Doigts de zinc

[jss.maypo]

Salut,

Je bloque sur la notion des doigts de zinc (diapo 29 du prof), comment on les repère sur une séquence ??

Mercii

 

 

[Addie]

Salut ! 

les doigts de zinc correspondent à la structure du domaine C des récepteurs nucléaires .Ce sont des motifs structuraux des facteurs de transcription, ils se fixent à des séquence d'ADN pour réguler l'expression des gènes. Ils ne font  pas partie de la séquence d'ADN.

Tu n'as donc pas à les repérer sur une séquence.

[jss.maypo]

D'accord, merci

Mais par exemple au td, il y avait un qcm qui portait sur ça alors je n'ai pas trop compris les items : Pouvez-vous les reprendre ? 

(je voulais copier l'image mais j'ai pas réussi, j'espère qu'avec le lien ça marche) 

 

blob:chrome-untrusted://media-app/c7fe1f4c-19aa-4434-a2fb-abef7ef7d57d 

Mercii

 

[Bastitine]

Salut !

Dans le cadre de ce type de qcms, il faut savoir reconnaître si la séquence code pour 4 cystéines, ou alors 2 cystéines et 2 histidines. Si tu ne trouves aucune de ces deux possibilités, c'est que la séquence d'ARNm ne peut pas coder un doigt de zinc. Il faut s'aider du code génétique pour essayer de retrouver dans la séquence des codons qui codent pour ces acides aminés, nécessaires à la formation du doigt de zinc.

On peut te détailler la démarche si tu as besoin

Edited November 1, 2024 by Bastitine

[Addie]

Je n'ai pas réussi à ouvrir le lien

Est ce qu'il s'agit du QCM3 du TD2 ?

[jss.maypo]

il y a 17 minutes, Bastitine a dit :

On peut te détailler la démarche si tu as besoin

Merci, je veux bien que tu expliques la démarche s'il te plait !

 

Et oui c'est bien le qcm 3 du TD 2

[Bastitine]

Salut @jss.maypo désolé de te répondre tard, j'espère que tes révisions se passent pour le mieux Félicitations pour ton travail jusque là !

 

Du coup ce QCM n'est pas celui dans lequel tu as besoin de reconnaître la séquence d'un doigt de zinc (celui auquel je pensais).

 

Les 3 premiers items sont des questions de cours : A. Le domaine de liaison à l’ADN est localisé dans la région C-terminale de la protéine. FAUX le domaine de liaison à l'ADN c'est le domaine C, en plein milieu de la protéine, donc ni en Nter ni en Cter.

Item B : Le domaine de liaison à l’ADN de ce récepteur contient des structures en doigt de zinc. C'est VRAI, comme quasi tous les domaines de liaison à l'ADN.

L'item C est sûrement VRAI aussi, c'est comme ça que marchent les récepteurs nucléaires, qui transloquent du cytoplasme vers le noyau après liaison du ligand.

L'item D est plus complexe. Là, il faut dessiner le double brin de l'élément de réponse de l'énoncé, pour déterminer si la répétition est directe ou inversée. Les n nous indiquent la présence de 3 à 6 nucléotides entre les deux parties du brin, ce qui est tout à fait normal dans la structure de l'élément de réponse.    

------->                    

5' AGGTCAnnnTGACCT 3'

3' TCCAGTnnnACTGGA 5'

                   <--------

Ici la répétition est inversée, c'est pourquoi l'item est FAUX.

Pour l'item E, la structure en doigt de zinc est nécessaire pour reconnaître l'ADN donc il faut du zinc, c'est pourquoi je pense que l'item est FAUX.

 

Je n'ai pas la correction du QCM donc il n'est pas impossible que je me sois trompé, dis le moi si c'est le cas ^^

Dis moi si une partie n'est pas claire pour toi

Bon courage, travaille bien !

[Passensible]

Coucou @Bastitine, 

Merci bcp j'ai bien compris ce qcm grâce à toi. 

 

J'avais une qst stp: quand tu dis cela: 

Le 01/11/2024 à 17:40, Bastitine a dit :

Dans le cadre de ce type de qcms, il faut savoir reconnaître si la séquence code pour 4 cystéines, ou alors 2 cystéines et 2 histidines. Si tu ne trouves aucune de ces deux possibilités, c'est que la séquence d'ARNm ne peut pas coder un doigt de zinc. Il faut s'aider du code génétique pour essayer de retrouver dans la séquence des codons qui codent pour ces acides aminés, nécessaires à la formation du doigt de zinc.

 

Ca veut dire que dans ce genre de qcm, si j'ai par ex cette séquence  5' CCC UCU CAU UUC CAC AAU GUU AAC CCU CAC GAU CAU GGU AAU UUU 3' , pr savoir si mon ARNm code pr un doigt de zinc ou pas, il faut que je cherche dans ma séquence (TELLE QU'ELLE EST?) si j'ai soit 4 cys ou 2 cys et 2 His , si je trouve l'une des 2 c'est que oui il code pr un doigt de zinc? 

 

Merci d'avance!!

[Bastitine]

Sallu @Passensible ^^

Alors déjà si on te précise dans l'énoncé que CCC code une proline dans la protéine formée c'est bien que le cadre de lecture utilisé est celui-ci

Tu as trouvé cette séquence où ? Elle a l'air de coder 4 histidines et aucune cystéine (ses codons étant UGU et UGC) donc c'est incompatible avec la structure en doigt de zinc.

En effet si tu trouves l'une des 2 c'est que la séquence peut coder une structure en doigt de Zn.

Bon courage !!!

 

 

[Passensible]

OUII, l'énoncé complet était comme ça (je l'ai trouvé ici sur le forum): "Soit la séquence d'une région codant un doigt de zinc du facteur de transcription trenteetun, avec comme premières bases CCC codant une proline: 5' CCC UCU CAU UUC CAC AAU GUU AAC CCU CAC GAU CAU GGU AAU UUU 3'"

 

Mais du coup ca veut dire que c'est que si il y a CCC dans la séquence qu'il y a un cadre de lecture ouvert ou y a d'autres codons qui indiquent la même chose? et si je n'avais pas CCC j'aurai pas du utiliser cette séquence pr savoir si il y a une structure en doigt de zinc ou pas? 

 

Merciii

[Bastitine]

4 minutes ago, Passensible said:

OUII, l'énoncé complet était comme ça (je l'ai trouvé ici sur le forum): "Soit la séquence d'une région codant un doigt de zinc du facteur de transcription trenteetun, avec comme premières bases CCC codant une proline: 5' CCC UCU CAU UUC CAC AAU GUU AAC CCU CAC GAU CAU GGU AAU UUU 3'"

 

Mais du coup ca veut dire que c'est que si il y a CCC dans la séquence qu'il y a un cadre de lecture ouvert ou y a d'autres codons qui indiquent la même chose? et si je n'avais pas CCC j'aurai pas du utiliser cette séquence pr savoir si il y a une structure en doigt de zinc ou pas? 

 

Merciii

Enft l'indication de l'énoncé te permet de savoir quel est le bon cadre de lecture à utiliser pour chercher les codons de l'histidine et de la cystéine. Il y aura toujours une indication de ce genre dans ce type de qcm.

Ici c'est une indication spécifique de la séquence en question, mais par exemple si elle comme par UGG, il te dira que UGG est lu par le ribosome et code pour le tryptophane. Si elle comprend un CUA, l'énoncé te dira que le codon CUA code la leucine etc

Peu importe le codon utilisé, cette indication te sert à ne pas te tromper de cadre de lecture. Le CCC n'est pas spécifique de ce type d'exo du tout.