UE1-Genome

[Betti]

Bonsoir je suis allee à la perm aujourd'hui pour poser la question de comment faire pour savoir trouver une amorce je pensais avoir compris mais en réalisant le qcm je me trompe.

Je trouve comme complémentarité de 3’ TTATGGCGTAGTCGGATGCTGGCAT5’

et ensuite 

5’ AGGTC1ATTATGCGTACAGTT3’

Ma première question déjà est ce que mon raisonnement est bon ?

Et la seconde est comment est ce possible que la réponse A soit juste car on part de 5’ donc celui en dessous que je rajoute devrait commencer par 3’ , mais dans la réponse ils commencent tous les deux par 5’.

Besoin d’aide :)) 

En attente de votre réponse,  bien cordialement Betti :)

[manochondrie]

Salut @Betti ! 

Concernant ton raisonnement, il me semble bon ! 

Cependant, petit conseil pour l'examen, tu n'es pas forcement obligée de faire la complémentarité de la première partie du brin 5'AATACCGCATCAGCCTACGACCGTA3'.

Tu peux le faire mais tu perdras du temps en faisant ça car il te suffit simplement de bien vérifier que la première amorce proposé soit dans la première partie de la séquence d'ADN ce qui est le cas ici (c'est la partie que j'ai mis en rouge). Pour la deuxième partie de la séquence tu devras vérifier que l'on retrouve bien la complémentarité de la séquence, ce que tu as fait donc c'est super ! 

 

Concernant ta deuxième question, sache que toutes les amorces que l'on va te proposer dans l'item seront dans le sens 5' -> 3', c'est à toi "d'inverser" le sens à la lecture de l'amorce proposée, je crois que c'est ce que tu as fait directement pour la deuxième amorce !

en clair toi tu as trouvé comme brin complémentaire pour la deuxième partie : 3'CCTTGAGATGCCGTATTAACTGGAC 5'

et à la lecture de l'item tu dois le retourner dans ce sens : 5'CAGGTCAATTATGCCGTAGAGTTCC3'. En lisant dans ce sens tu retrouves bien ta deuxième amorce donc l'item A est bien juste. 

 

Est ce que tu as compris mes explications ou pas ? N'hésites pas si tu as d'autres questions ! 

@POMME  @Bastitine est ce que vous avez d'autres précisions à ajouter ?

[POMME]

Le 04/10/2024 à 08:45, manochondrie a dit :

Salut @Betti ! 

Concernant ton raisonnement, il me semble bon ! 

Cependant, petit conseil pour l'examen, tu n'es pas forcement obligée de faire la complémentarité de la première partie du brin 5'AATACCGCATCAGCCTACGACCGTA3'.

Tu peux le faire mais tu perdras du temps en faisant ça car il te suffit simplement de bien vérifier que la première amorce proposé soit dans la première partie de la séquence d'ADN ce qui est le cas ici (c'est la partie que j'ai mis en rouge). Pour la deuxième partie de la séquence tu devras vérifier que l'on retrouve bien la complémentarité de la séquence, ce que tu as fait donc c'est super ! 

 

Concernant ta deuxième question, sache que toutes les amorces que l'on va te proposer dans l'item seront dans le sens 5' -> 3', c'est à toi "d'inverser" le sens à la lecture de l'amorce proposée, je crois que c'est ce que tu as fait directement pour la deuxième amorce !

en clair toi tu as trouvé comme brin complémentaire pour la deuxième partie : 3'CCTTGAGATGCCGTATTAACTGGAC 5'

et à la lecture de l'item tu dois le retourner dans ce sens : 5'CAGGTCAATTATGCCGTAGAGTTCC3'. En lisant dans ce sens tu retrouves bien ta deuxième amorce donc l'item A est bien juste. 

 

Est ce que tu as compris mes explications ou pas ? N'hésites pas si tu as d'autres questions ! 

@POMME  @Bastitine est ce que vous avez d'autres précisions à ajouter ?

Coucou, je confirme totalement la réponse de @manochondrie et je n’ai rien à ajouté.

[Betti]

Le 04/10/2024 à 08:45, manochondrie a dit :

Salut @Betti ! 

Concernant ton raisonnement, il me semble bon ! 

Cependant, petit conseil pour l'examen, tu n'es pas forcement obligée de faire la complémentarité de la première partie du brin 5'AATACCGCATCAGCCTACGACCGTA3'.

Tu peux le faire mais tu perdras du temps en faisant ça car il te suffit simplement de bien vérifier que la première amorce proposé soit dans la première partie de la séquence d'ADN ce qui est le cas ici (c'est la partie que j'ai mis en rouge). Pour la deuxième partie de la séquence tu devras vérifier que l'on retrouve bien la complémentarité de la séquence, ce que tu as fait donc c'est super ! 

 

Concernant ta deuxième question, sache que toutes les amorces que l'on va te proposer dans l'item seront dans le sens 5' -> 3', c'est à toi "d'inverser" le sens à la lecture de l'amorce proposée, je crois que c'est ce que tu as fait directement pour la deuxième amorce !

en clair toi tu as trouvé comme brin complémentaire pour la deuxième partie : 3'CCTTGAGATGCCGTATTAACTGGAC 5'

et à la lecture de l'item tu dois le retourner dans ce sens : 5'CAGGTCAATTATGCCGTAGAGTTCC3'. En lisant dans ce sens tu retrouves bien ta deuxième amorce donc l'item A est bien juste. 

 

Est ce que tu as compris mes explications ou pas ? N'hésites pas si tu as d'autres questions ! 

@POMME  @Bastitine est ce que vous avez d'autres précisions à ajouter ?

Hmm je ne comprends pas bien pour la pemière partie du brin car je ne vois pas la complémentarité  pour ce qui est du second brin je crois avoir compris mais le premiers me pose problème .

Ainsi que la réponse A et D car la A je comprends comment le second brin est trouvé mais dans la D la second brin trouvé est différent et pourtant la réponse est quand meme correcte 

[POMME]

Coucou @Betti, alors pour la première amorce de la A, tu dois avoir un complémentarité avec le brin complémentaires de la partie gauche du brin qui t’es donné. En d’autres termes, tu doit être complémentaires avec le brin complémentaire de cette séquences : 

 5'AATACCGCATCAGCCTACGACCGTA3'. 

Donc tu doit être complémentaire de la séquence suivantes :

3’TTATGGCGTAGTCGGATGCTGGCAT5’

Ta première amorce et la suivante : 5’GCCTACGACCGT3’ . Elle va donc s’hybrider parfaitement avec la partie en rouge du brin complémentaire. 

Si jamais tu veux gagner du temps pour la première amorce, plutôt de chercher si ton amorces est complémentaire au brin complémentaire de celui qui t’es donné, tu peux tous simplement chercher si ton amorces et identique à une partie du brin qui t’es donné (c’est la même chose).

 

Pour la D :

Pour ta première amorce ça va être le même fonctionnement que la A, tu doit être complémentaires avec le brin complémentaire de cette séquences : 

 5'AATACCGCATCAGCCTACGACCGTA3'. 

Donc tu doit être complémentaire de la séquence suivantes :

3’TTATGGCGTAGTCGGATGCTGGCAT5’

Ta première amorces et la suivante : 5' AATACCGCATCA 3'. Elle va donc s’hybrider parfaitement avec la partie en rouge du brin complémentaire.

Pour la deuxième amorce, tu doit être complémentaires avec la partie droite du brin qui t’es donné dans l’énoncé soit complémentaire de cette séquence : 

5’GGAACTCTACGGCATAATTGACCTG3’

Ta deuxième amorce et la suivante : 5'CCGTAGAGTTCC3’. Attention dans ce cas l’amorce et le brin sont orienté 5’-3’, l’hybridation doit être complémentaire et anti-parallèle donc pour mieux voir qu’ils sont complémentaire tu peux réécrire l’amorce dans l’autre sens (3’->5’) ce qui nous donne : 3’CCTTGAGATGCC5’. Elle va donc s’hybrider parfaitement avec la partie en rouge du brin.

 

J’espère que c’est un peu plus claire, n’hésite pas si tu as d’autres questions.

[Betti]

D'accord génial mercî beaucoup, dernière petite question comment fais tu pour savoir si l’amorce est en début de brin ou en fin de brin ?

[POMME]

il y a 10 minutes, Betti a dit :

D'accord génial mercî beaucoup, dernière petite question comment fais tu pour savoir si l’amorce est en début de brin ou en fin de brin ?

Tu veux dire sur la partie de gauche du brin ou sur la partie de droite ? Si c’est le cas, la première amorces va toujours à gauche et la deuxième toujours à droite. C’est la prof qui fonctionne comme ça pour pas trop nous compliqué la vie. De même que ta première amorces d’hybridera toujours avec le brin complémentaire de celui qui t’es donné et la deuxième s’hybridera toujours avec le brin donné. C’est pour nous faciliter l’exercice.

Si jamais t’as question est plutôt au sujet de la position précise de l’amorce au niveau de ta séquence, je te conseil de repéré des petites séquences remarquables du style AAA ou CGCG. 

 

 

[Betti]

il y a 6 minutes, POMME a dit :

Tu veux dire sur la partie de gauche du brin ou sur la partie de droite ? Si c’est le cas, la première amorces va toujours à gauche et la deuxième toujours à droite. C’est la prof qui fonctionne comme ça pour pas trop nous compliqué la vie. De même que ta première amorces d’hybridera toujours avec le brin complémentaire de celui qui t’es donné et la deuxième s’hybridera toujours avec le brin donné. C’est pour nous faciliter l’exercice.

Si jamais t’as question est plutôt au sujet de la position précise de l’amorce au niveau de ta séquence, je te conseil de repéré des petites séquences remarquables du style AAA ou CGCG. 

 

 

genial merci c'est beaucoup plus claire pour moi ;))