Mj09r Posted October 20, 2016 Posted October 20, 2016 Bonjour, je n'arrive pas à trouver le bon peptide pour les qcms 4 et 5 du ccb 2012 est ce que quelqu'un pourrait m'aider à avoir le bon raisonnement svpp?
Solution Gwenaelle Posted October 20, 2016 Solution Posted October 20, 2016 Salut ! J'ai regardé tout ça et après réflexion voilà ce que j'ai trouvé : "pep" donne en SDS PAGE -beta ME 1540 Da et +beta ME 770 Da (X2 pour atteindre le poids d'avant) donc ça veut dire qu'il porte 2 chaines reliées par un pont di sulfure. Ensuite on nous donne 7 AA ce qui veut dire qu'ils sont tous en 2 fois sur pep et on va faire l'hypothèse que les 2 chaines sont identique car qd on fait réagir le DNFB sur les peptides issu de l'action de la trypsine on obtient que 2 AA. La trypsine libère 2 fragments donc elle coupe a 1 endroit (R est le seul AA basique donc c'est lui qui est impliqué). Et on sait que la chymotrypsine n'agis pas donc la phenylalanine est en bout de chaine ! Du coup si on compile tout ça on a: T _ R ^ S _ _ F ( le ^ correspond à la coupure par la trypsine) Les tirets peuvent être remplacé par les AA restants ( C; N; E) on les place en fonction des pHi qu'on nous donne, c'est à dire le E entre le T et le R pour avoir un pHi de 6.8 (E et R vont se neutraliser à peu près d'où cette valeur ) Les deux autres sont donc dans les 2 places restantes ! Ce qui nous donne pour le qcm 4 l'item A et E de vrais, les autre faux. Et pour le qcm 5 l'item A, B et E de vrais les autres faux! La D est fausse car T doit être le premier AA de la chaine et F doit être obligatoirement en bout de chaine sinon il y aurait coupure par la chymotrypsine. Voilà en espérant avoir été clair Si tu as d'autres questions n'hésites pas !
Mj09r Posted October 21, 2016 Author Posted October 21, 2016 Merci pour ta réponse, mais je comprend pas comment on peut dire que tous les acides aminés sont présents 2 fois dans le pep et dire que la chymotrypsine est sans effet, certes si il y en a une à la fin ça ne coupera pas mais il y en a bien une autre non ?
Gwenaelle Posted October 21, 2016 Posted October 21, 2016 Oui en effet mais le peptide pep porte 2 chaine sidentique liées par un pont di sulfure donc chaque chaine peu porter un phenylalanine et ne pas être sensible à la chymotrypsine ( il y a 2 bouts de chaines, un sur chaque chaines). T E R ^ S N C F Voilà un petit schéma pas terrible je l'avoue, mais mieux que rien j'espère F C N S ^ R E T L'extrémité rouge est le N term et la verte le C term Entre les 2 C il y a un pont di-sulfure bien sur. Tu comprends mieux ?
Mj09r Posted October 21, 2016 Author Posted October 21, 2016 C'est bon merci j'avais pas bien compris comment le peptide s'agençaient avec les cystéines, juste ce que pas compris la c'est pourquoi quand on coupe par la trypsine après les R on trouve pas 3 peptides de masses 330 330 et 880 vu que normalement le peptide est pas encore traitée par le Bmercaptoéthanol?
Gwenaelle Posted October 21, 2016 Posted October 21, 2016 En fait, c'est exactement ce que l'on obtient, mais on ne peut pas voir les 2 peptides de 330 car ils sont superposés sur le gel
Ancien du Bureau MyriamC Posted November 1, 2016 Ancien du Bureau Posted November 1, 2016 Bonjour je mincruste sur le sujet, mais en suivant ce raisonnement, je ne comprends pas comment on trouve trois peptides de 330, 330 et 880 da si on a, au final, ce peptide : TERSNCFTERSNCF....
Gwenaelle Posted November 1, 2016 Posted November 1, 2016 Salut ! Alors techniquement le peptide c'est 2 chaines avec TERSNCF pour séquence ce qui n'est pas tout a fait pareil que TERSNCFTERSNCF, vu que si c'était ça la séquence la chymotrypsine agirait. Ensuite on obtient les 3 peptides pour chaque chaîne donc au final on en a six mais vu que c'est les même on ne parle que de trois.
Ancien du Bureau MyriamC Posted November 1, 2016 Ancien du Bureau Posted November 1, 2016 D'accord, mais si on a TERSNCF comme chaîne, on a seulement un peptide de 330 et un autre de 440 da. D'où sort le 880 dans ce cas ? Je ne visualise vraiment pas, je suis désolée ^^
Gwenaelle Posted November 1, 2016 Posted November 1, 2016 Ah oui je comprends ton soucis ! En fait, si on prend que TERSNCF on va avoir 2 peptides (un de 330 Da et un de 440 Da). Mais si on prends ce peptide: (2 chaines liés par un pont disulfure) T E R ^ S N C F F C N S ^ R E T On va avoir deux peptides de 330 (de séquence TER) et un de 880 qui correspond au deux de 440 liées part le pont disulfure qui n'est pas rompu par la trypsine. Si on faisait agir le beta mercaptoethanol on aurait 4 chaines, deux de 330 et deux de 440. Tu comprends mieux ?
Ancien du Bureau MyriamC Posted November 1, 2016 Ancien du Bureau Posted November 1, 2016 Ouiiiii !! Tu viens de me débloquer j'ai passé énormément de temps a essayer de comprendre où était le truc qui me manquait ! Merci beaucoup t'es au top Bonne soirée !
Gwenaelle Posted November 1, 2016 Posted November 1, 2016 Avec plaisir Bonne soirée à toi aussi et courage pour la suite !
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