[ERRATA COLLE N°6] Génome

[Paulimère]

Coucou tout le monde, 

 

Comme d'habitude, voici le post pour discuter des erreurs et remarques sur le sujet de la colle n°6 de génome, qui nous serons remontés par la suite. N'hésitez pas à poser toutes vos questions !

 

Concernant le programme de cette semaine : 

- Formation ICM, MARDI 29 octobre de 18h à 19h30 (le lien d'inscription est sur tutoweb) 

- Permanence en DISTANCIEL sur discord jeudi de 18h à 19h30 (le lien du discord est sur tutoweb aussi)

 

Des gros bisous et bon courage ! 

[Atss]

Bonjour, 

 

Par rapport a l’item C du qcm 19, je ne comprend pas pourquoi il est compté comme vrai. 

« On trouve des nucleosides modifiés dans les ARNt tel que l’inosine qui est une adénosine desaminée et hydroxylée »

je ne suis pas sur de ce que j’avance mais on parle bien de l’Adenine qui se transforme par desamination oxydative en hipoxanthine et donc le nucleoside passe d’une adénine a une inosine. 

Si c’est bien cela, pourquoi l’inosine est une adénosine desaminée et hydroxylée et pas plutôt une adénosine desaminée et oxydée ? 

[luluu.c]

Hello, 

Tu as raison l’inosine provient bien de l’adénosine qui a subi une désamination oxydative pour transformer sa base en l’adénine en hypoxanthine. Je suis d’accord avec toi, on transforme l’adénosine en inosine en ajoutant C=O, ce qui n’est pas vraiment une hydroxylation (ajout de OH). 
 

Cependant, l’hydroxylation reste une forme d’oxydation, peut-être c’est ce que voulait dire l’item … à voir avec les RM. 
 

Je suis désolée de ne pas pouvoir t’apporter plus de réponses !

[Nosnos123]

 Bonsoir,

 

Concernant le QCM23, je pense que le peptide comportera 4 acide aminés, et la Met du codon AUG ne sera pas considérée comme le codon start car dans l’énoncé; c’est écrit « la séquence codante d’un ARNm » donc tout est codé. 

 

si on comptait le AUG comme un codon initiateur dans cet exemple alors dans l'énoncé normalement on écrit « soit la séquence d’ARNm suivante. » et d’ailleurs y’a le meme exemple sur un QCM de TD, et je pense que c’est exactement ce que la prof a dit ce matin!

 

si vous remarquez la on a compté le AUG comme un codon START parce que dans l'énoncé; ce n’est pas écrit que c'est une séquence codante. Donc on doit chercher le AUG pour commencer.

 

Et du coup l’item E devient faux. 

 

Si je ne me trompe pas, je pense que c'est comme ça! 

 

Bonne soirée. 

 

[Bastitine]

Salut @Nosnos123 ! En effet c'est un abus de langage de notre part que nous avons oublié de modifier et tu as totalement raison. On a manqué de justesse dans nos propos

 

Comme tu l'as dit, quand on dit séquence codante c'est que la cadre de lecture est déjà ouvert.

L'item 23.E passe donc FAUX

Fort heureusement les items précédents restent inchangés, mais on va aussi modifier leur correction pour qu'ils illustrent bien la situation.

 

Bonne soirée

 

 

[Atss]

@Bastitine

bonsoir, par rapport à l’item que j’ai cité au dessus, qu’es ce qu’il faut en penser ?

Il y a 5 heures, Atss a dit :

 

Bonjour, 

 

Par rapport a l’item C du qcm 19, je ne comprend pas pourquoi il est compté comme vrai. 

« On trouve des nucleosides modifiés dans les ARNt tel que l’inosine qui est une adénosine desaminée et hydroxylée »

je ne suis pas sur de ce que j’avance mais on parle bien de l’Adenine qui se transforme par desamination oxydative en hipoxanthine et donc le nucleoside passe d’une adénine a une inosine. 

Si c’est bien cela, pourquoi l’inosine est une adénosine desaminée et hydroxylée et pas plutôt une adénosine desaminée et oxydée ? 

 

[jlr.10]

Bonjour !

 

Bon du coup effectivement mon explication ne marche pas avec le QCM 23, à cause du « séquence codante » . Mais en tous cas si il n’aurait pas eu le mot « codante » cette explication collerait bien avec ce QCM. 

Alors sur le QCM n°23 il y a plusieurs choses aux quelles ils faut faire attention.

