

Merci @dzinthesky pour tes explications . J'ai une question par rapport à ta présentation des AA dans ton image. J'aimerais être sure. En gros, on a la lysine avec un  alpha carboxylique et une alpha aminé avec un epsilon aminé. 

On a au la glycine avec une alpha carboxylique et alpha aminé et on a l'acide glutamique avec un alpha carboxylique, un alpha aminé et epsilon carboxylique. 

Pour trouver le pHi faut trouver des charges égales à zéro donc on prend les valeurs comprises entre la forme zwiterrionique ?

On se décale de valeurs des pK au fur et à mesure 

En fait est ce que tu peux expliquer comment tu fais pour les "trier" s'il te plaît ? 

Edited December 6, 2024 by Catalyse

[nourgayet]

C'était pas très clair en effet mais dans ma tête non plus Je penses que la formulation de @Catalyse correspond à ma question, mais en gros j'ai pas compris comment tu réalisais ton schéma et qu'est ce qui déterminais les valeurs que tu choisissait pour ton pHi total ? J'espère que c'est un peu plus compréhensible !

[dzinthesky]

Il y a 8 heures, Catalyse a dit :

Pour trouver le pHi faut trouver des charges égales à zéro donc on prend les valeurs comprises entre la forme zwiterrionique ?

Oui puisque le pHi c’est le pH pour lequel l'AA est chargé neutre

 

Il y a 8 heures, Catalyse a dit :

En fait est ce que tu peux expliquer comment tu fais pour les "trier" s'il te plaît ? 

Tu prends ton peptide en "entier" et tu regardes tous les groupements ionisables qu'il a. Pour trier les pk, tu regardes du plus petit au plus grand. Le pk correspond à la constante de dissociation donc, sa valeur va permettre de savoir pour quel pH le groupement sera protoné ou déprotoné.

Lorsque le groupement atteint son pk, il perd son proton : COOH devient COO- et NH3+ devient NH2.

Ainsi : pH<pk le groupement sera protoné.

pH>pk le groupement sera déprotoné, on perd donc une charge +.

En regardant les pk de tous les groupements de ton peptide, tu peux évaluer sa charge globale et donc trouver sa forme zwitterionique. Pour calculer le pHi, tu prends les 2 pk qui l'entourent.

 

Est-ce que je réponds mieux à vos questions @Catalyse @nourgayet ? Si c'est à côté de la plaque dites le moi mdrr 

 

Bon courage !! 

[Catalyse]

Non c'est parfait ! Merci beaucoup pour ton aide @dzinthesky ! C'est bcp plus clair maintenant :)

[nourgayet]

Okayyy, je crois que j'ai enfin compris, juste pour être sûre, admettons que notre peptide soit celui-ci : Lys-Arg-Gly, dans ce cas on a uniquement gamma-carboxylique=4, alpha-aminé=2,1 et epsilon-aminé=10,5, le pHi du peptide sera de 4+10,5/2 ?

[bêta-arezkin]

Bonsoir 

Tu n'aura pas un gamma carboxyl mais un alpha carboxyl (parce qu'il n'y a pas d'acide aminé avec groupement acide dans le radical)

Et le groupement alpha aminé a un pk de 9,3 et pas 2,1 

Donc t'auras

Alpha carboxyl de la glycine (2,1) 

Alpha aminé de la lysine (9,3)

Epsilon aminé de la lysine (10,5)

Le noyau guanidium de l'arginine (12,5)

Du coup : PHi = (10,5 + 12,5)/2 = 11,5

[nourgayet]

Je suis vraiment désolée j'ai l'impression d'être complètement perdue, enfaite je ne comprend pas comment utiliser un schéma avec les AA et les charges, est ce que c'est vraiment nécessaire pour le pHi total ou il y a une autre solution ?

[bêta-arezkin]

Bonjour 

Voici un schéma sur le qcm que vous aviez eu dans la colle de biochimie de cette année 

En gros tu prend les charges des extrémités qui contiennent des COOH ou des NH2 et tu trouve l'intervalle ou la charge est nulle et tu fais la moyenne des deux limites de cet interval 

[nourgayet]

Okay donc si j'apprend la frise en bas et que je suis capable de trouver les pK de mes AA c'est bon ?

[bêta-arezkin]

Les Pk on te les donne quand t'en a besoin 

Et pour la frise tu ne l'apprend pas tu la fait en mettant les pk en ordre croissant et en faisant la somme des charges 

[nourgayet]

Ca marche merci beaucoup ! Désolée, se fut un peu long mais je pense avoir compris ! Bonne journée :))