Calcul du phi

[JePASScetteannée]

Bonjour! 

 

Je n’ai pas bien compris comment choisir les bonne valeur pour le calcul du PHi. Je pensais par exemple que si l’acide aminé était acide, alors PH est inférieur a PHi donc Phi sera grand et on prend les valeur de  l’amine et de la fonction carbonyle les plus haute. Cependant, ce n’est pas ce qui a été fait dans la correction du B, soit le calcul du Phi de l’Asparagine ( on a pris les deux valeurs « carboxy »). Quelqu’un pourrait m’éclairer ? 

Merci d’avance!

[JePASScetteannée]

J’ai également essayé de comprendre la question C et je ne vois pas trop comment on peut calculer le pHi de la Lysine comme cela a été fait dans la correction. D’ailleurs rien qu’en elle-même, je vois pas trop comment résoudre la question 

[dzinthesky]

Coucou @JePASScetteannée !

Tout d'abord, le pHi c'est le point isolélectrique, càd lorsque le bilan des charges d'un acide aminé est nul : on dit que l'aa est sous sa forme zwitterionique. Pour le calculer, tu as besoin des pk qui sont donnés dans l'énoncé mais en effet, il vous manque le pkb pour calculer le pHi de l'Asp (qui est l'aspartate et non l'asparagine notée Asn !!).

 

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update, je pense que le pk de la fonction b-carboxylique c'est censé être celui de la fonction g-carboxylique donc juste une erreur au niveau des lettres grecques lol 

 

Le pHi, c'est la moyenne des pk qui entoure la forme zwitterionique (z). Il faut donc regarder tous les groupements ionisables de l'acide aminé :

- la fonction a-carboxylique en Cter avec pka carboxylique = 2,1

- la fonction a-aminé en Nter avec pka amine = 9,3

L'aspartate possède une particularité supplémentaire, il porte une fonction ionisable sur sa chaîne latérale : la fonction ß-carboxylique (donc une fonction acide carboxylique portée par le carbone ß), avec pkb-carboxylique = 3,9 (d'après les données du prof)

 

Une fois toutes les fonctions identifiées, tu dois identifier les pk qui entourent la forme z. Il faut savoir qu'avant de passer son pk, la fonction acide carboxylique est sous sa forme COOH, et une fois son pk passée, sous sa forme COO-. On a donc une perte de charge + à ce moment-là. Pareillement pour la fonction amine, avant de passer son pk, elle est sous la forme NH3+, et une fois son pk passée, sous sa forme NH2+. On a aussi une perte de charge +. 

 

Si on reprend l'Asp, dans l'ordre croissant des pk : 

(issue du diapo de TD du prof) 

 

Tu vois alors que c'est le pka, a-carboxylique et le pkr, b-carboxylique, qui entoure la forme Z. En faisant la moyenne des 2, tu trouves ton pHi = 3.

 

Pour la lysine : 

Tu as comme groupement : 

a-carboxylique = 2,1

a-aminé = 9,3

ε-aminé = 10,5 

 

En reprenant le même raisonnement, la forme Z se trouve entre le pka-aminé et le pkε-aminé. donc pour faire la moyenne, tu fais (9,3+10,5)/2 =9,9. 

 

Au final : 

pHi Lys = 9,9

pHi Asp = 3

pHi Val = (2,1+9,3)/2=5,7. 

 

Ainsi à pH=7, pHi<pH pour Val et Asp, et pHi>pH pour Lys. Sur une chromatographie échangeuse d'ions, Val et Asp seront retenues par les charges + de la résine, seul Lys sera éluée !

 

Dis moi si c'est plus clair, n'hésite pas si tu as d'autres questions, ou besoin que je reprenne mon explication !!

 

Bon courage :))

[Aquadorine.]

Coucou, est ce que tu pourrais expliquer ce qu’est la forme z et comment savoir où elle est ? Sinon merci beaucoup pour ton explication, pareil je comprenais pas ce qcm !!

[dzinthesky]

Coucou @Aquadorine., la forme z, c'est la forme zwitterionique de ton acide aminé, ou de ton peptide c'est-à-dire, la forme pour laquelle il est neutre (bilan de charges nul).

Pour trouver la forme zwitterionique d'un acide aminé possédant un groupement ionisable sur sa chaîne latérale, comme la lysine : 

Il faut raisonner à l'aide des pk de l'ensemble des groupements ionisables donnés. 

  On 10/28/2024 at 4:48 PM, dzinthesky said:

Il faut savoir qu'avant de passer son pk, la fonction acide carboxylique est sous sa forme COOH, et une fois son pk passée, sous sa forme COO-. On a donc une perte de charge + à ce moment-là. Pareillement pour la fonction amine, avant de passer son pk, elle est sous la forme NH3+, et une fois son pk passée, sous sa forme NH2+. On a aussi une perte de charge +. 

Expand  

Puis tu fais le bilan des charges pour chaque forme de l'acide aminé et la forme zwitterion est la forme pour laquelle ce bilan est égal à 0 ! Tu trouves ainsi les 2 pk entourant le zwitterion, qui te serviront à calculer le pHi. 

 

Est-ce que c'est plus clair ?

[Aquadorine.]

C’est très clair, merci beaucoup !!