RT-PCR

[PauliNébuline]

Bonjour!

Je n'ai pas compris ce que c'est la RT-PCR. Grace aux QCM du TAT je sais qu'il y a besoin de reverse transcriptase en plus par rapport à la PCR normale mais je n'ai pas compris le but et le fonctionnement avec l'exemple du foie gras du prof.

 

Merci!

[Clem_encéphale]

Salut !

 

On peut facilement se perdre et se fourvoyer entre toutes les notions de génome. Je vais essayer de t'expliquer tout ça en attendant la confirmation et/ou l'approndondissement par un tuteur génome.

 

La RT-PCR signifie Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (réaction en chaîne par polymérase avec transcription inverse). Elle est souvent utilisée pour détecter et quantifier des ARN (comme ceux des virus ou des gènes qui s'expriment). 

 

PCR classique : Elle sert à amplifier de l'ADN (de nombreuses copies d'un morceau spécifique). C'est une méthode qui permet de partir d'une toute petite quantité de matériel génétique d'en obtenir beaucoup, afin de le détecter ou de l'analyser plus facilement.

 

RT-PCR : Elle ajoute une étape supplémentaire pour traiter de l'ARN au lieu de l'ADN. Puisque l’ARN est souvent l'information génétique de nombreux virus et aussi le produit de l'expression des gènes. Donc la RT-PCR est utilisée pour analyser cet ARN.

 

Le rôle de la reverse Transcriptase :

Cette enzyme permet de transformer l'ARN en ADN complémentaire (ADNc).

Dans la RT-PCR, on commence donc par prendre de l'ARN (par exemple de cellules ou de virus), puis on utilise la reverse transcriptase pour convertir cet ARN en ADNc. Ensuite, la PCR classique est utilisée pour amplifier cet ADNc, ce qui permet de le détecter ou de le quantifier.

 

Le but est de rendre l'ARN visible et amplifiable. Sans cette étape de transcription inverse, l'ARN ne pourrait pas être amplifié directement par PCR, car cette dernière ne fonctionne uniquement sur l'ADN.

 

Pour ce qui est de l'exemple du foie gras, je ne sais pas quoi te dire, n'ayant pas assisté au cours je ne vois pas de quoi tu parles. Le prof devait avoir un petit creux à ce moment là haha.

Mais si tu veux que je tente de t'expliquer son exemple, je veux bien que tu me le relate s'il te plaît.

 

Sinon, j'espère que mon explication t'aura permis de mieux comprendre, en attendant la confirmation d'un tuteur génome.

 

Bon courage !     :)

[Theflow]

Coucou, je valide totalement le commentaire de @Clem_encéphale ! 

 

Je rajoute juste que la RT PCR se fait car on ne peut pas amplifier directement un ARN car celui ci est moins stable que l’ADN et il est simple brin.

 

Donc le fait de le retranscrire en ADN permet d’avoir 2 brins, d’avoir un brin plus stable, et c’est aussi plus simple de le stocker 

 

En espérant t’avoir éclairé la dessus !

[PauliNébuline]

il y a 51 minutes, Clem_encéphale a dit :

je veux bien que tu me le relate s'il te plaît

Franchement je ne saurai pas. J'ai ni compris ce qu'il a dit, ni pourquoi il nous parlait de ça.

Mais bon je doute qu'il nous parle de foie gras au concours .

 

il y a 54 minutes, Clem_encéphale a dit :

Le prof devait avoir un petit creux à ce moment là haha.

Il doit attendre Noël avec impatience!

[Clem_encéphale]

à l’instant, PauliNébuline a dit :

Franchement je ne saurai pas. J'ai ni compris ce qu'il a dit, ni pourquoi il nous parlait de ça.

Mais bon je doute qu'il nous parle de foie gras au concours

 

ahah tu m'étonnes, je n'arrive pas à voir le rapport. L'important c'est que tu aies compris le fonctionnement de la RT-PCR et pourquoi on l'utilise. Puisque effectivement, je vois mal un item sur le foie gras tomber au concours (en éspérant qu'il est satisfait son envie avant celui-ci ! )

 

Passe une bonne journée :)

 

[POMME]

Coucou, je me permets juste de rajouter que quand on réalise de la RT-PCR, on utilise des ARN mature, on a donc plus que des exons (partie codantes) et on peut même avoir des épissage alternatif. 
C’est vraiment un détail important à connaître car plusieurs question porte sur cela, c’est ce qui change entre la PCR et la RT-PCR. 
Après sur la partie amplification c’est exactement la même choses, c’est juste le matériel répliqué qui change :

ADN pour la PCR

ADN codant pour la RT-PCR

 

J’espère que c’est plus claire pour toi, si tu as d’autres questions n’hésite pas. 

[MileyVirus]

Coucou je m'insère dans ce sujet pour vous demander si quelqu'un peut me re expliquer le concept d'épissage alternatif et comment il peut ce faire sur des ARN mature ?  Merciii

[POMME]

Il y a 1 heure, Ethili a dit :

Coucou je m'insère dans ce sujet pour vous demander si quelqu'un peut me re expliquer le concept d'épissage alternatif et comment il peut ce faire sur des ARN mature ?  Merciii

Coucou, alors l’ARNm mature correspond à la configuration final d’un ARNm, il a donc déjà subit un épissage alternatif (si il y en a). 

 

En gros si tu as un épissage alternatif, au moment de la maturation de l’ARNm en plus d’enlever des introns (partie non codante) tu vas aussi pouvoir enlever des exons (partie codantes). Ainsi pour une même séquences d’ADN et un même pré-ARNm, tu pourra avoir des ARNm (mature) différents et ainsi des protéines différentes car tu n’aura pas exactement les même séquences codantes. 

Dans le cas d’un épissage alternatif certains exons vont être reconnue comme des introns et donc être éliminé en même temps. 

Les épissages alternatifs vont concerner différents organes, c’est-à-dire qu’on va observer des épissages alternatifs pour un même gène mais dans des organes différents ce qui va donner des protéines un peu différentes. Un même gène va donner des protéines différentes en fonction de si on est dans le cœur ou dans le cerveau par exemple.

 

Je sais pas si c’est très clair mais n’hésite pas si tu as d’autres questions.

[jlr.10]

Salut @Ethili, 

 

Je complète la super réponse de @POMME  avec un petit schéma (source : Wikipédia) qui illustre bien le mécanisme. 

 

Comme tu le vois dans un épissage « classique » (à gauche)  il n’y a que les introns qui sont retirés du prés-ARNm donc dans l’ARNm mature qui en découle on retrouve les 6 exons de départ.

Par contre avec un épissage alternatif ( à droite) (qui peut notamment avoir lieu dans certains organes) tu va avoir dans le prés-ARNm, l’exon 4 qui va être enlevé en plus des introns. Ça te donne alors un ARNm différent du premier, qui ne contient maintenant que 5 exons sur les 6 présent dans le près-ARNm.

 

Comme tu peut aussi le constater au final en fonction de l‘épissage qui à été réalisé (classique ou alternatif) tu n’aura pas la même protéine. Une protéine a un domaine en plus que l’autre ce qui veut dire que ces deux protéines n’auront très probablement pas la même fonction.

 

Voilà, j’espère que nos explications sont claires n’hésite pas si tu as d’autres questions. Bon courage !   

[MileyVirus]

Il y a 1 heure, POMME a dit :

Coucou, alors l’ARNm mature correspond à la configuration final d’un ARNm, il a donc déjà subit un épissage alternatif (si il y en a). 

 

En gros si tu as un épissage alternatif, au moment de la maturation de l’ARNm en plus d’enlever des introns (partie non codante) tu vas aussi pouvoir enlever des exons (partie codantes). Ainsi pour une même séquences d’ADN et un même pré-ARNm, tu pourra avoir des ARNm (mature) différents et ainsi des protéines différentes car tu n’aura pas exactement les même séquences codantes. 

Dans le cas d’un épissage alternatif certains exons vont être reconnue comme des introns et donc être éliminé en même temps. 

Les épissages alternatifs vont concerner différents organes, c’est-à-dire qu’on va observer des épissages alternatifs pour un même gène mais dans des organes différents ce qui va donner des protéines un peu différentes. Un même gène va donner des protéines différentes en fonction de si on est dans le cœur ou dans le cerveau par exemple.

 

Je sais pas si c’est très clair mais n’hésite pas si tu as d’autres questions.

 

il y a 6 minutes, jlr.10 a dit :

Salut @Ethili, 

 

Je complète la super réponse de @POMME  avec un petit schéma (source : Wikipédia) qui illustre bien le mécanisme. 

 

Comme tu le vois dans un épissage « classique » (à gauche)  il n’y a que les introns qui sont retirés du prés-ARNm donc dans l’ARNm mature qui en découle on retrouve les 6 exons de départ.

Par contre avec un épissage alternatif ( à droite) (qui peut notamment avoir lieu dans certains organes) tu va avoir dans le prés-ARNm, l’exon 4 qui va être enlevé en plus des introns. Ça te donne alors un ARNm différent du premier, qui ne contient maintenant que 5 exons sur les 6 présent dans le près-ARNm.

 

Comme tu peut aussi le constater au final en fonction de l‘épissage qui à été réalisé (classique ou alternatif) tu n’aura pas la même protéine. Une protéine a un domaine en plus que l’autre ce qui veut dire que ces deux protéines n’auront très probablement pas la même fonction.

 

Voilà, j’espère que nos explications sont claires n’hésite pas si tu as d’autres questions. Bon courage !   

D'acc, merci a vous deux pour vos réponses, elles sont très clairs, ça m'a bcp aidé !

Bonne journée !!!