Calcul du phi d'un peptide

[WhiteRabbit]

Bonjour,

Je ne comprends pas comment on fait pour calculer le phi d'un peptide à partir de plusieurs pK, notamment dans le qcm supplémentaire 7 du poly de l'Avent. 

Et deuxième question, concernant l'item D du qcm supplémentaire 6, je ne comprends pas pourquoi il est compté juste. En le faisant je trouve qu'après l'action de la chymotrypsine on obtient 4 peptides puisqu'il y a 3 AA aromatiques donc 3 points de coupure.

Merci

[bêta-arezkin]

Bonjour 

Pour le QCM 7 je t'ai fais un schéma (que tu trouvera en pièce jointe) en gros tu trasse un graphe d'évolution de la charge en fonction du PH et tu trouve l'intervalle où le PH est égale à 0 et tu fais la moyenne des deux extrémités.

Si ce n'est toujours pas clair tu me dis 

Les charges : vert

l'intervalle : délimité avec des traits bleus

les Pk sont en rouge sur le schéma 

Pour l'item D du  QCM 6 il ya 2 AA aromatiques (tryptophane et phénylalanine) normalement. 

 

[WhiteRabbit]

Je comprends le raisonnement mais comment on fait pour savoir que l'alpha aminé = 9.3 est la valeur du NH3+ de la glycine et pas de la lysine, par exemple ? 

Et deuxième question, pour réaliser toutes ces étapes il faut connaître les groupements de chaque AA ? 

[bêta-arezkin]

Bonjour 

En gros quand on te dit groupement alpha ça veut dire que c'est dans le squelette de base de l'acide aminé (NH2-CH-COOH)

Et quand c'est pas alpha c'est dans le radical (enfaîte c'est juste une question de numérotation. 

Pour les radicaux des acides aminés , dans cette situation il te suffit juste de savoir lequel à un groupement acide ou basique (si je les ai dessiné en entier c'est juste pour mieux illustrer)

Si t'as d'autres questions n'hésite pas ;)

[WhiteRabbit]

D'accord j'ai compris ! Merci beaucoup

[nourgayet]

Bonjour ! Pour le même QCM je ne comprend pas pourquoi dans le calcul du pHi total on prend 9,3 et 4 ? Qu'est ce qui détermine qu'on est pris ces 2 valeurs ? Merci !

[WhiteRabbit]

Coucou, alors d'après ce que j'ai compris il faut que tu écrives les groupements des acides aminés et que tu fasses évoluer le pH. En fonction du pH, certains groupements vont s'ioniser et tu vas compter la charge globale à chaque fois. Quand tu arrives à une charge globale nulle c'est bon. Tu regardes ensuite quels sont les pK de part et d'autre de ta charge globale nulle, tu fais la somme et divise par deux et tu obtiens le phi. Je sais pas si c'est très clair.