Sources et régulation du cycle de Krebs

[Batman_sans_Robin]

Bien le bonjour à vous, navré du dérangement en ce dimanche matin, 

 

J'aurais besoin d'une explication concernant ces diapos sur les sources et régulations du cycle de Krebs svp : https://goopics.net/i/sf9xsu

 

Pour la partie régulation, avec le poly du TAT j'ai compris (j'espère) que la PDH ainsi que l'ATP/ADP et le NADH/NAD inactivent/activent le cycle suivant leur "concentration". Mais je n'arrive pas trop à faire le lien avec le diaporama. 

 

Aussi, le poly mentionne un contrôle allostérique avec la citrate synthase, l'isocitrate déshydrogénase et l'a-cétoglutarate déshydrogénase. Je ne sais pas si c'est parce que j'ai pas compris mais je n'ai pas l'impression que la prof en ai parlé.

 

 

Bien à vous, Batman (:

[An-schawnn]

Salut Batman

je suis qu’un autre PASS mais je crois avoir bien compris cette partie donc je tente d’expliquer, si je fais des faute je laisse les merveilleux tuteur me corriger 

D’abord pour la premiere slide 

ce slides, il me semble qui explique les different produit que peut faire le pyruvate, en fonction de ce qu’il manque pour assurer le cycle en gros. Donc le pyruvte peut se transformer en oxaloacétate, en consommant de l’ATP et du CO2. C’est pas marqué sur le slide mais celle si est une réaction irreversible 

Ensuite on à la deuxième reaction à droite qui est celle du pyruvate en acétyl-CoA, celle ci est détaillé dans la partie du cours sur la pyruvate déshydrogènase. 

Ce schéma indique aussi que les acide gras peuvent être aussi transformé en acétyl-CoA, ceci il me semble sera détaillé dans le cours de biochimie de la semaine à venir 

La deuxième slides, ici ca détaille comment l’acétylène-CoA agis sur les different réaction et comment il les régules

tout d’abord on vois une flèche avec un plus vers le pyruvate carboxylase, cela veut dire que l’acétyl-CoA, à forte concentration à un effet positif, il active la pyruvate carboxylase. Cela permettra à plus de Oxalo-acétate d’être créé et donc pourra être utilisé comme substrat de la premier réaction du cycle de Krebs 

ensuite on vois une autre flèche qui indique qu’il à un effet positif, activant de la citrate synthase, donc il va favoriser son entré dans le cycle, et sa transformation en citrate par condensation avec l’oxalo-acétate 

finalement, il à un effet négatif, inhibiteur de la pyruvate déshydrogénase, donc il va empécher la création de plus d’acétyl-CoA à partir du pyruvate 

en gros, à forte concentration l’acétyl-CoA inhibe la réaction auquel il est produit et active celle auquel il est substrat 

Cette slides, il me semble que c’est par rapport au NADHH et ATP/ ADP, de ce que j’ai compris perso, c’est surtout en fonction du rapport ADP/ATP, et de la concentration de NADH,H

si celui si est bas, c’est a dire qu’il y a peux d’ADP et beaucoup d’ATP alors:

on aura un effet inhibiteur sur le pyruvate déshydrogénase et la citrate synthase, donc on va ralentir le cycle de krebs et pour limiter la production d’énergie car on en a déjà beaucoup 

si ce rapport est élevé, c’est a dire beaucoup d’ADP, on aura un effet positif sur la citrate synthase, indiqué par une flèche et un plus sur le diapo, pour créé plus d’énergie 

finalement la dernier diapo, c’est celle que je trouve est la plus compliqué,

Si, j’ai bien compris en gros quand l’organisme a vraiment besoin d’énergie, il dégrade des protéines en AA, qu’on peut retrouver dans ce diapo, pour resynthestisé du glucose, je laisse quelqu’un d’autre détaillé plus cela car j’ai à aussi un peux de mal sure cette slide.

J’espère que ca pu aidé et passe un bon weekend!

[POMME]

Coucou, je me permet d’expliquer les diapos, si jamais les tuteur biochimie veulent rajouter quelque explication c’est avec grand plaisir. 

 

 

Sur ta première diapos on explique juste les différentes réaction :

 

On t’explique que à partir de pyruvate, de NAD+ et de CoA-SH la pyruvate déshydrogénase va permettre de former de l’Acétyl-CoA, du NADH,H+ et du CO2.

 

On t’explique aussi que à partir de pyruvate, d’ATP et de CO2 la pyruvate carboxylase va pouvoir former de l’oxalo-acétate ansi de que de l’ADP,Pi

 

Le fait que pour ces deux reactions tu es une double flèche signifie que les réaction vont pouvoir se faire dans les deux sens. 

