FiFi Posted September 24, 2016 Posted September 24, 2016 Bonjour bonjour tout le monde!!! Je viens vers vous car j'ai des petits soucis avec certains QCMs... J'espère que quelqu'un arrivera à me les expliquer s'il vous plaît !!! Ca serait super sympa !! Mon premier soucis se pose sur le QCM du concours de 2012 : L'énoncé nous dit : toutes les enzymes de restriction ne reconnaissent pas des sites semi-palindromiques. C'est le cas de l'enzyme de restriction FokI qui reconnaît la séquence GGATG et coupe 9 bases plus loin en 3' quelle que soit la nature de ces bases. Lorsque ce site est présent dans le site multiple de clonage d'un plasmide, il peut permettre de couper les extrémités d'un fragment inséré à proximité de FokI quelle que soit la séquence. On donne les sites des enzymes de restriction suivantes dans lequel N peut être n'importe quelle base : (pour nous ici je vais symboliser la coupure avec un espace souligné dans la séquence sinon ça va être vraiment compliqué car le sujet n'est pas dans la librairie du TAT pour faire une copie.. ) - BtsCI : GGATGNN ...(etc) - BamHI : G GATCC - EcoRI : G AATTC - HindIII : A AGCTT - SmaI : CCC GGG Différents plasmides possèdent un site multiple de clonage qui commence par la séquence GGATG immédiatement suivi de 4 sites de restriction adjacents. Deux sites de restriction uniques ajoutés en 5' et en 3' d'un fragment permettent d'insérer ce fragment dans les plasmides. Le fragment ne contient pas le site de reconnaissance de FokI. L'objectif de cet exercice est d'identifier le ou les plasmides qui permettent la linéarisation de la construction par FokI en coupant uniquement dans le fragment sans provoquer d'autre coupure dans le plasmide. Après cet énoncé méga long voilà où se pose mon PB : A. Si le fragment est cloné dans les sites BamHI et HindIII, l'ordre suivant des 4 sites de restriction dans le site multiple de clonage permettra de répondre à l'objectif : BamHI, HindIII, SmaI, EcoRI Et cet item est compté vrai mais je ne comprends pas pourquoi car je le trouve faux.... Ensuite mon second Pb se pose sur un QCM du concours de 2013 : Voici l'énoncé : Voilà et mon pb est que je ne comprends pas pourquoi les trois premiers items sont comptés vrais car pour moi ces tubes là ne correspondent pas grand chose... Voilà puis enfin mon ultime soucis se pose sur ce QCM sur le concours blanc de 2014! Promis après j'arrête de vous embêter!!! ^^ Voici l'énoncé : Soient les 3 endonucléases de restriction suivante : (les endroits où elles coupent sont symbolisés par des espaces soulignés! ) AccIII : T CCGGA XmaI : C CCGGG SmaI : CCC GGG Les séquences CCCGGG et TCCGGA sont présentes, chacune en une copie espacée de plusieurs dNTPs, dans le sites de clonage multiple d'un plasmide A porteur d"un gène de résistance à l'ampicilline. Les digestions enzymatiques et la transformation des bactéries sont réalisées selon les procédures habituelles. L'item sur lequel je coince est celui ci : E. Si on ajoute de l'ADN ligase et de l'ATP au plasmide A coupé par SmaI puis XmaI, des colonies bactériennes seront obtenues après transformation du produit de ligation. Cet item est marqué vrai mais je ne le comprends pas car pour moi SmaI et XmaI produisent des extrémités non compatibles.... Je ne sais pas si ça à un lien du coup.... Enfin bref voilà les petits soucis que j'ai avec les QCMs de Génôme!!! J'espère que quelqu'un arrivera à m'aider!!! Merci beaucoup déjà pour toute l'aide que vous m'avez apportée!!!! Et bonne après-midi!
Eilime Posted September 24, 2016 Posted September 24, 2016 Bonjour! C'est parti pour question pour un champion! Pour la question 13 de 2012: on sait quoi? * Tu as un plasmide avec un site Fok1, BamHI, HindIII, SmaI et EcoRI. * Un fragment BamHI et HindIII déjà cloné Ton objectif? * linéariser ta séquence * Ne couper que ton fragment Donc il faut compter les bases: site FokI, une base, début du fragment de plus de 9 bases et donc coupure dans le fragment et en plus le brin est dans le bon sens vu l'ordre des autres sites de restriction du plasmide. La suite dans un autre épisode... Non je me dépêche c'est juste que je tape très lentement
Solution Eilime Posted September 24, 2016 Solution Posted September 24, 2016 Ensuite pour la question 15 de 2013: Pour ces items en particulier je te conseille de faire un schéma des expériences présenter, c'est le moyen le plus sûre de ne pas se tromper. A et B: dans la deuxième expérience quelle que soit le modèle de réplication tu as deux brins N15 et deux brins N14 qui de toute façon ont été dénaturés par la chaleur, séparé puis lier de nouveau au cour du refroidissement de manière aléatoire. Toutes les compositions sont alors possibles: N15/N15, N14/N14, N15/N14 et par loi de probabilité on obtient les proportions du profil Z. C: Au cour de la première expérience, il n'y a pas de dénaturation, de plus on sait que le modèle de réplication est semi-conservatif on ne peut donc pas obtenir de tube avec une bande au niveau de N15 pur, on peut du coup exclure les expériences W et Z. Et la fin dans un instant...
