Amplification PCR amorces U

[phnase]

Bonjour, sur le sujet 1 du poly de l’avent 2021 2022 QCM14, l’ item D est marqué juste, pourtant j’avais compris que lorsqu'on cherchait des amorces il fallait remplacer les U par des T pour recopier le brin complémentaire. Est ce que quelqu'un peut m’éclairer sur cette notion ?

Merci d’avance 

[p'tite_crevette]

Coucou ! Pour chercher des amorces on peut utiliser des U ou des T. Le plus souvent on choisi des T lorsque l'on part de l'ADN  et des U lorsque l'on part de la protéine et/ou de l'ARN (comme ici). Je pense que c'est fait en fonction de ce que l'on a pour éviter de se perdre. Si l'amorce contenait des T au lieu des U elle aurait été aussi juste.

Il faut bien sur ne pas mélanger avec des QCMs qui parle explicitement de l'ADN ou de l'ARN dans ce cas là un seul nucléotide est possible.

Edited November 2, 2024 by p'tite_crevette

[shimy_z]

Salut, salut 

Alors il me semble que dans la majorité des cas pour une PCR d'ADN, effectivement on utilise la thymine T, mais on peut aussi utiliser l'uracile U mais ce sera moins stable. Ici, on est dans une amplification d'ARN de ce que j'ai compris, donc il serait logique d'utiliser l'uracile pour remplacer la thymine dans les amorces. 

Je veux bien confirmation de @Bastitine, ou de @POMME

Sinon n'hésites pas si tu as d'autres questions.

[Bastitine]

Salut à tous !

Les formulations présentes dans ce QCM sont très bancales je dois dire.

Pour les items A et B, il faudrait écrire "la séquence codant le peptide X/Y" autrement la phrase n'est pas correcte du tout.

Pareil pour les items D et E, on ne peut pas amplifier par PCR un peptide. L'item C n'est pas clair non plus, mais il semble demander combien d'ARNm différents peuvent mener au peptide X. Bref le QCM entier n'est pas bien formulé.

 

Maintenant pour les amorces, elles peuvent être à ADN ou ARN, la grande majorité étant à ADN car plus stables, mais il est toujours possible d'utiliser des amorces d'ARN. Mais les profs, en cours et en QCMs, ne parlent quasi que d'amorces d'ADN car se sont les plus utilisées. Sur le cours de la PCR, le professeur Couderc parle "d'oligonucléotides", qu'ils soient désoxy ou non.

 

Bon courage tu peux être fier de toi !

Merci beaucoup vous êtes top @p'tite_crevette @shimy_z 

[phnase]

Il y a 5 heures, Bastitine a dit :

Salut à tous !

Les formulations présentes dans ce QCM sont très bancales je dois dire.

Pour les items A et B, il faudrait écrire "la séquence codant le peptide X/Y" autrement la phrase n'est pas correcte du tout.

Pareil pour les items D et E, on ne peut pas amplifier par PCR un peptide. L'item C n'est pas clair non plus, mais il semble demander combien d'ARNm différents peuvent mener au peptide X. Bref le QCM entier n'est pas bien formulé.

 

Maintenant pour les amorces, elles peuvent être à ADN ou ARN, la grande majorité étant à ADN car plus stables, mais il est toujours possible d'utiliser des amorces d'ARN. Mais les profs, en cours et en QCMs, ne parlent quasi que d'amorces d'ADN car se sont les plus utilisées. Sur le cours de la PCR, le professeur Couderc parle "d'oligonucléotides", qu'ils soient désoxy ou non.

 

Bon courage tu peux être fier de toi !

Merci beaucoup vous êtes top @p'tite_crevette @shimy_z 

Merci beaucoup beaucoup à vous 3 et bonne soirée 

[Ainho]

Bonjour j’ai aussi une question par rapport aux amorces que l’on doit utiliser en PCR. Il me semblait que l’on pouvait utiliser l’amorce 1 si en étant orienté en 5’->3’ la séquence était identique à une portion de la première séquence du brin codant mais aussi si l’amorce proposée est oriéntée  en 3’->5’ (en vérifiant si la séquence est identique à une portion de la séquence du brin codant en lisant de 3’->5’) mais je vois dans une correction de qcm que des lorsque que l’amorce est présentée dans le sens 3’->5’ meme si la séquence est identique en lisant dans le même sens l’amorce n’est pas valable. C’est compliqué à expliquer j’espère que quelqu’un a compris ce que j’essaye de dire et qu’il va pouvoir me répondre merci d’avance !!

[p'tite_crevette]

Coucou ! Je crois avoir compris ce que tu expliques. Il y a des "règles" qui montres qu'une amorce est conforme ou non, notamment il faut toujours que l'amorce présentée soit (dans le QCM) dans le sens 5'->3', sinon même si les nT sont dans le bon ordre elle est comptée fausse.

J'espère avoir bien compris ta question :)

[Ainho]

D’accord merci beaucoup !!