 

 

Les deux diapos suivantes explique les régulations que vont pouvoir entraîner les différents composant du cycle de Krebs, voici la liste :

 

- Acétyl-CoA : régulations négative de la pyruvate déshydrogénase => plus on a de acétyl-CoA, moins on a besoin d’en former.

régulation positive de la pyruvate carboxylase => si on a beaucoup d’acétyl-CoA on va stimuler la production d’oxalo-acétate pour pouvoir lancer le cycle de krebs et consommé l’acétyl-CoA

régulation positive de la citrate synthétase => la citrate synthétase va permettre de transformer l’oxalo-acétate en citrate et ainsi lancer le cycle de krebs, cette réaction va à son tours consommer l’acétyl-CoA.  

 

- ATP et le NADH,H+ (ils ont les même régulation alors je les fait ensemble) : régulation négative de la pyruvate déhydrogénase => cette réaction permet de produire du NADH,H+ donc si on a en grande quantité on va vouloir arrêter d’en former plus. Pour l’ATP c’est un peu plus complexe, en gros ton cycle de krebs va permettre de former de l’ATP donc si tu en a beaucoup tu ne veut pas relancer le cycle de krebs car tu as déjà assez d’ATP, donc tu ne vas pas former d’Acétyl-CoA pour empêcher le lancement du cycle de krebs. Le cycle de krebs produit également du NADH,H+ donc le même raisonnement s’applique également pour lui.

régulation négative de la citrate synthétase => exactement le même raisonnement que plus haut, le cycle de krebs permet de fabriquer in fine de l’ATP et du NADH,H+ donc si on en a déjà beaucoup on veut pas en faire plus donc on bloque le cycle.

 

- ADP : régulation positive de la citrate synthétase => Dans le cycle de krebs on va consommer de l’ADP pour former de l’ATP, ainsi si on a beaucoup d’ADP cela va stimuler le lancement du cycle par la citrate synthétase afin que ce dernier soit consommer.

 

En résumer si tu as un excès d’un composant, cela va stimuler positivement les réactions qui permettent sa consommation et négativement les réaction qui permettent sa production. 

 

 

 

Enfin en plus des différentes réaction que vous avez vu on vous rajoute différentes réactions qui mettent en jeux les composants du cycle et qui on lieux dans le foie elles font partie de ce qu’on appel la néoglucogenèse qui est exclusive au foie (pas en totalité dans la réalité mais il me semble que pour cette année vous devez retenir que c’est seulement dans le foie) En gros ces réaction vont toutes permettre de reformer du glucose , je vais t’en faire un résumer si dessous mais elle ne sont pas vraiment approfondi cette année, vous les reverrai en deuxième année de médecine. 

 

On te dit que l’oxalo-acétate peut-être transformé en acide aspartique ou aspartate (et inversement) que l’aspartate a la capacité de sortir de la mitochondrie puis de reformer de l’oxalo-acétate qui lui même va permettre de reformer du glucose.

 

On te dit que le Malate est capable lui aussi de sortir de la mitochondrie puis de former de l’oxalo-acétate afin que à nouveau ce derniers puisse se transformer en glucose.

D’ailleurs ce n’est pas explicitement précisé mais comme la réaction de transformation du malate en oxalo-acétate n’est pas irréversible, ton oxalo-acétate va également pouvoir se retransformer en malate afin de faire la néoglucogenèse. 

 

On te dit également que alanine, la sérine et la cystéine permettent de former du pyruvate qui permet à son tours de former grâce à la pyruvate carboxylase de l’oxalo-acétate et donc du glucose.

 

A partir de proline, d’histidine et d’arginine tu vas pourvoir former de l’acide glutamique ou glutamate qui va permettre a son tour de former de l’alpha-cétoglutarate qui peut être utilisé dans le cycle de krebs et permettre de former du malate pour reformer du glucose.

 

Voilà j’espère que c’est un peu plus clair pour toi et que tu as mieux compris cette partie du cours, si jamais tu as d’autres questions n’hésite pas.

[sofiaspirine]

Coucou! @POMME a super bien expliqué y a pas grand chose à ajouter mais si ça peut aider, pensez au principe de le chatelier que vous avez vu en chimie si je ne me trompe pas. Une forte concentration en substrat va favoriser la réaction dans le sens de production des produits et inversement s'il y a une forte concentration en produits, le but étant d'atteindre un équilibre. Étant donné que beaucoup de réactions métaboliques sont endergoniques donc nécessitent un apport énergétique extérieur pour se réaliser, on les combine à des réactions exergoniques. C'est pour ça qu'à chaque réaction il y a en réalité 2 réactions qui ont lieu en même temps. Voilà j'espère avoir pu aider!

[Batman_sans_Robin]

@sheeepie merci beaucoup d'avoir pris le temps de me répondre , également merci @POMME.

Vos explication étaient super claires !!! 

 

Bon dimanche à vous (: