Retrouver la séquence d'un peptide

[jean.r]

Bonjour, 

J'ai une question concernant un qcm du poly de l'avant 2020 - 2021:

 

ENONCE:

 

Durant leurs vacances de Noël, des étudiants en PASS s’ennuient de ne plus avoir de cours à réviser. Ils décident donc de se rendre dans le laboratoire d’analyse du père de l’un d’eux. Il leur raconte qu’il est actuellement en train de séquencer les acides aminés d’un peptide appelé LUTIN et leur demande d’en déduire sa composition. Il leur donne les informations suivantes : - Il a une masse de 770 Da. - Seulement après action du β-Mercaptoéthanol, il est clivé en deux par la chymotrypsine et donne parmi les produits un peptide nommé NEIGE de 550 Da. - Le DNFB utilisé sur NEIGE donne un résidu DNP-His. - En séparant tous les acides aminés individuellement et en leur faisant passer un test à la ninhydrine, il trouve un résidu coloré en jaune. - Une carboxypeptidase utilisée sur NEIGE révèle un résidu très acide. Il précise également le pK de certains groupes d’atomes : pKa (α-carboxylique du 3ème résidu) = 1,8 ; pKb (α-aminé du 3ème résidu) = 9,2 ; pKr (β-carboxylique) = 3,9 ; pKr (imidazole) = 6 ; pKr (γ-carboxylique) = 4,2 ; pKr (guanidium) = 12,5 À partir des données ci-dessus, on peut dire que :

 

Correction: 

 

Ensuite, la chymotrypsine à une action sur lui, donc il comporte un acide aminé aromatique (noté aroma pour la suite). Seulement, elle ne libère 2 peptides en coupant qu'après action du β-Mercaptoéthanol ce qui signifie qu'il y a présence d'un pont disulfure (et donc de deux cystéines) dans LUTIN mais surtout que ce pont est INTRA-chaîne. En effet, s'il était INTER-chaînes, la chymotrypsine libèrerait quand même 2 peptides contrairement à un INTRA-chaine qui laisse accrochés les deux fragments entre eux même après clivage.

 

 

Je ne comprends pas la partie du pont di sulfure, comment on détermine si le pont di sulfure est intra chaine ou inter chaine ?

Mercii

[Ana_stomose]

Hello @jean.r !!

Alors, on va faire la difference entre les deux types de ponts:

Ponts interchaine = ponts disulfure formé entre deux chaînes différentes, donc t’as un peptide lié à un autre peptide, ce pont il a une paticularité il est directement coupé par la chymotripsine

Pont intrachaine = pont désulfure formé au seine d’une meme chaîne, la parrticularité c’est qu’il résiste à la coupure   Si on coupe uniquement avec la chymotripsine. Par contre si jamais on rajoute du betamercaptoethanol avant et qu’ensuite on met la chymotrispine, la ça va couper !

Voila j’espère que ça t’as aidé ! Sinon n’hésite pas, je préciserai !

Bon courage !!!

Edited November 3, 2024 by Ana_stomose

[jean.r]

Mercii @Ana_stomose, j'avais pas compris que la chymotripsine pouvait couper des pont inter chaine.

Mais donc l'ordre dans lequel on introduit le betamercaptoéthanol et la chymotripsine influence les peptides qu'on va retrouvrer à la fin ?

Fin dans un cas il sera coupé et dans l'autre non ?

Bonne soirée

[Ana_stomose]

Et oui ! L’ordre va etre tres important car le betamercaptoethanol va réduire le pont disuflure intra chaîne ce qui va le rendre vulnerable face à l’action de la chymotripsine. C’est plus clair comme ça ? 

[PolymeraseN]

  On 11/3/2024 at 8:09 PM, jean.r said:

Mercii @Ana_stomose, j'avais pas compris que la chymotripsine pouvait couper des pont inter chaine.

Mais donc l'ordre dans lequel on introduit le betamercaptoéthanol et la chymotripsine influence les peptides qu'on va retrouvrer à la fin ?

Fin dans un cas il sera coupé et dans l'autre non ?

Bonne soirée

Expand  

Ça va te permettre de passer à une structure primaire, sur laquelle ensuite ta chymotrypsine va pouvoir agir.

[jean.r]

Merci @Ana_stomose et @PolymeraseN c’est super clair j’ai compris 

Merci :) 

[Rc08]

@Ana_stomose@PolymeraseN

Coucouu, désolée de rajouter mon grain de sel mais je trouve pas trop la réponse à ma question dans tout ce forum 

 

Duncoup est ce qu’on peut dire qu’à chaque fois que le bêta mercaptoethanol produit un effet sur un peptide, alors c’est qu’il comporte des ponts disulfure INTRA chaîne ? 

 

[Ana_stomose]

Hello @Rc08 !

Oui tout à fait ! Si on te dit que le peptide a été réduit sous l’action du betamercaptoethanol alors il y avait un pont intrachaine, mais attention c’est pas lui qui coupe ce pont, c’est bien la chymotripsine qui va couper apres la reduction !

est ce que c’est plus claire comme ça ? 

Sinon n’hésite pas ! 

Bon courage !!!

[Rc08]

Oui super c’était pour être sure ! 

Mercii