 

• La 1ère chose à laquelle il faut faire attention est que dans l’énoncer on nous dit que la traduction et chez les procaryotes donc le premier acide aminé du peptide (= séquence d’acide aminé inférieur à 50 aa) sera forcément une formyl-méthionine. 

 

• En effet quand on lit la séquence de cet ARNm : 
  • on lit les nucléotides 3 par 3 , ça revient a dire que on lit les codons un par un  (puisque un codon contient 3 nucléotides)
  • Le PREMIER  AUG, sur lequel on tombe c’est le codon d’initiation. Ce qui signifie qu’à partir de ce codon d’initiation tous les codons (et donc les triplets de nucléotides) qui suivent codent pour des aa qui constitueront ta protéine.  Mais /!\ cela est vrai jusqu’à ce qu’on tombe sur un codon stop. 
  • En effet, il faut connaître les codon stop : UAA - UGA - UAG . Il est important de comprendre que les codon stop servent à arrêter la traduction et donc ils ne codent pour aucun acide aminé (c’est pour ça que sur le code génétique universelle c’est codon ne correspondent à aucun aa). 

 

• Donc si nous reprenons c’est étapes :
  • 1) je lit la séquence ARNm et je cherche le premier AUG : (pour me facilité la tache je sépare par un trait les codon, donc tous les 3 nucléotide je fait un trait) 
    • 5’ UUC AUG GAC CUA UAG CGG AGC 3’
    • on retient que ce codon AUG correspond à la formyl-méthionine (puisque la traduction se fait chez les procaryotes)
  • 2) je détecte le codon stop : 
    • 5’ UUC AUG GAC CUA UAG CGG AGC 3’
    • on retient que le codon stop ne correspond à aucun aa
  • 3) je compte le nombre de codons (donc de triplet de 3 nucléotides) qu’il y à du AUG jusqu’au codon stop (NON INCLU !) 
    • donc le nombre de codons de ce peptide est de : AUG - GAC - CUA - UAG (le UAG = codon stop fait bien parti de la séquence qui servira a faire la protéine car il faut bien que le ribosome sache quand s’arréter, mais il ne correspondra a aucun aa) 
    • ainsi : à partir du codon d’initiation (le premier AUG) on a 3 codons qui codent pour des aa = AUG - GAC - CUA donc mon peptide sera composé de 3 aa. 

On peut alors déjà répondre aux items A,B,C :

• A : Faux, nous somme chez les procaryotes donc le premier acide aminé du peptide sera une formyl-methionine
• B : Faux, comme expliqué plus haut le peptide comportera 3 acides aminé 
• C : Faux, le codon stop est UAG

Pour l’item D (Vrai), il faut prendre le code génétique et bien se souvenir que la boucle anticodon d’un ARNt reconnaît le codon de l’ARNm de façon complémentaire et anti-parallèle. 

• 1) on écrit les codon que peut reconnaître cet anti-codon :
  • Ainsi l’anticodon étant 5’ UAG 3’ pourra reconnaître le codon 5’CUA 3’ (le U de l’anti codon qui est le 1er nucléotide de l’anti codon s’appariement classiquement avec A qui est le 3e nucléotide du codon ) 
  • mais attention aux mésapariment (Wooble) : cette anticodon peut aussi reconnaître le codon : 5’CUG3’ ( suivant la règle de Wooble, le U de l’anti codon peut s’appartient avec un G en 3e position du codon) 
• 2) une fois qu’on a écrit ces codon on vérifient avec le code génétique si ils peuvent bien codé pour une leucine :
  • on voit effectivement que les codon 5’CUA3’ et 5’CUG3’ codent bien pour des leucines. 
  • (On est d’accord que pour cet item si vous avez trouvez un des deux codons qui code pour la leucine c’est pas la peine de chercher le deuxième l’item est vrai) 

 

Voilà cette explication est un peu longue, désolé  j’espère en tout cas que cela t’aura aidé. 

 

Bon courage !

Edited October 28, 2024 by jlr.10

[Bastitine]

Salut @Atss 

Cet item a révélé une ambiguïté que l'on a laissé passer jusque là. Dans le cours du Pr Langin, il est écrit la chose suivante :

Le but de notre item était de vous interroger sur NH2 -> OH ce qui représente une réaction de désamination (perte d'un groupement amine) puis une hydroxylation avec ajout de OH.

