Aide pour un QCM en biochimie svp

[Chicoco]

Bonjour, un QCM de biochimie me pose problème. Est-ce que quelqu'un aurait la gentillesse de m'expliquer en détail la résolution de l'exercice parce que je ne pense pas avoir tout saisi ?  Cela m'aiderait beaucoup

 

Merci d'avance !!!!

Bon dimanche

 

Edited November 17, 2024 by Chicoco

[Shoufre]

Révélation

@ElCassoulet je crois que t'étais RM biochimie 

 

[ElCassoulet]

Bonjour @Chicoco et merci pour le tag @Shoufre,

C'est normalement quelque chose que vous n'avez pas vu à la pré-rentrée (si jamais tu y participes) ; je vais essayer de reprendre points par points les éléments de réponse.

 

Déjà, commençons par définir le pK :

Ce dernier permet de situer une valeur seuil pour une fonction donnée et qui définit un pH pour lequel la fonction passera d'un état ionisé à non-ionisé (par transfert d'un ion hydrogène la plupart du temps). En dessous du pK, la fonction est protonée et au dessus, elle est déprotonée.

 

Par exemple, la fonction α acide carboxylique a un pK de 2,1 dans cet exercice.

Cela signifie que quand le pH est inférieure à 2,1, alors la fonction va capturer un H+ et être sous forme COOH et qu'inversement, quand le pH est au dessus de 2,1, alors la fonction va passer sous forme COO- .

 

Le pHi :

Il s'agit du point isoélectrique de ton peptide, soit le moment où ton peptide va avoir une charge neutre. C'est un paramètre calculé pour un pH donné.

Ce pHi est calculable en fonction des valeurs de pK des différentes chaînes radicales et fonctions α libres de ton acide aminé ; le pHi va donc varier en fonction des acides aminés qui composent ton peptide.

 

Dans ce genre de cas, je te conseille dans un premier temps de faire le bilan de tes fonctions présentes sur chaque peptide puisqu'au final c'est ça qui nous intéresse, car ce sont ces fonctions qui vont donner une charge au peptide.

Je l'ai fait via la figure ci-jointe : https://zupimages.net/viewer.php?id=24/35/cmk6.png

 

Après avoir fait, il va falloir trouver les pH qui encadrent la forme électriquement neutre de notre acide aminé ; on peut procéder de la manière suivante, en tenant compte des pK de chaque fonction que l'on retrouve dans notre peptide.

Je donne l'exemple ici uniquement avec le peptide a, je t'invite à essayer de le faire de ton coté pour les autres peptides mais je pourrais t'aider si tu n'y arrives pas :

https://zupimages.net/viewer.php?id=24/35/da10.png

 

Après avoir fait ça, tu peux directement calculer ton pHi en faisant la moyenne des pK qui encadrent la forme neutre électriquement de ton peptide, ici le pHi sera donc égal à (2,1+4,3)/2=3,2

 

Et voilà, on a calculé le pHi du peptide a !

 

Le fonctionnement est ensuite le même pour chaque peptide de cet exercice, il te faut juste bien prendre en considération les fonctions portées par chacun de ces peptides et qui varient, donc les pK que tu vas utiliser ne seront aussi pas les mêmes !

 

Au plaisir !

[Chicoco]

Merci beaucoup d'avoir pris tout ce temps pour pouvoir répondre à ma question ! Je vais prendre le temps de relire ta réponse à nouveau et de m'entraîner sur les autres cas b et c

 

Encore merci

Passe un bon dimanche

[Jayco]

Bonjour , 

@ElCassouletPouvez-vous m'éclaircir surr point , lorsque j'ai tenté de refaire le peptide que vous avez corriger , je ne suis pas arriver a retrouver le zwiterrion de ce peptide , a la place j'ai trouvé qu'avant le pka à 2,1 le peptide est chargé + 4 et avant le pka à 4,3 il est chargé + 2 .

Merci d'avance

 

Euh pardon jvoulais dire +3 avant 2,1 et +1 avant 4,3

[ElCassoulet]

@Jayco C'est peut-être une erreur de mon coté, pourrais-tu m'expliquer comment tu trouves ces résultats et ainsi me détailler tes calculs ?

[Jayco]

Avant Pka 2,1: Les AA Cys n'ont pas de charge .                             Aprés Pka 2,1 :                                                                 Aprés Pka 4,3:

 1er GLU :                                                                                              1er GLU :                                                                           1er GLU :                                  -Radical = + 1 , F°majo.=+1                                                               - R = +1, F°majo.=+1                                                       - R = -1, F°majo.=+1

2 ème GLU :                                                                                          2 ème GLU :                                                                       2 ème GLU :

-Radical = +1 , F°majo. =+1(COOH)                                                    -Radical = +1 , F°majo. =-1(COO-)                           -Radical = -1 , F°majo. =-1(COO-)

En Tout +4                                                                                            En tout +2                                                                       En tout -2

 

désolé il y a une ligne qui est décalé.

 

Mais je pense que je me trompe car si on a pas de zwitterion , pas de PHi.

 

A

il y a 4 minutes, Jayco a dit :

Mais je pense que je me trompe car si on a pas de zwitterion , pas de PHi.

Non dsl j'ai rien dit

 

[ElCassoulet]

@Jayco Je comprends, il me semble y avoir des erreurs dans ton raisonnement mais l'idée est là et ça ne sera pas compliqué à corriger je pense :

 

Tu sembles considérer les fonctions acides carboxyliques comme chargées positivement lorsqu'elles sont dans un état protoné, or le pK fait passer cette fonction de la forme COOH à COO- ; cad d'une forme non-chargée à une forme chargée négativement.

Ainsi, un pH inférieur au pK de ces fonctions acides n'ajoutera pas de charge particulière à ton peptide puisque ces fonctions seront alors de la forme COOH, qui n'est pas chargée.

 

Par exemple, sous 2,1 de pH :

- La fonction amine en N terminal est chargée positivement = +1.

- Toutes les fonctions acides sont sous la forme COOH, qui est neutre.

→ La somme des charges est donc de +1 !

[Jayco]

Re, 

AH okkkk , Merci beaucoup pour l'explications j'avais pas réfléchi à cette possibilité .Merci vous m'avez éclairé et merci de m'avoir répondu.

Bonne soirée