PCR - RTPCR

[jss.maypo]

Salut ! 

J'ai du mal a calculer les paires de bases qu'on obtient après une PCR ou RTPCR, est ce que vous pouvez expliquer comment faire ? Par exemple pour ce qcm : 

Bon j'arrive pas à mettre l'image mais c'est le QCM 17 du poly de l'avant 2023 - 2024

Source : Poly de l'Avant 2023 - 2024

QCM 17 - Le gène PASS est représenté ci-dessous : Les flèches représentent les amorces utilisées en cas de PCR ou RT-PCR. Grâce au schéma du gène, indiquez si les propositions suivantes sont vraies ou fausses :

A. Après la PCR, on obtient un fragment d’environ 1250 pb.

B. En incubant l’ADN avec ECORI et BAMH1, nous obtiendrons 3 fragments d’ADN.

C. Un échec de l’amplification PCR peut être dû à une délétion de l’exon 3.

D. Une mutation de l’exon 1 peut empêcher la réalisation de la PCR.

E. En incubant l’ADN avec BAMHI nous obtiendrons 2 produits de PCR.

 

Mercii

[Bastitine]

Salut @jss.maypo et désolé pour notre réponse tardive.

Il faut bien différencier une PCR d'une RT-PCR. La fragment amplifié au cours d'une PCR est l'ADN génomique, donc il comprend à la fois les exons et les introns ; contrairement à une RT-PCR qui amplifie l'ARNm mature, c'est à dire seulement les exons (notés ici E1, E2 etc) et pas les introns.

 

Pour trouver le nombre de pb en RT-PCR, il faut faire la somme de la taille de tous les exons présents entre les deux amorces (il faut que les amorces soient dans le sens opposé).

 

En PCR, il faut rajouter la taille des introns !

 

En l'occurence dans notre item A, on fait une PCR donc il nous manque la taille des introns qui n'est pas donnée. Même si l'item nous indiquait une RT-PCR, on aurait trouvé 950pb et pas 1250 car la séquence amplifiée comprend les 3 premiers exons mais pas le dernier. Il faut donc faire 100 + 600 + 250 = 950pb.

J'espère que mes explications t'ont aidé ! Si tu as besoin d'aide sur les autres items du QCM n'hésite pas.

Bon courage

[jss.maypo]

Très bien merci pour la différence entre PCR et RTPCR !

PAr contre, dans la correction, ils ont trouvé : QCM 17 - ACD

B. Le site de restriction BAMHI sur l’exon 4 est en dehors du cadre d’amplification borné par les amorces. Il n’y aura donc que 2 fragments dus au clivage sur le site EcoRI.

D. (VRAI) Si la mutation touche la zone où l’amorce s’hybride.

E. BAMHI n’est toujours pas dans la partie amplifiée !

 

Donc je sais pas comment ils ont trouvé 1250pb ? Comment faire pour calculer la taille des introns ? 

 

Merci pour vos réponses

[Bastitine]

Resalut

Du coup c'est forcément une erreur pour la A, si on ne te donne pas la taille des introns tu ne peux pas la calculer. Ils sont souvent en réalité beaucoup plus grands que les exons et sont donc réduits sur un schéma. C'est pour ça qu'on ne peut pas utiliser le schéma pour trouver à peu près la taille des introns, il faut absolument qu'elle soit donnée dans l'énoncé.

Bonne journée