C'est là qu'entre en jeu la tautomérie énol-cétone. En fait, l'inosine peut être représentée avec un OH ou une cétone, ce sont deux isomères de la même molécule appelés tautomères. Donc suivant si on prend la forme énol ou cétone le changement de groupe n'est pas le même (NH2 -> OH ou NH2 -> C=O). Donc on pourrait considérer 2 moyens différents d'arriver à notre molécule finale.

Trouvant l'item bien trop farfelu nous avons décidé de l'ANNULER.

Item 19.C = ANNULÉ

 

Vraiment désolé de ma réponse tardive.

Bonne soirée à toi ^^

[Atss]

@Bastitine pas de soucis, merci de la réponse et bonne soirée également :)

[jlr.10]

 

Bon courage !

Edited October 28, 2024 by jlr.10

[Passepartout]

Bonjour, 

J’avais une question par rapport au QCM 21 item D, il est compté vrai, mais je ne comprends pas car il est indiqué que : « le complexe CAP/AMPc se lie entre le promoteur et le gène lac i … », est moi je le comprends alors comme, le complexe se trouve entre le promoteur P’ du gène lac i et le gène lac i monocistronique directement, et pas entre le gène lac i et le promoteur du gène polycistronique (lac z, lac a,…) comme cela devrait être le cas normalement. Je ne sais pas si cela est clair ou pas, mais en gros j’ai mis faux car pour moi l’ordre de la question n’est pas bonne. Est ce que vous pouvez m’éclairer ? 
Bonne fin de soirée ! 

[Bastitine]

36 minutes ago, Passepartout said:

Bonjour, 

J’avais une question par rapport au QCM 21 item D, il est compté vrai, mais je ne comprends pas car il est indiqué que : « le complexe CAP/AMPc se lie entre le promoteur et le gène lac i … », est moi je le comprends alors comme, le complexe se trouve entre le promoteur P’ du gène lac i et le gène lac i monocistronique directement, et pas entre le gène lac i et le promoteur du gène polycistronique (lac z, lac a,…) comme cela devrait être le cas normalement. Je ne sais pas si cela est clair ou pas, mais en gros j’ai mis faux car pour moi l’ordre de la question n’est pas bonne. Est ce que vous pouvez m’éclairer ? 
Bonne fin de soirée ! 

Bonsoir.

Non je suis désolé le sens précis n'était pas demandé. L'item aurait pu être "entre le promoteur en amont et lac i en aval" ou alors on aurait pu rajouter "dans cette ordre précis" et l'item aurait été compté faux. Néanmoins ici on ne précisait aucun ordre particulier dans l'item, donc peu importe l'ordre d'apparition dans l'item.

C'est une règle qui marche bien : si l'item n'a pas de formulation restrictive (type "uniquement", "dans l'ordre") alors si ce qui est dit est vrai, même s'il n'est pas exhaustif, l'item est sûrement vrai.

Ex :

Le ribosome est composé d'ARNr. V, même s'il y a aussi des protéines. Le mieux reste de rajouter "entre autres" pour éviter toute confusion mais en son absence l'item reste factuellement vrai.

Bonne soirée et bon courage ^^

[Ellele]

Au QCM 22 item A il est écrit : "à propos de l'interférence à l'ARN: c'est un système de répression génique par dégradation des ARNm". Pourtant il me semble que l'ARNm n'est pas systématiquement dégradé, il peut aussi être simplement inactivé, comme le confirme l'item D : "les ARNsi et ARNmi n'entraînent pas forcément le clivage de l'ARNm cible" (item compté juste).  Merci d'avance pour la réponse et merci pour la colle !!

Bonne soirée (ou journée) 

[Bastitine]

18 minutes ago, Ellele said:

Au QCM 22 item A il est écrit : "à propos de l'interférence à l'ARN: c'est un système de répression génique par dégradation des ARNm". Pourtant il me semble que l'ARNm n'est pas systématiquement dégradé, il peut aussi être simplement inactivé, comme le confirme l'item D : "les ARNsi et ARNmi n'entraînent pas forcément le clivage de l'ARNm cible" (item compté juste).  Merci d'avance pour la réponse et merci pour la colle !!

Bonne soirée (ou journée) 

En effet, encore une fois il n'y a pas de "uniquement" donc l'item ne proclame pas l'exclusivité. Néanmoins c'est quand même le plus souvent un appariement parfait avec dégradation.