Eilime Posted September 24, 2016 Posted September 24, 2016 Pour cette dernière question, j'ai eu les même problèmes que toi puis j'ai essayer de changer d'angle d'approche, Si on part pas des sites de restriction mais du plasmide on remarque que le site CCCGGG est unique, on prend donc ce site on passe les enzyme et on obtient C/CC/GGG. La ligase qui passe après va toujours chercher à réparer au mieux et tes GGG attendent toujours de se lier à un C et comme il en reste un de l'autre côté elle va réussir à reconstruire une liaison. Voilà comment j'ai réfléchi à tes questions, j'espère que ça a pu t'aider, hésites pas à demander des approfondissements si c'est toujours pas claire! Tendresse & Tutorat
FiFi Posted September 25, 2016 Author Posted September 25, 2016 Bonjour! C'est parti pour question pour un champion! Pour la question 13 de 2012: on sait quoi? * Tu as un plasmide avec un site Fok1, BamHI, HindIII, SmaI et EcoRI. * Un fragment BamHI et HindIII déjà cloné Ton objectif? * linéariser ta séquence * Ne couper que ton fragment Donc il faut compter les bases: site FokI, une base, début du fragment de plus de 9 bases et donc coupure dans le fragment et en plus le brin est dans le bon sens vu l'ordre des autres sites de restriction du plasmide. La suite dans un autre épisode... Non je me dépêche c'est juste que je tape très lentement Coucou Eilime!!! Merci pour tout le temps que tu as passé pour m'aider c'est vraiment sympa!!!! Du coup avec cette explication sur le QCM du concours 2012, je ne comprends pas comment tu déduis que le fragment fait plus de 9 b??? ça voudrait dire que la linéarisation se fait en coupant pas réellement dans le fragment mais au niveau des bases qui sont laissées par les enzymes après avoir coupé? c'est bien ça?
FiFi Posted September 25, 2016 Author Posted September 25, 2016 Ensuite pour la question 15 de 2013: Pour ces items en particulier je te conseille de faire un schéma des expériences présenter, c'est le moyen le plus sûre de ne pas se tromper. A et B: dans la deuxième expérience quelle que soit le modèle de réplication tu as deux brins N15 et deux brins N14 qui de toute façon ont été dénaturés par la chaleur, séparé puis lier de nouveau au cour du refroidissement de manière aléatoire. Toutes les compositions sont alors possibles: N15/N15, N14/N14, N15/N14 et par loi de probabilité on obtient les proportions du profil Z. C: Au cour de la première expérience, il n'y a pas de dénaturation, de plus on sait que le modèle de réplication est semi-conservatif on ne peut donc pas obtenir de tube avec une bande au niveau de N15 pur, on peut du coup exclure les expériences W et Z. Et la fin dans un instant... Ok donc celui là c'est nikel j'ai tout compris c'est juste que je ne prenais pas en compte que l'ADN avait été mélangé et que du coup on avait plusieurs combinaisons!!! C'est super merci beaucoup!!!
FiFi Posted September 25, 2016 Author Posted September 25, 2016 Pour cette dernière question, j'ai eu les même problèmes que toi puis j'ai essayer de changer d'angle d'approche, Si on part pas des sites de restriction mais du plasmide on remarque que le site CCCGGG est unique, on prend donc ce site on passe les enzyme et on obtient C/CC/GGG. La ligase qui passe après va toujours chercher à réparer au mieux et tes GGG attendent toujours de se lier à un C et comme il en reste un de l'autre côté elle va réussir à reconstruire une liaison. Voilà comment j'ai réfléchi à tes questions, j'espère que ça a pu t'aider, hésites pas à demander des approfondissements si c'est toujours pas claire! Tendresse & Tutorat Ok car en fait quand je réfléchissais je tombais sur des séquences qui ne pouvaient pas être en face... le plasmide va toujours chercher à se refermer non? Parce que en fait il y a un petit truc qui me chipote.. on a toujours besoin de la ligase pour faire une liaison ou pas?? même quand on a des extrémités compatibles qui ont été générées par des endonucléases à bouts francs??? (ceci est un petit doute que je préfère éclaircir!!
FiFi Posted September 25, 2016 Author Posted September 25, 2016 Voilà en tout cas déjà je te dis un grand merci car c'est vraiment super sympa tout ce que tu as déjà fait pour moi!! Bon après midi!
Gwendoline_sabat Posted September 28, 2016 Posted September 28, 2016 Salut ! Pour le QCM 13 de 2012, tu peux partir du principe que le fragment mesure tout de même largement plus de 9 bases ! Le piège ne résidait pas dans la taille du fragment mais plutôt dans le positionnement des enzymes de restriction. Je m'explique, dans l'item A, si on avait mis SmaI et EcoRI avant BamHI et HindIII, sachant que FokI coupe 9 bases après sa séquence de reconnaissance, il aurait coupé après la 3ème base de EcoRI, c'est-à-dire à 4 bases de l'insertion de notre fragment, autrement dit on n'aurait pas coupé dans le fragment et l'item aurait été faux. Pour le CB de 2014, oui, le plasmide cherche toujours à se refermer (à condition que la ligase et l'ATP, nécessaire au fonctionnement de la ligase, soient présents).Je ne suis pas tout à fait d'accord avec Eilime par rapport à la justification de l'item E. Une fois la séquence de reconnaissance (commune aux deux enzymes) coupée par SmaI, elle ne peut plus l'être par XmaI, par contre on a de la ligase et de l'ATP permettant ainsi de refermer le plasmide au niveau de sa coupure.Je ne sais pas qui d'Eilime ou moi a raison mais on arrive à la même conclusion !
FiFi Posted October 8, 2016 Author Posted October 8, 2016 ok ben nikel !!! c'est bon tout est clair! Merci pour votre aide c'est vraiment gentil et super sympa!!! Bonne soirée!!! (désolé pour le retard mais je n'ai pas eu le temps de m'en occuper depuis!! Encore merci et bon week end
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