Bon courage

[Ellele]

il y a 3 minutes, Ellele a dit :

-Au QCM 22 item A il est écrit : "à propos de l'interférence à l'ARN: c'est un système de répression génique par dégradation des ARNm". Pourtant il me semble que l'ARNm n'est pas systématiquement dégradé, il peut aussi être simplement inactivé, comme le confirme l'item D : "les ARNsi et ARNmi n'entraînent pas forcément le clivage de l'ARNm cible" (item compté juste). 

-Au QCM 23, l'item D est compté juste. Pourtant il me semble que l'anticodon doit reconnaitre la séquence complémentaire, ainsi le sens ne serait-il pas plutôt 3'-GAU-5' afin de correspondre au 5ème AA (la leucine) ?

-Au QCM 24, item D: "Lors de la traduction, l'ARNm est lu dans le sens 5'-3'". De ce que j'ai compris, l'ARNm est traduit dans le sens 5'-3' et donc lu dans le sens 3'-5'. 

 

Merci d'avance pour les réponses et merci pour la colle !!

Bonne soirée (ou journée) 

 

[Bastitine]

Re-salut @Ellele

Ce n'est pas le même principe que la synthèse d'acide nucléique. Lors de la traduction : le brin est lu de 5' en 3', le ribosome translate de 5' en 3', la traduction fait correspondre un brin 5'-3' à une protéine Nter-Cter, toutes ces affirmations sont équivalentes. Si ton simple brin d'ARN était lu depuis son extrémité 3', tu aurais des codons orientés de 3' en 5'. C'est lors de la synthèse d'un brin complémentaire (par exemple lors d'une rétrotranscription, de la réplication, d'une PCR) que le brin matrice est lu de 3' en 5' pour synthétiser le nouveau brin de 5' en 3'.

 

Attention l'anticodon doit reconnaître le codon d'ARNm, pas la séquence complémentaire du codon. La boucle anticodon de l'ARNt a donc elle-même la séquence complémentaire et antiparallèle au codon d'ARNm. L'item est bien vrai.

 

J'espère que c'est plus clair pour toi

Bonne nuit ^^

[Ellele]

Il y a 9 heures, Bastitine a dit :

Re-salut @Ellele

Ce n'est pas le même principe que la synthèse d'acide nucléique. Lors de la traduction : le brin est lu de 5' en 3', le ribosome translate de 5' en 3', la traduction fait correspondre un brin 5'-3' à une protéine Nter-Cter, toutes ces affirmations sont équivalentes. Si ton simple brin d'ARN était lu depuis son extrémité 3', tu aurais des codons orientés de 3' en 5'. C'est lors de la synthèse d'un brin complémentaire (par exemple lors d'une rétrotranscription, de la réplication, d'une PCR) que le brin matrice est lu de 3' en 5' pour synthétiser le nouveau brin de 5' en 3'.

 

Attention l'anticodon doit reconnaître le codon d'ARNm, pas la séquence complémentaire du codon. La boucle anticodon de l'ARNt a donc elle-même la séquence complémentaire et antiparallèle au codon d'ARNm. L'item est bien vrai.

 

J'espère que c'est plus clair pour toi

Bonne nuit ^^

J'ai compris, merci beaucoup pour ta réponse aussi rapide !

[Androma]

Bonjour, 

Par rapport à l'item E du QCM 23, la mutation ponctuelle se fait avant le codon AUG, donc n'est pas traduite, ainsi elle ne devrait pas modifier la séquence d'AA du peptide, si ? 

Merci

[POMME]

il y a 17 minutes, Androma a dit :

Bonjour, 

Par rapport à l'item E du QCM 23, la mutation ponctuelle se fait avant le codon AUG, donc n'est pas traduite, ainsi elle ne devrait pas modifier la séquence d'AA du peptide, si ? 

Merci

Coucou, on a fait un abus de langage. Dans le qcm on parle de séquence codante. Cela signifie donc que la traduction a déjà était lancer avant la séquence donné est donc que tous les codons donnés sont traduit.

J’espère que c’est plus clair.

[Androma]

Ha d'accord merci :)

[jlr.10]

Salut @Androma, 

Je tient tout de même à préciser que ton résonnement aurait était juste s’il n’y avait pas « séquence codante » dans l’énoncer. 

Mais comme la dit @POMME, le fait qu’il y ait écrit « séquence codante » rend l’item E faux. 

 

Il y a 1 heure, Androma a dit :

Bonjour, 

Par rapport à l'item E du QCM 23, la mutation ponctuelle se fait avant le codon AUG, donc n'est pas traduite, ainsi elle ne devrait pas modifier la séquence d'AA du peptide, si ? 

Merci

 

Bon courage !